W 1818, po powrocie z Włoch, został duszpasterzem w Monachium, zdecydował się jednak powrócić do Landshut. Tam został kaznodzieją w kościele św. Marcina. W 1821 roku na podstawie nagrodzonej pracy Darstellung der hermeneutischen Momente bei der Beweisführung der dogmatischen Bibelstellen uzyskał stopień doktora teologii. W 1824 roku opuścił rodzinne strony, by objąć stanowisko wykładowcy w odległym Braniewie w Prusach Wschodnich.
Josef Scheill przybył do Braniewa 22 czerwca 1824. Objął stanowisko profesora teologii pastoralnej i zarządcy (rektora) seminarium. Zastał w nim wówczas zaledwie 6 kleryków. Ksiądz Scheill zażądał od biskupa za pełnienie funkcji rektora (gdyż państwo nie płaciło za tę funkcję) pensję 800 talarów rocznie, na co biskup Hohenzollern przystał. Scheil ułożył nowy regulamin seminarium (poprzedni ułożony przez samego biskupa został odrzucony przez ministerstwo) i wprowadził go w życie. Z tego powodu uważany jest przez historyków za twórcę nowożytnego seminarium duchownego w Braniewie. Zajmował stanowisko rektora seminarium przez dziesięć lat, czyli do swojej przedwczesnej śmierci. Zmarł w Braniewie, podczas zażywania kąpieli w rzece Pasłęce. Pochowany został, jak wielu innych profesorów, na cmentarzu św. JanaStanisław Achremczyk, Alojzy Szorc, Braniewo, Olsztyn 1995, s.