8 sierpnia 1914, wymaszerował z Oleandrów jako żołnierz 1 kompanii 1 pułku I Brygady Legionów Polskich. Przebył kampanię pułku do grudnia 1914 roku, kiedy zachorował i znalazł się w szpitalu. Po zakończeniu leczenia został przydzielony do Szkoły Podchorążych Legionów Polskich. 14 maja 1915, po ukończeniu szkoły „ze stopniem dobrym”, został mianowany aspirantem oficerskim w randze tytularnego sierżanta z poborami plutonowego.. Wrócił do pułku i swojej kompanii. Poległ 5 lipca 1916 w bitwie pod Kostiuchnówką. Po zakończeniu bojów uparcie lecz bezskutecznie poszukiwany przez siostrę Józefę i braci Adama i Antoniego. Został uznany za zmarłego.
Została ustanowiona symboliczna tablica nagrobna na grobie rodziny Szarskich na cmentarzu Rakowickim w Krakowie – o treści:
"Dr Stanisław Szarski, Sodalis Marianus, Sierżant I p.p. Leg.Pol. zaginął bez wieści, pod Kostiuchnówka na Wołyniu, 5/7 1916 w wieku lat 28"
Od 4 maja 1915 do 1 lipca 1916 roku prowadził dziennik, przekazany do Wojskowego Instytutu Historycznego przez jego siostrę Józefę Merunowicz.