W tym samym zmarł jedyny brat Krystyny, przez co stała się druga w kolejce do tronu po swojej starszej siostrze DorocieWedług części możnowładców wciąż wiernych Chrystianowi II.
Krystyna zdobyła dobre wykształcenie na dworze swojej ciotki, ówczesnej namiestniczki Niderlandów, pod nadzorem swojej guwernantki Madame de Fiennes. Była opisywana jako wielka piękność, inteligentna i pełna życia, oraz rozmiłowana w polowaniu i jeździe konnej. Jako podopieczna swojego wuja cesarza Karola V i członkini cesarskiej rodziny była cennym pionkiem na rynku dynastycznych małżeństw. W 1527 roku Tomasz Wolsey prymas Anglii i lord kanclerz zasugerował małżeństwo pomiędzy nieślubnym synem Henryka VIII a Krystyną lub Dorotą, ale Habsburgowie nie mieli zamiaru wydawać księżniczek za kogoś urodzonego poza związkiem małżeńskim. W 1531 roku Franciszek II Sforza, książę Mediolanu zaproponował chęć poślubienia jednej z sióstr, ponieważ chciał zawrzeć sojusz cesarzem przeciwko Francji, która od wielu lat usiłowała przyłączyć do siebie Mediolan. Karol V odmówił zgody na małżeństwo z Dorotą, ale zgodził się na Krystynę.