W roku 1613 rycerz Fra Bernardo Macedonia zbudował w pobliżu wieżę, którą nazwano po kaplicy wieża św. Cecylii. W roku 1630 kaplica została opisana, jako będąca w dobrym stanie, i przez następne kilka lat utrzymywała się dzięki darowiznom. Niestety, już w roku 1635 była w złym stanie i została zdesakralizowana w roku 1644. Kaplica stała się budynkiem pomocniczym dla wieży, mieszcząc przez jakiś czas młyn poruszany siłą mułów.
W roku 1996 budynek kaplicy (wraz z pobliską wieżą) został zaliczony do zabytków narodowych 1. klasy, w roku 1997 został wywłaszczony przez rząd, chociaż zarządzenie to nie zostało wykonane ze względu na kwestię odszkodowania, a budynek pozostał w użyciu jako schronisko dla zwierząt i magazyn do początku XXI wieku. W sierpniu 2007 roku jego wnętrze zostało spalone przez wandali, powodując nieodwracalne szkody. Część zachodniej ściany i niektóre płyty dachowe zawaliły się podczas ulewnego deszczu w styczniu 2008 roku.
thumb|Plinta z tablicą upamiętniającą otwarcie odbudowanej kaplicy w roku 2012