Przed II wojną światową parafia należała do dekanatu mołodeczańskiego archidiecezji wileńskiejSchematyzm Archidiecezji Wileńskiej 1938..
W czasie okupacji niemieckiej podczas II wojny światowej ówczesny proboszcz mołodeczański ks. Bolesław Łozowski angażował się w obronę ludności żydowskiej oraz działania konspiracyjne Polskiego Państwa Podziemnego. Po wojnie miasto znalazło się w granicach ZSRS. Ks. Łozowski był represjonowany przez komunistyczne władze, jednak do śmierci w 1967 mieszkał w Mołodecznie i potajemnie sprawował sakramenty. Kościół został przez Sowietów zamknięty i rozebrany. Brak jednak źródeł, w którym roku to nastąpiło.
Parafia została reaktywowana w 2003. W 2005 rozpoczęto budowę kościoła parafialnego pw. św. Piusa z Pietrelciny. Zakonnicy początkowo mieszkali w bloku przy ul. Niro, a następnie w domu przystosowanym do funkcji klasztoru znajdującym się przy ul. Połockiej 72.
Obecnie W parafii funkcjonuje ponad 10 kół Żywego Różańca, działa Legion Maryi, 2 koła Domowego Kościoła, Grupa AA, Neokatechumenat, Odnowa w Duchu Świętym, Rycerstwo Niepokalanej, ruch apostolski oraz chór młodzieżowy.