W 1989 roku odbyła się premiera II generacji Neoplana Skylinera. Nowa generacja została unowocześniona, lecz była ona jedynie wersją przejściową pomiędzy I a III generacją autokaru. Ponownie powrócono do silników Mercedes-Benz – zastosowano 524-konne silniki OM 442 LA. II generacja Skylinera wprowadziła nową stylistykę z nową przednią atrapą i nowocześniejszymi światłami, a także nową tylną ścianę pojazdu. Design nawiązywał do innych modeli produkowanych przez Neoplana – m.in. Starlinera, Citylinera, czy też Translinera. Nowocześniejsze stało się wnętrze pojazdu. W 2000 roku odbyła się premiera nowej odsłony Skylinera (facelifting) pod hasłem Die neue Königsklasse. II generację Neoplana Skylinera, oprócz dotychczasowych miejsc produkcji, produkowano także krótko (od premiery w 2000 przez rok do powstania Solaris Bus & Coach SA) w zakładach Neoplan Polska w Bolechowie-Osiedlu koło Poznania. Nowy typ oznaczono symbolem Neoplan N122/3.
III generacja