W latach 1994–1995 występował w rozgrywkach Liga Nacional de Fútbol No Aficionado (LINAFA), które podczas dwuletniego rozłamu ligi panamskiej były konkurencyjne dla bardziej popularnej ANAPROF.
Zespół de facto awansował do najwyższej klasy rozgrywkowej dopiero w 2001 roku, po zwycięstwie w finale drugiej ligi z Pan de Azúcar (3:2). W Liga Panameña zadebiutował porażką z Plazą Amador (0:2). Rywal ten, mający siedzibę w pobliskiej dzielnicy, jest derbowym przeciwnikiem Chorrillo, a spotkania między nimi są określane jako Clásico del Pueblo. Historycznego gola w pierwszej lidze zdobył dla Chorrillo dwie kolejki później José Luis Herrera, w meczu ze Sportingiem 89' (1:0). W sezonie 2006 klub występował pod nazwą Municipal Chorrillo, lecz już po roku powrócił do poprzedniego nazewnictwa.
Pierwsze mistrzostwo Panamy zespół zdobył w jesiennym sezonie Apertura 2011, pokonując w finale ligowym Plazę Amador (4:1). Czołowymi graczami drużyny prowadzonej wówczas przez trenera Miguela Mansillę byli m.in. Alberto Quintero czy Rolando Blackburn.