Navodni RK-vezujući protein Luc7-oliki 1 je protein koji je kod ljudi kodran genom LUC7L.
Gen LUC7L može predstavljati heterohromatinski gen sisara, koji kodira navodni RNK-vezujući protein sličan podjedinici kvaščevog kompleksa Luc7p za spajanje U1 snRNP koji je obično potreban za izbor mjesta zapet spojeva.
Mapiranje Analizom genomske sekvence, Tufarelli et al. (2001) mapirali su gen LUC7L na centromernu stranu klastera alfa-globina, na hromosomu 16, regija p13.3. LUC7L se transkribuje prema telomerama u suprotnoj orijentaciji od gena alfa-globina. Interspecifičnom hibridnom analizom i analizom genomske sekvence mapirali su mišji Luc7l na hromosomu 17, odvojeno od klastera mišjih alfa-globina, na hromozomu 11.Tufarelli, C., Frischauf, A.-M., Hardison, R., Flint, J., Higgs, D. R. Characterization of a widely expressed gene (LUC7-LIKE; LUC7L) defining the centromeric boundary of the human alpha-globin domain. Genomics 71: 307-314, 2001. [PubMed: 11170747
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 371 aminokiselinu, a molekulska težina 43.728 Da.. 1020304050 MSAQAQMRALLDQLMGTARDGDETRQRVKFTDDRVCKSHLLDCCPHDILA GTRMDLGECTKIHDLALRADYEIASKERDLFFELDAMDHLESFIAECDRR TELAKKRLAETQEEISAEVSAKAEKVHELNEEIGKLLAKAEQLGAEGNVD ESQKILMEVEKVRAKKKEAEEEYRNSMPASSFQQQKLRVCEVCSAYLGLH DNDRRLADHFGGKLHLGFIQIREKLDQLRKTVAEKQEKRNQDRLRRREER EREERLSRRSGSRTRDRRRSRSRDRRRRRSRSTSRERRKLSRSRSRDRHR RHRSRSRSHSRGHRRASRDRSAKYKFSRERASREESWESGRSERGPPDWR LESSNGKMASRRSEEKEAGEI
Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija Koristeći nekoliko tehnika, Tufarelli et al. (2001) klonirali su LUC7L, koristeći ukupnu RNK iz ćelijske linije eritroleukemije. Identifikovali su nekoliko alternativno prerađenih varijanti. Najduži protein sadrži 371 aminokiselinu i homologan je proteinu Luc7 S. cerevisiae. LUC7L ima N-terminalnu konzerviranu regiju praćenu C3H cinkovim prstom, domenom upredene zavojnice, cinkovim prstom koji veže R2 za C2H2, dva preklapajuća bipartitna signala jedarne lokalizacije i C-terminalni RS/RE (bogat argininom-serinom) i motiv bogat argininom-glutamatom). Northern blot analiza, u svim ispitivanim tkivima otkrila je po dva prevladavajuća transkripta od oko 3,5 i 2,5 kb. Otkriveno je nekoliko dodatnih transkripata od 1,4 do 1,6 kb. Relativne ekspresija prerađenih izoformi varirals je unutar i između tkiva.
Funkcija gena Nasljedni ljudski genetički poremećaji obično su uzrokovani mutacijama koje remete kodirajuće sekvence gena ili njegove konzervirane, lokalne cis-djelujuće sekvence, uključujući promotore ili signale za obradu iRNK. Mnogo rjeđe se ekspresija gena reguliše nasljednim delecijama udaljenih regulatornih elemenata koji se mogu nalaziti i do 100 kb uzvodno ili nizvodno od gena kojima oni kontroliraju (Kleinjan i van Heyningen, 1998). Tufarelli et al. (2003) opisali su novi mehanizam ljudske nasljedne bolesti.Kleinjan, D.-J., van Heyningen, V. Position effect in human genetic disease. Hum. Molec. Genet. 7: 1611-1618, 1998. [PubMed: 9735382Tufarelli, C., Stanley, J. A. S., Garrick, D., Sharpe, J. A., Ayyub, H., Wood, W. G., Higgs, D. R. Transcription of antisense RNA leading to gene silencing and methylation as a novel cause of human genetic disease. Nature Genet. 34: 157-165, 2003. [PubMed]: 12730694 U slučaju alfa-talasemije otkrili su da je jedinstvenom delecijom uklonjeni gen HBA1 i gen HBQ1 i postavljeni u susjedstvo regiji koja je obično približno 18 kb nizvodno od klastera ljudskog alfa-globina strukturno normalnog gena alfa-2-globina odraslih (HBA2). Delecija kod ovog pacijenta s alfa (–) -talasemijom, označena kao ZF, nije uklonila nijednu pozitivnu cis-djelujuću sekvencu (Barbour et al., 2000), ali je ekspresija strukturno netaknutog gena alfa-globina stabilno utihnula tokom razvoja , a njegovo ostrvo CpG bilo je gusto metilirano i neosjetljivo na endonukleaze, u području od približno 2 kb.Barbour, V. M., Tufarelli, C., Sharpe, J. A., Smith, Z. E., Ayyub, H., Heinlein, C. A., Sloane-Stanley, J., Indrak, K., Wood, W. G., Higgs, D. R. Alpha-thalassemia resulting from a negative chromosomal position effect. Blood 96: 800-807, 2000. PubMed: 10910890
Ove epigenetičke promjene nisu povezane s bilo kakvim promjenama u vremenu replikacije ili nuklearnom kompartmentalizacijom abnormalnog alela. Delecija nije uticala na ostala CpG ostrva povezana sa genima koji prate bok klasteru alfa-globina. Tufarelli et al. (2003) pokazali su da je kod pogođene osobe, u transgenom modelu i u diferencijaciji embrionskih matičnih ćelija, transkripcija antisens RNK posredovana utišavanjem i metilacijom povezanog ostrva CpG. Gen LUC7L transkribira se iz suprotnog lanca u alfa-globinske gene. Transkripti antisens RNK bili su upleteni u utišavanje i metilaciju CpG ostrva povezana s nekim preko majki utisnutim genima i sa Xist (314670), koji je uključen u inaktivaciju X-hromosoma.
Reference
Dopunska literatura
Kategorija:Geni na hromosomu 16 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika