Protein cinkovog prsta 280D, znan i kao supresor homologa 4 dlakavih krila (vinska mušica), SUWH4, protein cinkovog prsta 634, ZNF634 ili KIAA1584, je protein koji je kod ljudi kodiran genom ZNF280D, sa hromosoma 15, sekvenca 21.3.
Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 979 aminokiselina, a molekulska težina 109.285 Da.
1020304050 MGDNPFQPKSNSKMAELFMECEEEELEPWQKKVKEVEDDDDDEPIFVGEI SSSKPAISNILNRVNPSSYSRGLKNGALSRGITAAFKPTSQHYTNPTSNP VPASPINFHPESRSSDSSVIVQPFSKPGYITNSSRVVSNKSSELLFDLTQ DTGLSHYQGGPTLSMAGMSESSFLSKRPSTSEVNNVNPKKPKPSESVSGA NSSAVLPSVKSPSVTSSQAMLAKGTNTSSNQSKNGTPFPRACPKCNIHFN LLDPLKNHMKYCCPDMINNFLGLAKTEFSSTVNKNTTIDSEKGKLIMLVN DFYYGKHEGDVQEEQKTHTTFKCFSCLKILKNNIRFMNHMKHHLELEKQS SESWENHTTCQHCYRQFPTPFQLQCHIESTHTPHEFSTICKICELSFETE HVLLQHMKDNHKPGEMPYVCQVCNYRSSSFSDVETHFRTSHENTKNLLCP FCLKVIKIATPYMHHYMKHQKKGIHRCTKCRLQFLTCKEKMDHKTQHHRT FIKPKQLEGLPPGTKVTIRASVGPLQSGASPTPSISASASTLQLSPPRTK NITAKNPAKSNTSKPNTVKSNASKPNTSKPNGSKSKYKPKISNMQKKQST LASSNKKSKVNTALRNLRYRRGIHKCIECCSEIKDFANHFPTYVHCSFCR YNTSCSKAYVNHMMSFHSNRPSKRFCIFKKHSENLRGITLVCLNCDFLSD VSGLDNMATHLSQHKTHTCQVVMQKVSVCIPTSEHLSELKKEAPAKEQEP VSKEIARPNMAERETETSNSESKQDKAASSKEKNGCNANSFEGSSTTKSE ESITVSDKENETCLADQETGSKNIVSCDSNIGADKVEKKKQIQHVCQEME LKMCQSSENIILSDQIKDHNSSEARFSSKNIKDLRLASDNVSIDQFLRKR HEPESVSSDVSEQGSIHLEPLTPSEVLEYEATEILQKGSGDPSAKTDEVV SDQTDDIPGGNNPSTTEATVDLEDEKERS Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Gen Postoji ukupno 24 moguća egzona u bilo kojoj varijanti gena ZNF280D. ZNF280D je orijentiran na minus nit hromosoma 15 i obuhvata 288,396 kb. Okolni geni lokusa uključuju TEX9, HMGB1P33, MNS1, LOC645877 i LOC145783. thumb|280px|Položaj ljudskog ZNF280D i susjednih gena thumb|Položaj ZNF280D lokusa na ljudskom hromosomu 15
iRNK Za ZNF280D identificirane su najmanje 24 prerađene varijante. Postoji sedam vjerovatnih alternativa promotora. Čini se da se iRNK razlikuju skraćivanjem 5' kraja, skraćivanjem 3' kraja, prisustvom ili odsustvom 12 kasetnih egzona, preklapanjem egzona s različitim granicama, preradom naspram zadržavanja pet introna. Najduži oblik prerade sadrži 4428 bp. 280px|thumb| Najzastupljeniji alternativni oblici prerade iRNK gena ZNF280D.
Protein
Sastav i domeni thumb|Poravnavanje višestrukih sekvenci ortologa DUF4195 otkriva nisku konzervaciju. thumb|Višestruko poravnavanje ortologa za pet domena cinkovog prsta otkriva visoku konzerviranost.
Dužina proteina ZNF280D je 979 aminokiselina. Protein sadrži domen nepoznate funkcije (DUF4195), u rasponu od 45. do 230. aminokiseline. DUF4195 (pfam13826) je porodica koja se nalazi na N-terminalu proteina kod Metazoa. koji nose PHD-slične domene cinkovog prsta; funkcija je nepoznata. ZNF280D protein također sadrži pet visoko konzerviranih domena Cys2 His2-tipova cinkovog prsta. Cinkovi prsti imaju sposobnost vezanja DNK, što podržava spekulativnu ulogu ZNF280D kao transkripcijskog faktora.
Molekulsja težina proteina je približno 109,3 kdal. Analiza klaster naboja otkriva klaster negativnog naboja u blizini N-kraja između aminokiselina 16-43. Klasteri naboja povezani su s funkcionalnim domenama ćelijskih faktora transkripcije, pružajući dalju podršku za ZNF280D kao mogući faktor transkripcije.
