W sezonie 1982/1983 Wisła II występowała w grupie VI (śląskiej) III ligi polskiej – zdobyła 13 pkt, zajęła ostatnie 14. miejsce i spadła poziom niżej (bilans bramek 16-52). Powróciła na jeden sezon w 1993 – w grupie krakowskiej (V) zajęła 15. miejsce (23 pkt; 37–73) oraz w 1997 – gdy w grupie krakowskiej (IV) zajęła 7. miejsce (62 pkt; 60–30) – jednak w związku z reformą ligową nie zapewniło jej to pozostania na trzecim poziomie rozgrywek.
W latach 2003–2007 zespół występował w grupie IV trzeciej ligi polskiej. W sezonie 2003/2004 zajął 6. miejsce (45 pkt; 44-38), w sezonie 2004/2005 – 10 miejsce (35 pkt; 30-37), w sezonie 2005/2006 14. miejsce (28 pkt; 32-37) – jednak pozostał w lidze ze względu na wycofanie się HEKO Czermno. W sezonie 2006/2007 zespół ponownie zajął 14. miejsce (31 pkt; 35-49) i spadł z ligi.
Późniejsza historia W sierpniu 2016, w związku z trudnościami finansowymi, zespół rezerw został zlikwidowany i wycofany z rozgrywek III ligi. Zawodnicy zostali przeniesieni do pierwszego zespołu lub do ekipy juniorskiej występującej w Centralnej Lidze Juniorów.
W marcu 2017 zapowiadano przywrócenie zespołu rezerw.
Klub przystąpił do rozgrywek IV ligi małopolskiej (zachód) w sezonie 2019/2020.