Komplementna komponenta 1, q subkomponentnokiki 1 je sekretni protein koji je kod ljudi kodiran genom C1QL1, lociranom na poziciji 17q21.31.C1QL1 Gene - GeneCards | C1QRF Protein | C1QRF Antibody
Dužina polipeptidnog lanca je 258 aminokiselina, sa molekulskom težinom od 26.453.
Široko je eksprimiran, ali njegova ekspresija je najviša u mozgu, a također može biti uključen u regulaciju motorne kontrole. Pre-iRNK ovog proteina podliježe editiranju RNK.
Aminokiselinska sekvenca Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
1020304050 MLLVLVVLIPVLVSSGGPEGHYEMLGTCRMVCDPYPARGPGAGARTDGGD ALSEQSGAPPPSTLVQGPQGKPGRTGKPGPPGPPGDPGPPGPVGPPGEKG EPGKPGPPGLPGAGGSGAISTATYTTVPRVAFYAGLKNPHEGYEVLKFDD VVTNLGNNYDAASGKFTCNIPGTYFFTYHVLMRGGDGTSMWADLCKNGQV RASAIAQDADQNYDYASNSVILHLDAGDEVFIKLDGGKAHGGNSNKYSTF SGFIIYSD
Funkcija
Njegova fiziološka funkcija je nepoznata. Član je proteinskog domene C1Q, koji imaju važnu signalnu ulogu u upalama i adaptivnoj imunosti.
Editiranje RNK
Tip Pre-iRNK ovog proteina podložna je A do I editiranja, koja katalizira porodica adenozin-deaminaza koja djeluje na RNK (ADAR) sa specifičnim prepoznavanjem adenozina u dvolančanim regijama pre-mRNK i deaminiraju ih u inozin. Inozini su, u ćelijskom mehanizmu translacije prepoznati kao gvanozini. Postoje tri člana porodice ADAR: ADAR 1-3, s tim da su ADAR 1 i ADAR 2 jedini enzimski aktivni članovi. Smatra se da ADAR 3 ima regulatornu ulogu u mozgu. ADAR 1 i ADAR 2 su široko eksprimirani u tkivima, dok je ADAR 3 ograničen na mozak. Dvolančana područja RNK nastaju uparivanjem baza između ostataka u regiji komplementarnoj regiji mesta editiranja. Ovo komplementarno područje obično se nalazi u susjednom intronu, ali se također može nalaziti u egzonskoj sekvenci. Regija koja se uparuje s regijom uređivanja poznata je pod nazivom editirana komplementarna sekvenca (ECS).
Editiranje RNK
Kandidatska mjesta za uređivanje određena su eksperimentalnim poređenjem sekvenci cDNK i genomski kodirane DNK od iste osobe, kako bi se izbjegli jednolanonukleotidni polimorfizmi (SNP). Dvija od tri mjesta za uređivanje u mišjem genu pronađene su i u ljudskom transkriptu. Međutim, u svim RNK otkriveno je samo Q / R mjesto, a T / A mjesto je otkriveno samo jednom. Oba mjesta nalaze se u okviru egzona.
Mjesto Q/R
Ovo mjesto nalazi se u egzonu 1, na poziciji 66. Editiranje rezultira promjenom kodona iz glutaminskog u argininski.
Mjesto T/A
Ovo mjesto nalazi i u egzonu 1, na poziciji 63. Otkriveno je samo u jednom genomskom uzorku, što ukazuje da uređeni ostatak može biti SNP. Međutim, predviđa se da sekundarna struktura RNK oko mjesta uređivanja visoko konzervirana i kod miševa i kod ljudi. To ukazuje na to da se lokacija T/A i dalje može eksprimirati kao mjesto koja uređuje sekvencu od A do I RNK. Uređivanje na ovom mjestu rezultiralo bi promjenom aminokiselina iz treonina u alanin.
Predviđa se da se ECS može naći unutar egzona 1, na lokaciji 5 'do područja za uređivanje.
Regulacija editiranja Ovo mjesto nalazi ae i u egzonu 1, na poziciji 63. Otkriveno je samo u jednom genomskom uzorku koji ukazuje da je editiranjee različito eksprimirano u cerebelumu i korteksu. Ova regulacija je nađena i kod miševa, sugerirajući konzerviranost regulacije editiranja o uređivanju. Nije otkriveno nijedno uređivanje u tkivu ljudskih pluća, srca, bubrega ili slezene.
Evolucijska konzervacija Sekvenca egzona 1 je visoko konzerirana kod sisara i editiranje pre-iRNK ovog proteina vjerovatno će se dogoditi kod miševa, pacova, pasa i krava, kao i kod ljudi. Iako ECS nije konzerviran kod nesisara, u zebricama je predviđena alternativna ECS sa sličnom strukturom, ali na drugom mjestu. Ecs se nalazi nizvodno od mjesta za editiranje.
Efekti na strukturu proteina Ova predviđena mjesta za editiranje rezultiraju prevođenjem arginina umjesto glutamina na Q/R mjestu i alanina umjesto treonina na mjestu T/A. Ove promjene kodona su nesinonimske. Budući da se mjesta za uređivanje nalaze neposredno prije domena kolageracije poput trimeriziranja, uređivanje može uticati na oligomerizaciju proteina. Ova regija je također vjerovatni domen proteaza. Nije poznato da li bi promjene aminokiselina uzrokovane edditiranjem mogle uticati na ove domene.
Reference
Dopunska literatura
Vanjski linkovi DARNED (DAtabase of RNa EDiting in humans)
Kategorija:Prerada RNK Kategorija:Ekspresija gena Kategorija:Geni na hromosomu 17 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika