II wojna światowa 6 września 1939 eskadra A 74 dywizjonu została wysłana na przechwycenie domniemanego wroga namierzonego radarem. W rzeczywistości były to hurricany z 56 dywizjonu. Malan, początkowo wydał rozkaz ataku na hurricany lecz szybko zdał sobie sprawę z pomyłki i dał rozkaz przerwania walki. Jednak dwóch pilotów, Paddy Byrne i John Freeborn, do których rozkaz nie dotarł zestrzeliło 2 przyjacielskie myśliwce, zginął jeden lotnik, Montague Hulton-Harrop. Malan przed sądem wojennym nie przyznał się do winy. Zeznawał przeciwko swoim pilotom twierdząc że Freeborn był nieodpowiedzialny, porywczy i nie słuchał ważnych rozkazów. To spowodowało, że obrońca Freeborna, Patrick Hastings nazwał Malana bezczelnym kłamcą. Asystentem Hastingsa był Roger Bushell londyński adwokat oraz pilot pomocniczej służby RAF (Royal Auxiliary Air Force) który w 1943 poprowadził Wielką Ucieczkę ze Stalagu Luft III w Żaganiu. Sąd orzekł, że cały incydent był niefortunnym błędem i uniewinnił obu pilotów. To wydarzenie jest znane jako Bitwa nad Barking Creek.