W latach 1975–1991 był dyrektorem Międzyuczelnianego Instytutu Wynalazczości i Ochrony Własności Intelektualnej UJ, następnie kierował Katedrą Wynalazczości i Ochrony Własności Przemysłowej w Instytucie Prawa Własności Intelektualnej UJ. W 1983 otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego, w 1989 tytuł profesora zwyczajnego.
Od 1996 do 1999 był członkiem Zespołu do Spraw Spółek Handlowych przy Komisji Kodyfikacyjnej Prawa Cywilnego (pozostali członkowie: Stanisław Sołtysiński, Andrzej Szajkowski, w 1999 J. Szwaję zastąpił Andrzej Szumański), w ramach którego w 1997 przedstawiono projekt Kodeksu spółek handlowychStanisław Włodyka Źródła prawa spółek handlowych, w: Prawo spółek handlowych. System Prawa Handlowego. Tom 2A, wyd. C.H. Beck, s. 10.
Był członkiem założycielem International Association for the Advancement of Teaching and Research in Intellectual Property i przewodniczącym Polskiej Grupy Narodowej Association Internationale pour la Protection de la Propriété Industrielle.
Został pochowany na Cmentarzu Białoprądnickim w Krakowie.
Publikacje Kara umowna według kodeksu cywilnego (1967) Prawo wynalazcze. Przepisy-orzecznictwo-piśmiennictwo-objaśnienia (1978) Kodeks spółek handlowych. Komentarz (współautor) Ustawa o zwalczaniu nieuczciwej konkurencji.