Dzięki staraniom biskupa warmińskiego Józefa von Hohenzollerna w 1818 przy Gimnazjum Akademickim powołane ponownie zostaje seminarium w Braniewie pod nazwą Liceum Hosianum. Do liceum mieli wstępować absolwenci gimnazjum, którzy obrali stan duchowny. Miało ono dwa oddzielne fakultety – filozoficzny i teologiczny. Johann Schmülling zostaje w 1821 w nim profesorem filozofii.
Na Wielkanoc 1827 opuścił Braniewo na zawsze, gdy został powołany, jako następca biskupa Bernharda Overberga, na stanowisko rektora seminarium duchownego w Münster oraz otrzymał godność kanonika katedry w Münster. W 1835 wydział teologiczny uczelni nadał mu tytuł doktora honoris causa. Od 1837 do 1849 sprawował urząd profesora egzegezy Nowego Testamentu. W 1837 znalazł się na liście kandydatów do godności biskupa diecezji warmińskiej. W 1845 jego uczniowie na cześć profesora stworzyli fundację Stipendium Schmüllingianum o kapitale 300 talarów, z odsetek którego co roku była przyznawana nagroda. Co drugi rok mogli się o nią ubiegać również uczniowie innych konfesji (do szkoły uczęszczali też uczniowie ewangelicy i wyznania mojżeszowego)Johann Joseph Braun Geschichte des Königlichen Gymnasiums zu Brausberg während seines dreihundertjährigen Bestehens. Fest-Programm, womit zu der Dienstag den 4.