Mali EDRK-bogati faktor 8 je protein koji je kod ljudi kodiran genom SERF8.
Međunarodni konzorcij za radijacijsko hibridno mapiranje locirao je gen NEDP1 na hromosomu 15 (SGC33966).
NEDD8 je protein sličan ubikvitinu koji postaje konjugiran sa podjedinicom kulina nekoliko ubikvitinskih ligaza. Ova konjugacija, koja se naziva nedilacija, potrebna je za optimalnu aktivnost ubikvitin-ligaze. NEDD8-specifične denedilaze, poput NEDP1 ili DEN1, potrebne su za obradu NEDD8 propeptida na C-terminalnom motivu diglicina i uklanjanje NEDD8 iz kulina (Gan-Erdene et al., 2003).
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 212 aminokiselina, a molekulska težina 24.107 Da..
1020304050 MDPVVLSYMDSLLRQSDVSLLDPPSWLNDHIIGFAFEYFANSQFHDCSDH VSFISPEVTQFIKCTSNPAEIAMFLEPLDLPNKRVVFLAINDNSNQAAGG THWSLLVYLQDKNSFFHYDSHSRSNSVHAKQVAEKLEAFLGRKGDKLAFV EEKAPAQQNSYDCGMYVICNTEALCQNFFRQQTESLLQLLTPAYITKKRG EWKDLITTLAKK Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija Pretragom baze podataka za sekvence slične kvascu Ulp1, nakon čega slijedi PCR biblioteke cDNK bubrega, Mendoza et al. (2003) klonirali su NEDP1. Izvedeni protein od 212 aminokiselina sadrži cisteinski domen proteaze uz bok kratkim produženjima N– i C-kraja. PCR analiza pokazala je široku ekspresiju NEDP1, sa najvećom ekspresijom u bubrezima i gušterači.
Wu et al. (2003) prečistili su DEN1 iz HeLa ćelija, na osnovu njegove sposobnosti da dededilira CUL1 supstrat. Tragajući za sekvencama sličnim tipskom DEN1 fragmentu, praćenom PCR bibliotekom cDNK fetusnog mozga, klonirali su DEN1. Western blot analiza otkrila je pročišćeni protein pri prividnoj molekulskoj masi od 24 kD.
Funkcija gena Mendoza et al (2003) potvrdili su da je rekombinantni NEDP1 eksprimiran u bakterijama obrađivao proteinski prekursor NEDD8, nakon druge glije u motivu diglicina, ali nije obrađivao protein SUMO1 ili ubikvitin. NEDP1 nije pokazao nikakvu aktivnost protiv SUMO1 pune dužine, SUMO2 ili SUMO3. Studije inhibicije i mutageneze pokazale su da je NEDP1 cistein-proteaza. NEDP1 je dekonjugirao NEDD8 iz CUL2 in vitro i iz modificiranog CUL4A in vivo.Mendoza, H. M., Shen, L., Botting, C., Lewis, A., Chen, J., Ink, B., Hay, R. T. NEDP1, a highly conserved cysteine protease that deNEDDylates cullins. J. Biol. Chem. 278: 25637-25643, 2003. [PubMed: 12730221 Wu et al. (2003) utvrdili su da je rekombinantni DEN1 vezao NEDD8 u in vitro padajućem testu, ali je pokazao mnogo niže vezivanje za SUMO1 i ubikvitin. Pokazali su da je DEN1 obrađivao prekursorske proteine NEDD8 u zreli protein i da je DEN1 dekonjugirao hipernedilirani CUL1.Wu, K., Yamoah, K., Dolios, G., Gan-Erdene, T., Tan, P., Chen, A., Lee, C., Wei, N., Wilkinson, K. D., Wang, R., Pan, Z.-Q. DEN1 is a dual function protease capable of processing the C terminus of Nedd8 and deconjugating hyper-neddylated CUL1. J. Biol. Chem. 278: 28882-28891, 2003. PubMed: 12759363 Gan-Erdene et al. (2003) otkrili su da je DEN1 katalizirao hidrolizu supstrata NEDD8 mnogo većom brzinom od supstrata ubikvitina. Nije katalizirao hidrolizu supstrata SUMO1.Gan-Erdene, T., Nagamalleswari, K., Yin, L., Wu, K., Pan, Z.-Q., Wilkinson, K. D. Identification and characterization of DEN1, a deneddylase of the ULP family. J. Biol. Chem. 278: 28892-28900, 2003. PubMed: 12759362
Reference
Dopunska literatura
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 15 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika