W 2008 roku Chorwackie Ministerstwo Kultury uznało, że 18 jego prac dotyczących chorwackiej wojny o niepodległość, wojny w Bośni i stosunków między Chorwacją a Bośnią i Hercegowiną nie było książkami, lecz broszurami.
Akt oskarżenia Praljak znalazł się wśród sześciu oskarżonych przez Międzynarodowy Trybunał Karny dla byłej Jugosławii (ICTY) w związku z działalnością w Chorwackiej Republice Herceg-Bośni. W dniu 5 kwietnia 2004 dobrowolnie poddał się i został przekazany ICTY. Trybunał w swoim oskarżeniu zarzucił Praljakowi, że jako starszy oficer wojskowy dowodził, bezpośrednio i pośrednio, siłami zbrojnymi Herceg-Bośni / HVO, które dokonały masowych zbrodni wojennych przeciwko ludności bośniacko-muzułmańskiej w 8 gminach w Bośni i Hercegowinie podczas wspólnego przestępczego przedsięwzięcia w latach 1992–1994. W swojej roli wysokiej rangi urzędnika w Ministerstwie Obrony, był ściśle zaangażowany we wszystkie aspekty nie tylko planowania i operacji wojskowych Herceg-Bośni / HVO, ale także działań cywilnej policji Herceg-Bośni / HVO. 6 kwietnia wystąpił przed ICTY i nie przyznał się do winy. Praljak wybrał obronę bez adwokata.