Działalność naukowa Uniwersytet Pedagogiczny im. KEN w Krakowie został uznany w Rankingu Szkół Wyższych Perspektywy 2020 najlepszą uczelnią pedagogiczną w kraju, a Instytut Historii i Archiwistyki jako jednostka kształcąca w zakresie historii uplasował się na 8 miejscu.
Jednym z ważniejszych kierunków badawczych podejmowanych przez pracowników są dzieje regionalne i lokalne, dlatego Instytut przez wiele lat uchodził za jeden z najlepszych ośrodków w Polsce zajmujący się badaniami regionalistycznymiJ. Ciecieląg, Sześćdziesiąt lat Instytutu Historii Uniwersytetu Pedagogicznego w Krakowie, "Konspekt" 2013, nr 46, s. 162.. Prężnie rozwija się współpraca zagraniczna z uniwersytetami rozmaitymi instytucjami naukowymi angielskimi, austriackimi, czeskimi, litewskimi, niemieckimi, rosyjskimi, słowackimi i ukraińskimi. Pracownicy uczestniczą w licznych grantach krajowych i zagranicznychGranty realizowane przez IHIA.
Z Instytutem było i jest związanych wielu uznanych historyków, takich jak Marian Tyrowicz, Aleksander Krawczuk, Stefan Skowronek, Feliks Kiryk, Stanisław Grzybowski, Mariusz Wołos.