Niemiecką załogę stanowili w większości pracownicy Kancelarii Führera, którzy uprzednio uczestniczyli w akcji T4, czyli eksterminacji osób chorych psychicznie i niepełnosprawnych umysłowo. W związku z oddelegowaniem do personelu akcji „Reinhardt” otrzymali oni oficerskie lub podoficerskie stopnie SS. Pod względem personalnym podlegali nadal Kancelarii, natomiast pod względem operacyjnym ich przełożonym był SS-Brigadeführer Odilo Globocnik – dowódca SS i Policji na dystrykt lubelski, a zarazem kierownik akcji „Reinhardt”. W szeregach załogi Sobiboru znajdowało się w szczególności wielu pracowników ośrodka „eutanazji” na zamku Hartheim. Do tamtejszego personelu należeli m.in. obaj komendanci obozu.
Członkowie niemieckiej załogi nosili mundury Waffen-SS. Byli uzbrojeni w broń krótką i pistolety maszynowe. Wyposażono ich także w pejcze.
Funkcję komendanta obozu pełnili kolejno: SS-Obersturmführer Franz Stangl – z zawodu policjant, z pochodzenia Austriak. Weteran akcji T4, podczas której służył w ośrodku „eutanazji” na zamku Hartheim. Był komendantem Sobiboru od końca kwietnia do końca sierpnia 1942 roku.