Gdy z dniem 1 lipca 1938 otrzymał nominację, Michael von Faulhaber złożył notę protestacyjną do Stolicy Apostolskiej, czego wynikiem były wielomiesięczne tarcia wokół osoby Bariona, które w konsekwencji doprowadziły do zamknięcia przez bawarskie ministerstwo kultury w lutym 1939 wydziału teologii katolickiej (stan ten się utrzymał do 1945).
W semestrze letnim 1939 kardynał Kolonii Karl Joseph Schulte powołał Hansa Bariona na wykładowcę teologii katolickiej na Uniwersytecie w Bonn, gdzie pozostał do końca wojny profesorem prawa kanonicznego i przez kilka lat dziekanem. Jego udział w Ausschuß für Religionsrecht w Akademii Prawa Niemieckiego (Akademie für Deutsches Recht) w latach 1939–1940 potwierdza jego poparcie rządu narodowosocjalistycznego.
Barion po II wojnie światowej Po upadku Trzeciej Rzeszy w 1945 Barion został usunięty z uniwersytetu. Wprawdzie podjął starania o odzyskanie stanowiska, jednak bez skutku. Odtąd Barion pracował jako nieetatowy wykładowca i publicysta w Bonn (publikował, podpisując się pseudonimem, w czasopiśmie „Priester und Arbeiter”;