W 1987 założył partię MDP (Ruch na rzecz Demokracji i Rozwoju). Bezskutecznie kandydował w tym samym roku do parlamentu. W wyborach prezydenckich w 1990 zdobył 13,6% głosów, co dało mu czwarte miejsce. W drugiej turze udzielił poparcia Mohamedowi Taki Abdulkarimowi. W 1994 w ramach represji opozycjonistów zabroniono mu wyjazdu z kraju. W kolejnych wyborach z 1996 zajął drugie miejsce za Abdulkarimem z poparciem 15,7% głosujących.
W listopadzie 1998 po śmierci dotychczasowego prezydenta jego tymczasowy następca Tadjidine Massounde przywrócił urząd premiera i powołał lidera opozycji Abbasa Djoussoufa. Powołanie premiera miało załagodzić trudną sytuację kraju, w którym rodziły się silne tendencje separatystyczne, zwłaszcza na wyspie Anjouan. W trakcie swojej kadencji Djoussouf podniósł pensje pracowników budżetówki oraz płacę minimalną i zajął się reformą administracji. Dotychczasowa władza została obalona 30 kwietnia 1999 w wyniku wojskowego zamachu stanu, na czele którego stanął Azali Assoumani. Djoussouf oskarżał Francuzów o współorganizowanie tego przewrotu.