Był współzałożycielem Litewskiego Stowarzyszenia Organistów im. św. Grzegorza w Kownie. W 1913 złożył szkołę organistów J. Naujalisa, w której był dyrektorem i pedagogiem. Pracował również jako nauczyciel w Wilnie, gdzie mieszkał w latach 1914–1916. W 1919 założył kowieńską szkołę muzyczną, w której nauczano na poziomie szkoły wyższej. W 1933 została ona przemianowana na konserwatorium w Kownie, a Naujalis objął stanowisko dyrektora. Nadano mu również tytuł profesora, który otrzymał jako pierwszy litewski muzyk.
Naujalis podejmował działania łagodzące skutki rusyfikacji Litwinów po powstaniu styczniowym. Założył pierwszą litewską księgarnię i wydawał „Vargonininkas” (), pierwszy na Litwie periodyk muzyczny. W 1898 potajemnie założył litewskie towarzystwo śpiewacze „Daina” (), które odegrało kluczową rolę w krzewieniu litewskiej muzyki narodowej. W 1905 towarzystwo zorganizowało pierwszy publiczny wieczór litewski, a w 1924 pierwszy litewski festiwal piosenki z Naujalisem jako głównym dyrygentem.