Od ukazania się jego pierwszego zbioru opowiadań w roku 2001 Wagner był czynnym pisarzem, wydawcą i tłumaczem angielsko-amerykańsko-niemieckim. Jego opowiadania były publikowane w licznych antologiach (m.in. „Der Große Conrady”) i magazynach literackich („Akzente”, „Bella triste”, „Sinn und Form”, „Muschelhaufen”). Jako krytyk redagował recenzje dla Frankfurter Rundschau i dla innych gazet, jak i dla radia. Od 2009 roku jest członkiem Bawarskiej Akademii Sztuk Pięknych, od 2010 członkiem Akademii Nauk i Literatury w Moguncji, Niemieckiej Akademii Języka i Poezji oraz Niemieckiego Centrum PEN. Za zbiór opowiadań pod tytułem „Regentonnenvariationen” otrzymał pierwszy raz tytuł liryka nagrody Lipskich Targów Książki. Od 2015 roku jest członkiem Wolnej Akademii Sztuki w Hamburgu.
W 2014 roku wraz z Krystyną Dąbrowską, Uljaną Wolf, Justyną Bargielską, Tomem Schulzem, Jackiem Dehnelem, Dagmar Krause, Tomaszem Różyckim oraz Kerstin Preiwuss wziął udział w Liryka extra/ausgezeichnet liryk – polsko-niemieckim projekcie poezji online realizowanym przy współpracy Fundacji Wisławy Szymborskiej, Instytutu Goethego i Literaturwerkstatt Berlin.
Utwory Wagnera z języka niemieckiego na język polski są tłumaczone przez Tomasza Ososińskiego.
Jan Wagner mieszka w Berlinie od 1995, od 2000 roku w berlińskiej dzielnicy Neukölln.