Glutaminom bogati protein 2 je protein koji je kod ljudi kodiran genom QRICH2 na hromosomu 17. Funkcija proteina QRICH2 uglavnom je nepoznata, ali pokazalo se da gen QRICH2 sadrži gluteninski domen velike molekulske težine i domen ATPaza. Gen QRICH2 je visoko eksprimiran u sjemenicima, a subćelijska lokacija proteina je u jedru.
Dužina polipeptidnog lanca je 1.663 aminokiseline, а molekukska težina 180.827.
Aminokiselinska sekvenca Simboli
C: Cistein D: Aspartat E: Glutamat F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
1020304050 MKDAAEELSFARVLLQRVDELEKLFKDREQFLELVSRKLSLVPGAEEVTM VTWEELEQAITDGWRASQAGSETLMGFSKHGGFTSLTSPEGTLSGDSTKQ PSIEQALDSASGLGPDRTASGSGGTAHPSDGVSSREQSKVPSGTGRQQQP RARDEAGVPRLHQSSTFQFKSDSDRHRSREKLTSTQPRRNARPGPVQQDL PLARDQPSSVPASQSQVHLRPDRRGLEPTGMNQPGLVPASTYPHGVVPLS MGQLGVPPPEMDDRELIPFVVDEQRMLPPSVPGRDQQGLELPSTDQHGLV SVSAYQHGMTFPGTDQRSMEPLGMDQRGCVISGMGQQGLVPPGIDQQGLT LPVVDQHGLVLPFTDQHGLVSPGLMPISADQQGFVQPSLEATGFIQPGTE QHDLIQSGRFQRALVQRGAYQPGLVQPGADQRGLVRPGMDQSGLAQPGAD QRGLVWPGMDQSGLAQPGRDQHGLIQPGTGQHDLVQSGTGQGVLVQPGVD QPGMVQPGRFQRALVQPGAYQPGLVQPGADQIDVVQPGADQHGLVQSGAD QSDLAQPGAVQHGLVQPGVDQRGLAQPRADHQRGLVPPGADQRGLVQPGA DQHGLVQPGVDQHGLAQPGEVQRSLVQPGIVQRGLVQPGAVQRGLVQPGA VQRGLVQPGVDQRGLVQPGAVQRGLVQPGAVQHGLVQPGADQRGLVQPGV DQRGLVQPGVDQRGLVQPGMDQRGLIQPGADQPGLVQPGAGQLGMVQPGI GQQGMVQPQADPHGLVQPGAYPLGLVQPGAYLHDLSQSGTYPRGLVQPGM DQYGLRQPGAYQPGLIAPGTKLRGSSTFQADSTGFISVRPYQHGMVPPGR EQYGQVSPLLASQGLASPGIDRRSLVPPETYQQGLMHPGTDQHSPIPLST GLGSTHPDQQHVASPGPGEHDQVYPDAAQHGHAFSLFDSHDSMYPGYRGP GYLSADQHGQEGLDPNRTRASDRHGIPAQKAPGQDVTLFRSPDSVDRVLS EGSEVSSEVLSERRNSLRRMSSSFPTAVETFHLMGELSSLYVGLKESMKD LDEEQAGQTDLEKIQFLLAQMVKRTIPPELQEQLKTVKTLAKEVWQEKAK VERLQRILEGEGNQEAGKELKAGELRLQLGVLRVTVADIEKELAELRESQ DRGKAAMENSVSEASLYLQDQLDKLRMIIESMLTSSSTLLSMSMAPHKAH TLAPGQIDPEATCPACSLDVSHQVSTLVRRYEQLQDMVNSLAVSRPSKKA KLQRQDEELLGRVQSAILQVQGDCEKLNITTSNLIEDHRQKQKDIAMLYQ GLEKLEKEKANREHLEMEIDVKADKSALATKVSRVQFDATTEQLNHMMQE LVAKMSGQEQDWQKMLDRLLTEMDNKLDRLELDPVKQLLEDRWKSLRQQL RERPPLYQADEAAAMRRQLLAHFHCLSCDRPLETPVTGHAIPVTPAGPGL PGHHSIRPYTVFELEQVRQHSRNLKLGSAFPRGDLAQMEQSVGRLRSMHS KMLMNIEKVQIHFGGSTKASSQIIRELLHAQCLGSPCYKRVTDMADYTYS TVPRRCGGSHTLTYPYHRSRPQHLPRGLYPTEEIQIAMKHDEVDILGLDG HIYKGRMDTRLPGILRKDSSGTSKRKSQQPRPHVHRPPSLSSNGQLPSRP QSAQISAGNTSER
Broj NCBI referenceDužinaLokacijaMolekulska težinaPImRNA: NM_032134.1 Protein: NP_115510.1iRNK: 5411 bp Protein: 1663 aa17q25.1 180,8 kdal6,25
Gen QRICH2 iRNK duga je 5,411 bp, a njegov hromosomski položaj kod ljudi je 17q25.1. Ima 19 egzona i sadrži dvija glavna funkcijska domena: domen glutenina velike molekulske težine (aminokiseline 446-979) i domen koji uključuje ATPaze (aminokiseline 1036-1413 ). QRICH2 nalazi se između gena UBAL D2 i gena PRPSAP1 na hromosomu 17. Ne postoji predviđena struktura zvana matična petlja na iRNK ovog gena, jer ne postoje komplementarne sekvence RNK.
