Część pozostałości świątyni odkopanych zostało w roku 1710; odkryte marmurowe bloki budowli zostały wzięte przerobione na ołtarze i elementy dekoracyjne szeregu domów i kościołów, w tym katedry św. Pawła w Mdinie, groty św. Pawła w Rabacie oraz kościoła Franciszkanów i kościoła Dusz Wszystkich w Valletcie.
Więcej ruin świątyni oraz pobliskiego teatru odkrytych zostało obok klasztoru św. Piotra w Mdinie w roku 1747. Pozostałości te zawierały marmurowe filary, kapitele, gzymsy i całe bloki, jak też inskrypcję na temat budowy świątyni. Inna inskrypcja notująca budowę świątyni znaleziona została w pobliżu tego samego klasztoru w roku 1868, i chociaż imię bóstwa, któremu poświęcona była ta świątynia nie zachowało się, jest możliwe, że pochodzi ze świątyni Apollina.
W przewodniku A hand book, or guide, for strangers visiting Malta, napisanym przez Thomasa MacGilla w roku 1839 nadmienione jest, że „żadne pozostałości [świątyni] nie są teraz widoczne”. Archeolog Antonio Annetto Caruana, pisząc w roku 1882, zanotował, że niektóre z pozostałości odkrytych w latach 1710 oraz 1747 znajdowały się w prywatnych kolekcjach, m.in.