Pomiędzy 1979 r., a 1989 r. pełnił on funkcję kierownika tego Zakładu. Zmarł w 2016 r., został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
Działalność naukowa Profesor Rutkowski zajmował się zarówno badaniami podstawowymi, jak i aplikacyjnymi. W pierwszym okresie swojej kariery naukowej badał przede wszystkim petrografię, sedymentację i właściwości fizyczne skał węglanowych, piaskowców, żwirów oraz surowców mineralnych. Po przejściu do Zakładu Kartografii Geologicznej jego zainteresowania badawcze rozszerzyły się o zagadnienia geologii czwartorzędu, geomorfologii, a także tworzenia map geologicznych.
Do największych jego osiągnięć należały badania litologii utworów kredy Niecki Miechowskiej, warunków sedymentacji i litologii wapieni sarmatu z południowo-zachodnich Gór Świętokrzyskich, tektoniki i utworów czwartorzędowych okolic Krakowa, a także środowiska jeziora Wigry. Dodatkowo opracował on własną, aktualnie powszechnie wykorzystywaną, metodę badań żwirów czwartorzędowych, był on w Polsce pionierem powszechnego wykorzystania zdjęć lotniczych i satelitarnych do kartografii geologicznej i geomorfologicznej, a także wykorzystania sejsmiki wysokiej rozdzielczości do badań osadów jeziornych. Opracował własną grawitacyjną sondę rdzeniową do poboru osadów z dna jeziora.