24 grudnia 1940 otrzymał Distinguished Service Order, a 5 dni później został dodany do listy pilotów których portretował Cuthbert Orde, oficjalny artysta RAF. Malana spotkał rzadki zaszczyt, jego portret został namalowany w kolorze a nie jak zazwyczaj, węglem. 10 marca 1941 objął dowództwo skrzydła Biggin Hill na czele którego brał udział w operacjach zaczepnych. W sierpniu 1941 został wycofany z działań bojowych. Miał na swoim koncie 27 zestrzeleń pewnych, 7 zestrzeleń zespołowych, 2 niepotwierdzone, 3 prawdopodobne oraz 16 uszkodzeń, co wtedy stanowiło go największym asem RAFu. 6 stycznia 1942, w stopniu majora (squadron leader) został przeniesiony do rezerwy.
1 września 1942 został awansowany do rangi podpułkownika (wing commander) i otrzymał dowództwo bazy RAF w Biggin Hill. Mimo rozkazom zakazującym loty bojowe oficerom wysokiego szczebla, często je łamał, aby wziąć udział w walce. W październiku 1943 przyznano mu dowództwo 19 skrzydła myśliwskiego a wiosną 1944 stanął na czele 145 skrzydła myśliwskiego Wolnych Francuzów. Wieczorem 6 czerwca 1944 osobiście uczestniczył w locie bojowym nad Normandią w ramach operacji Overlord.