W marcu Kongres zaapelował do króla Jerzego III o przejęcie suwerenności nad Maltą, lecz nie otrzymał żadnej odpowiedzi od rządu kierowanego przez Williama Pitta.
Głodujący francuski garnizon otrzymał niewielką pomoc na początku lutego 1799 roku. Fregata „La Boudeuse” ominęła blokadę i wpłynęła do Grand Harbour. W maju udało się dotrzeć do Valletty kilku małym statkom zaopatrzeniowym. Była to jednak ostatnia pomoc, jaka dotarła do Vaubois i jego ludzi.
1 listopada 1799 roku Nelson był w pobliżu Valletty na pokładzie „Foudroyant”. Vaubois, który wciąż liczył na pomoc z Francji, odrzucił kolejne żądanie poddania się. Pisał: Mając świadomość bycia godnym szacunku swojego kraju, tak samo jak Ty, jesteśmy zdecydowani bronić tej twierdzy do końca.
Nelson powierzył Ballowi dowództwo sił maltańskich – około 2000 żołnierzy, wraz z około półtoratysięczną „armią” nieopłacanych, źle wyekwipowanych i wygłodniałych ochotników. Naciskany król Ferdynand zgodził się na ustanowienie Balla gubernatorem Malty.
Cała ludność Malty, pozbawiona podstawowego zaopatrzenia, żyła na granicy głodu. Oblężenie przerodziło się w swoisty wyścig, która strona zagłodzi się pierwsza. W styczniu roku 1800 Brytyjczycy i Maltańczycy otrzymali pewną pomoc wraz z neapolitańskim kontyngentem 1200 ludzi.