Od 16 stycznia 1950 roku siedziba PIR znajdowała się w odbudowanym III pawilonie, który znajdował się na terenie Państwowego Szpitala Klinicznego nr 1 w Warszawie przy ul. Nowogrodzkiej 59. Początkowo Państwowy Instytut Reumatologiczny dzielił pomieszczenia we wspomnianym pawilonie z Instytutem Dermatologii i Wenerologii. Od 1951 do 2015 r. Instytut Reumatologii (IR). W 1962 roku Instytut Reumatologii przeniósł się do swojej własnej siedziby przy ul. Spartańskiej 1 w Warszawie. W nowym budynku oprócz podstawowych klinik reumatologicznych znajdują się także klinika reumatologii dzieci, ortopedyczna, neurologiczna, laryngologiczna, hematologiczno-metaboliczna, kardiologiczna i jedyny w kraju oddział dny moczanowej. Powstały również liczne zakłady naukowe i usługowe takie jak: anatomii patologicznej, biochemii, mikrobiologii i serologii, radiologii, stomatologii, zakład usprawniania leczniczego, zakład organizacji walki z chorobami reumatycznymi, a także poradnię okulistyczną i przychodnię przykliniczną. W 1980 roku z Instytutu została wyodrębniona klinika kardiochirurgiczna i włączona do nowo powstałego Instytutu Kardiologii.