W międzyczasie, w 2011 roku porzucił funkcję asystenta w młodzieżowej reprezentacji Chorwacji i w pełni poświęcił się pracy w klubie. W 2012 roku został trenerem rezerw Al-Hilal, a w 2013 roku przez krótko trenował pierwszą drużynę tego klubu. W 2014 roku objął Al-Ain FC. W 2017 roku został ogłoszony nowym selekcjonerem reprezentacji Chorwacji, którą poprowadził do dwóch medali Mistrzostw świata - w 2018 srebra po ulegnięciu reprezentacji Francji 2:4 w finale, a w 2022 do brązu po pokonaniu reprezentacji Maroka w meczu o 3. miejsce wynikiem 2:1. Oprócz tego reprezentacja Chorwacji pod jego wodzą zdobyła srebrny medal Ligi Narodów UEFA (2022/2023). 2 lipca 2026 w przegranym meczu 1/16 finału 1:2 z Portugalią i odpadnięciu Chorwacji z Mistrzostw Świata w 2026, 8 lipca tego samego roku ogłosił swoje odejście z funkcji selekcjonera kadry. 12 sierpnia objął stanowisko selekcjonera reprezentacji Zjednoczonych Emiratów Arabskich.
Sukcesy Jako trener Klub Varteks Varaždin Finalista Pucharu Chorwacji: 2005/2006 Dinamo Tirana Superpuchar Albanii: 2008 Al-Hilal Puchar Arabii Saudyjskiej: 2012/2013 Wicemistrz Arabii Saudyjskiej: 2012/2013 Al-Ain Puchar Emira: 2013/2014 Mistrz ZEA: 2014/2015 Superpuchar ZEA: 2015 Finalista Ligi Mistrzów AFC: 2016