SNP-ovi Postoji niz SNP-ova koji su uočeni u ljudskoj populaciji. Na donjoj slici navedeni su neki od najčešćih pojavljivanja. thumb|280px|Najučestaliji SNP-ovi u ljudskom genomu
Regulacija
Razina iRNK thumb|Regija promotora ljudskog ZNF280D i mjesta vezanja predviđenog transripcijskog faktora Predviđa se da će se određeni broj faktora transkripcije vezati za predviđenu promotorsku regiju.
Proteinska razina Protein ZNF280D sadrži 66 ostataka serina, 17 treonina i šest tirozina, a svi oni su potencijalna mjesta fosforilacija. thumb|Kandidati za fosforilaciju u ljudskkom proteinu ZNF280D. Ostatak glicina na položaju 2 je vjerovatni kandidat za N-terminalnu acetilaciju. Postoji sedam vjerovatnih sumoilacijskih lokacija. thumb|Vjerovatna mjesta sumoilacije proteina ZNF280D
Ekspresija thumb|left| GEO analiza ekspresije profila proteina ZNF280D u ljudskim tkivima. ZNF280D sveprisutno eksprimiran na relativno niskim nivoima u gotovo svim tkivima u ljudskom tijelu.
U jednoj studiji, ekspresija ZNF280D je upoređena između endotelnih progenitornih ćelija u pupkovini i perifernoj krvi. Rezultati pokazuju da je ekspresija bila značajno veća u krvi pupkovine.Ovo podržava moguće uključivanje ZNF280D u embriondki razvoj ili ćelijsku diferencijaciju. thumb|Podaci o ekspresiji ZNF280D u endotelnim progenitornim ćelijama iz pupkovine i periferne krvi odraslih.
Evolucija Za ljudski protein ZNF280D, identificiran je određeni broj ortologa i udaljenih homologa. Za njega, u ljudskom genomu postoje i četiri paraloga.
Protein Vrsta Datiranje divergencije od čovjeka (prije n miliona godina) Pristupni broj u bazu NCBI Dužina sekvence (aminokiseline) Identitet sekvence E-vrijednost ZNF280D Miš (Mus musculus) 92,3 NP_666336 974 76% 0 ZNF280D izoforma X1 Goveče (Bos taurus) 94.2 XP_002690904 974 88% 0 ZNF280D Afrički grmasti slon (Loxodonta africana) 987 XP_003418437 979 90% 0 ZNF280D izoforma X1 Kineska mehkooklopna kornjača (Pelodiscus sinensis) 296 XP_006112544 993 61% 0 ZNF280D Stepksi soko (Falco cherrug) 296 XP_005435548 939 60% 0 ZNF280D Prizemna sjenica (Pseudopdoces humilis) 296 XP_005521527 936 57% 0 ZNF280D izoforma X1 Kineski aligator (Alligator sinensis) 296 XP_006018037 277 50% 1E-64 ZNF280D Zapadna kandžasta žaba (Xenopus tropicalis) 371.2 XP_002940298 1071 49% 0 ZNF280D izoforma X1 Zebrica (Danio rerio) 400,1 XP_005166581 879 43% 2E-172 ZNF280D-liki protein Žarnjak (Saccoglossus kowalevskii) 661.2 XP_006811912 733 32% 5E-50 Protein cinkovog prsta 36 Morski mlaz (Ciona intestinalis) 722,5 NP_001041459 581 32% 7E-58 GL11474 Vinska mušica (Drosophila persimilis) 782.7 XP_002016218 1271 29% 5E-16 Protein cinkovog prsta Očni crv (Loa loa) 937.5 XP_003139663 495 33% 6E-19 Zap1p Pekarski kvasac (Saccharomyces cerevisiae S288c) 12158 NP_012479 880 33% 2E-7+ Odabrani ortolozi i udaljeni homolozi ljudskog proteina ZNF280D
Paralog Pristupni broj Dužina sekvence (aminokiseline) Identitet sekvence E-vrijednost ZNF280C NP_060136 737 68% 0 ZNF280B NP_542942 543 54% 0 ZNF280A NP_542778 542 49% 6E-148 ZNF280E (pogo transposable element with ZNF domain isoform 1) NP_055915 1410 44% 4E-134+ Paralozi ljudskog proteina ZNF280D
Interakcije
Eksperimentalno je potvrđeno da ZNF280D komunicira sa proteinima CBX5 i CBX3. Ovi proteini imaju ulogu u stvaranju heterohromatina, što predstavlja moguću funkcionalnu ulogu ZNF280D kao transkripcijskog represora.
Reference
Dopunska literatura
Kategorija:Geni na hromosomu 15 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika