W 1994 został przeniesiony do parafii św. Michała Archanioła w Polkowicach, a w 1995 do parafii św. Jana Chrzciciela w Zgorzelcu, gdzie zorganizował kolejną drużynę harcerską. W 1996 został skierowany do pracy duszpasterskiej w parafii Podwyższenia Krzyża Świętego w Legnicy, gdzie kierował Białą Służbą, jako jej komendant, oraz utworzył nowe drużyny harcerskie. W 1999 współtworzył Dolnośląski Hufiec Harcerzy „Zachód”. Jako Diecezjalny Duszpasterz Harcerski Diecezji Legnickiej i Komendant Dolnośląskiego Hufca „Zachód” otoczył opieką były obóz koncentracyjny „Gross Rosen” w Rogoźnicy – miejsce męczeńskiej śmierci pierwszego naczelnika Szarych Szeregów, Floriana Marciniaka.
Nowy etap działalności duszpasterskiej i publicznej nastąpił w 2002, kiedy to ks. Krzysztof Bojko został mianowany proboszczem parafii Przemienienia Pańskiego w Białej. Obok pracy ze środowiskiem harcerskim założył kolejne drużyny, rozwinął na szeroką skalę współpracę ze środowiskiem kresowian i sybiraków. Dążąc do popularyzacji kultury i historii Kresów II Rzeczypospolitej, zakładał organizacje kresowe, organizując dla nich coroczne spotkania, m.in. Wrześniowe Kresowiana. Był pomysłodawcą założenia Stowarzyszenia „Kresy – Przeszłość i Przyszłość”, objął również funkcje jego wiceprezesa.