Podstawą opodatkowania VAT jest wartość celna (na podstawie dokumentu SAD) powiększona o należne cło i podatek akcyzowy (jeśli występuje) plus inne koszty (np. prowizje, transport, opakowania i koszty ubezpieczenia, które zostały już poniesione albo będą poniesione do czasu pierwszego miejsca przeznaczenia towarów na terytorium kraju) i należności celne (jeżeli organy celne mają obowiązek pobierać te należności z tytułu importu towarów). Obowiązek podatkowy w imporcie towarów powstaje z chwilą powstania długu celnego.
Deklaracja VAT Przy imporcie towarów, wykazywane wartości znajdują się tylko po stronie zakupu – poz. 43 i 44 lub 45 i 46 (deklaracja VAT-7). Import towarów jest również wykazywany w deklaracji VAT-UE.
Odliczenie VAT Gdy podatnik dokonuje rozliczenia importu towarów według zasad ogólnych (procedura normalna), prawo do odliczenia przysługuje za okres rozliczeniowy, w którym podatnik otrzymał dokument celny. Przy czym, jeżeli podatnik nie odliczy VAT w ww. terminie, to może tego dokonać w jednym z dwóch kolejnych okresów rozliczeniowych.