W 1285 rozpoczęto budowę kościoła św. Klary (później dodano wezwanie Trójcy Przenajświętszej), który konsekrowano w 1332. W kolejnych wiekach był on wielokrotnie przebudowywany, jednak zachował on cechy świątyni gotyckiej, o czym świadczy m.in. zachowane sklepienie krzyżowo-żebrowe w prezbiterium i kaplicy znajdującej się pod chórem. Kościół ma układ jednonawowy o wydłużonym pięcioprzęsłowym korpusie i krótkim, węższym od korpusu łukiem prezbiterialnym.
W ołtarzach bocznych na szczególną uwagę zasługują wizerunki świętego Antoniego i świętej Klary, które wyszły spod pędzla wspomnianego Szkota. Na drzwiach zakrystii znajdują się malowidła z XVII wieku, przedstawiające przeniesienie relikwii świętego Stanisława ze Szczepanowa oraz zwycięstwo Bolesława Wstydliwego, nad wrogimi koronie polskiej Jadźwingami. Ołtarze boczne znajdujące się w nawie kościoła, mają typowo barokowy wygląd, a poświęcone są one Matce Bożej Pocieszycielce Strapionych, a także świętej Kindze pierwotnej właścicielce starosądecczyzny. Na uwagę zasługuje znajdująca się w tej sakralnej budowli unikalna barokowa ambona, która została wzniesiona w 1671 roku. Ma ona bogatą dekorację rzeźbiarską przedstawiającą drzewo genealogiczne Chrystusa i Jego Przenajświętszej Matki.