Protein Protein QRICH2 dugačak je 1663 aminokiseline, a 10,9% aminokiselina je Glutamin (Q). 38% sekundarne strukture proteina QRICH2 je alfa-zavojnica, 39% je beta-list i 13% se obrće. Tip ljudskog tkiva s najvišim nivoom ekspresije QRICH2 su sjemenici, što potvrđuje i profil ekspresije gena za miševe i pse. Subćelijska lokacija proteina QRICH2 je u jedru. QRICH2 je topivi protein, njegova prosječna hidrofobnost je –0.5995. QRICH2 protein ima interakcije s brojnim ostalim proteinima, uključujući SSSCA1, TSSC1, GAPDH, NUP98 i SNAI1.
Homologija Paralozi
VrstaGenPristup (iRNK)Dužina (bp)E-vrijednostIdentitet PokrivenostLokacija Čovjek FLJ25373 AK058102 1499 0,0 99% 27% ch7
Sekvence iRNK FLJ25737-a savršeno se podudaraju s dvije regije na QRICH2 iRNK (bp 3157-4302 na QRICH2 podudaraju se s bp 1-1146 na FLJ25737, bp 4998-5307 na QRICH2 odgovaraju s bp 1140-1499 na FLJ25737). Međutim, FLJ25737 lociran je na hromosomu 7, a QRICH2 na hromosomu 17.
VrstaProteinPristup (Protein)Dužina (aa)E-vrijednostIdentitetPokrivenostLokacija Čovjek Sperminoliki protein 1 NP_001012998.2 632 6.00e-46 34% 39% Xq21.1Čovjek Proteinska pikolo izoforma 1 NP_149015.2 5142 3.00e-10 30% 33% 7q11.23
Ortolozi VrstaUobičajeno imeDivergencija od ljudi (milioni godina)Pristup (Protein)Dužina (aa)IdentitetPokrivenostRattus norvegicusSmeđi pacov 92,3XP_577148.4197151%99%Nomascus leucogenysGibon20,4XP_003279182.2176880%99%Canis lupus familiarisPas94,2XP_533125.3193667%99%Loxodonta africanaSlon98,7XP_003417424.1197365%99%Ailuropoda melanoleucaPanda94,2XP_002919929.1190364%99%Otolemur garnettiiLemur74XP_003785524.1196363%99%Sus scrofaDivlja svinja94.2XP_003131230.1198363%99%Cavia porcellus Zamorčić 92,3XP_003461498185261%99%Felis catusMačka94,2XP_003997276.1175561%98%Papio anubisBabun29XP_003913523.1204380%97%Gorilla gorillaGorila8,8XP_00404108750799%30%Mus musculusKućni miš92,3NP_001028439.159277%30%
Protein QRICH2 ima dobro konzervirane ortologe kod mnogih vrsta. Ortologne proteinske sekvence se vrlo dobro podudaraju u regiji u kojoj je domen glutenina velike molekulske težine i domen koji uključuje ATPazu.
Funkcija Funkcija proteina QRICH2 uglavnom je nepoznata. Pokazalo se da pripada općim ekspresijskim grupama na ljudskom hromosomu 17, gdje pripadaju: NCOR1, GFAP, QRICH2, ANAPC11 i PER1. Također može biti i nadregulirani gen uključen u ćelijsku adheziju i ćelijsku morfogenezu. Visoka ekspresija gena QRICH2 u testisima može sugerirati da protein QRICH2 ima neke funkcije povezane s proizvodnjom muških hormona. Protein QRICH2 ima neke sličnosti sekvence sa spermidinom/sperminom N (1) acetil-sličnim proteinom 1 kod nekoliko vrsta.
Reference
Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Geni na hromosomu 17 Kategorija:Proteomika