Protein 78 sa domenom upredene zavojnice (CCDC78) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom CCDC78. Ima nekoliko alijasa, uključujući C16orf25, FLJ34512, CNM4 i JFP10. Nalazi se na (–) lancu hromosoma 16 (sekvenca 16p13.3). Njegovo susjedstv uključuje NARFL (također na minus lancu), HAGHL, FAM173A i METRN. Gen CCDC78 dug je 10.892 baznih parova, a protein sadrži 438 aminokiselina. Protein teži približno 4.852 KDa. Postoji nekoliko izoformi, uključujući onu koja je obilježena jedinstvenom urođenom miopatijom. Nekoliko profila pokazuje da ima sveprisutnu ekspresiju na umjerenim nivoima. Iako ne postoje paralozi, ima nekoliko ortologa.
Funkcija Funkcija ovog gena još nije poznata. Postoje dokazi da CCDC78 ima ulogu u kontrakciji skeletnih mišića. To potkrepljuju strukturne sličnosti sa ostalim mišićnim proteinima i testovi lokalizacije. Predviđena struktura CCDC78 bila je slična strukturi tropomiozina (vidi dolje). Genski proizvod nalazi se prvenstveno u perijedarnom području, sarkolemnoj membrani i mrežastom obrascu sarkoplazme. Međutim, testovi lokalizacije predviđaju da će se naći i u citoplazmi.
iRNK Opća obilježja: Dužina genomske DNK: 10.892 bp Najčešća dužina prevedene iRNK: 1.317 bp 5' Netranslatirana regija: 447 bp 3' Netranslatirana regija: 2.188 bp Varijante transkripta: Poznato je 13 alternativnih obrazaca prerade. Oni se mogu vidjeti na susjednoj slici. Jedan od njih je indiciran za bolest.
Protein Opća obilježja: Sadrži dva domena upredene zavojnice Molekulska težina: 4.852 KDal Izoelektrična tačka: 8.27
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 438 aminokiselina, a molekulska težina 48.521 Da.. 1020304050 MEHAATTGPRPGPPSRRVENVVLRAKDWLPGAPGGTAVWATSLEAEVPPD LALNKEQQLQISKELVDIQITTHHLHEQHEAEIFQLKSEILRLESRVLEL ELRGDGTSQGCAVPVESDPRHPRAAAQELRHKAQVPGHSDDHRFQVQPKN TMNPENEQHRLGSGLQGEVKWALEHQEARQQALVTRVATLGRQLQGAREE ARAAGQRLATQAVVLCSCQGQLRQAEAENARLQLQLKKLKDEYVLRLQHC AWQAVEHADGAGQAPATTALRTFLEATLEDIRAAHRSREQQLARAARSYH KRLVDLSRRHEELLVAYRAPGNPQAIFDIASLDLEPLPVPLVTDFSHRED QHGGPGALLSSPKKRPGGASQGGTSEPQGLDAASWAQIHQKLRDFSRSTQ SWNGSGHSCWSGPRWLKSNFLSYRSTWTSTWAGTSTKS Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Ekspresija Kada se gledaju EST profili kod ljudi, čini se da CCDC78 pokazuje sveprisutnu ekspresiju na umjerenim nivoima.
Predviđene posttranslacijske modifikacije: Fosforilacija nekoliko ostataka serina predviđena je upotrebom alata na ExPasy.
Predviđena sekundarna struktura Sekundarna struktura CCDC78 predviđena je pomoću alata za predviđanje sekundarne strukture proteina PELE. Kao što bi se moglo očekivati kod domena sa upredenom zavojnicom koja sadrži protein, postoji nekoliko α-heliksa. Predviđeno je da će model proteina biti tačan 98% do 65%. Ovaj predviđeni model usko je povezan sa tropomiozinom – kontraktilnim proteinom.
Interakcije protein-protein Utvrđeno je da samo jedan protein komunicira sa CCDC78. Analiza izvedena iz IntAct-a pokazala je interakciju između CCDC78 i dAK1_1 u Yersinia pestis.
Homologija CCDC78 nema poznate paraloge u ljudskom genomu. Međutim, ima nekoliko ortologa u drugim organizmima. Ortolozi se mogu naći u čitavom životinjskom carstvu. CCDC78 je vrlo konzerviran kod sisara.Upredena zavojnica je visoko konzervirana u svim ortolozima, što pokazuje važnost ovih domena.
Klinički značaj Pokazalo se da mutacija ovog gena uzrokuje jedinstvenu urođenu miopatiju. Ovu mutaciju uzrokuje alternativna prerada – insercija okvira od 222 bp. Grupa istraživača sa Univerziteta u Michiganu analizirala je porodicu sa dominantno nasljednom urođenom miopatijom. Nakon analize povezanosti, uslijedilo je zadržavanje cijelog egzoma i sekvenciranje sljedeće generacije, otkrivši da je CCDC78 prisutan kod pogođenih osoba i da ga nema u >10.000 kontrola. Zatim su uspješno modelirali ovu urođenu miopatiju u zebricama. CCDC78 je također povezan sa imunskim odgovorom na hepatitis B.
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 16 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika