11 listopada 1943 roku rozkazem L.113/BP Komendanta Głównego AK awansowany na stopień porucznika. Od stycznia 1944 roku na stanowisku dowódcy kompanii B-3 batalionu „Bałtyk” pułku „Baszta”. Batalion miał zdobyć najsilniejsze obiekty na terenie Górnego Mokotowa obsadzone przez SS – koszary SS w dawnej I Miejskiej Szkole Rękodzielniczej Żeńskiej przy ul. Narbutta róg ul. Kazimierzowskiej róg i szkołę przy ul. Różanej.

W czasie powstania warszawskiego dwukrotnie ranny. Po kapitulacji powstania wyszedł z Warszawy z rannymi.

Po wojnie dokumentował historię kompanii B-3, organizował i przewodniczył środowisku „Baszty” i powstańców Mokotowa. Mocno zaangażowany w obronę swojego podwładnego kaprala podchorążego Waldemara Baczaka ps. „Erne” skazanego w procesie Wolność i Niezawisłość przez WSR w Warszawie 14 stycznia 1947 na karę śmierci. Z inicjatywy m.in. Michała Juchnickiego wiosną 1945 podjęto pierwsze prace ekshumacyjne żołnierzy pułku „Baszta” poległych na Mokotowie w czasie powstania warszawskiego. Z jego też inicjatywy i jego wysiłkiem została utworzona kwatera pułku AK „Baszta” na cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie, gdzie po wojnie grzebano ekshumowanych żołnierzy „Baszty”. 1 czerwca 1946 roku kwaterę poświęcił kapelan pułku ksiądz Jan Zieja ps.