W 1935 przeniósł się na Westfalski Uniwersytet Wilhelma w Münster (Westfälische Wilhelms-Universität Münster) na katedrę ogólnej historii Kościoła ze szczególnym uwzględnieniem historii misjonarstwa. Joseph Lortz był członkiem NSDAP, w 1938 roku wystąpił z partii.
W okresie powojennym wykładał od 1950 do śmierci w 1975 roku na Uniwersytecie w Moguncji, był także dyrektorem Instytutu Historii Europejskiej w Moguncji w dziale historii religii zachodnioeuropejskiej.
Joseph Lortz napisał wiele prac na temat Kościoła rzymskokatolickiego i reformacji. Najbardziej znaną pracą była: Reformacja w Niemczech (Die Reformation in Deutschland).
Wśród znanych uczniów Lortza można wymienić takie osoby jak: Erwin Iserloh, Armin Lindauer, Peter Manns, Karl Pellens, Alex Schröer.
Wyróżnienia Na swoje 80. urodziny Joseph Lortz otrzymał od papieża Pawła VI, w uznaniu jego zasług dla dialogu pomiędzy dwoma największymi odłamami chrześcijaństwa, godność prałataBodo Bost „Der katholische Luther“ Prof. Joseph Lortz (1887-1975) aus Grevenmacher hat das Lutherbild der katholischen Kirche