Neokarakterizirani protein otvorenog okvira čitanja 60 hromosoma 12 (C12orf60) je protein tkoji je kod ljudi (Homo sapiens) kodiran genom C12orf60, poznatim i kao LOC144608 ili MGC47869. Proteinu nedostaju transmembranski domen i heliksi, ali je bogat alfa-heliksima. Predviđa se da se lokalizira u u jedru.
Transkript C12orf60 iRNK je dug 1.139 nukleotida i kodira protein sa 245 aminokiselina. Predviđeno je da se nalazi u jedru, ali u naučnoj zjednici njegova funkcija još uvijek nije dobro shvaćena. Smatra se potencijalnim biomarkerom za otkrivanje alergenske imunoterapije.Hiroi, T., & Okubo, K. (2010). U.S. Patent Application No. 13/498,267.
Gen je visoko eksprimiran u sjemenicima i debelom crijevu, ali također i u bubrezima, karcinomima dojke, mozgu i raznim endokrinim žlijezdama.Marchler-Bauer, A., Bo, Y., Han, L., He, J., Lanczycki, C. J., Lu, S., ... & Gwadz, M. (2016). CDD/SPARCLE: functional classification of proteins via subfamily domain architectures. Nucleic Acids Research, gkw1129.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 245 aminokiselina, a molekulska težina 27.626 Da..
1020304050 MSSESEKDKERLIQAAKMFFFHVQDLASVINTLTELFSRSMNTQILLMAV KNNSYIKDFFEQMLKIFKEMQSVVDARHDKIQKESLCSKVAMAMCSVVQK STNVEELHQSAKEVFKSAHTPVIISVLNSSNILGSLESSLSHLMKFPIMN LQLSDFYTEDTKEQSDVTTSERTRSPPGSSKTTMIDTLKKLQDVLKTEDS KNPTKSAADLLEQIVKAMGPILEILQKAIKTMEMNISVFKKASDK Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Gen
Lokus i veličina thumb|450px|Lokacija C12orf60 na hromosomu 12 C12rf60 nalazi se na hromosomu 12, sa početkom u 14,803.572 bp i završetkom na 14,823.858 bp, obuhvatajući 20.287 baznih parova. Nalazi se na prednjoj/pozitivnoj niti između 12p12.3 i 12p13.1 citogenetičke pruge. Ostali geni koji su unutar 100 kilobaza ovog gena uključuju: Pozitivni/prednji lanac Član porodice H2A histona J (H2AFJ) Negativni/stražnji lanac Jednoprolazni membranski protein od tri domena sa upredenim zavojnicama (SMCO3) Protein vezivanja WW domena 11 (WBP11) ADP-riboziltransferaza 4 (ART4) Četveročlani skup histona, H4 (HIST4H4) LOC105369669 Matriks Gla protein (MGP)
Uobičajeni pseudonimi C12orf60 je takođe poznat kao LOC144608 i MGC47869.
iRNK Unutar gena postoje ukupno 22 egzona. Od ovih egzona postoji 13 varijanti transkripta. Predviđeno je 12 ovih varijanti transkripta i da će samo sedam od njih kodirati protein. Nadalje, predviđa se da kodiraju isti protein. center | thumb |620x620px | Prostorna distribucija prerađenih izoformi C12orf60, između citogenetičkih traka 12p12.3 i 12p13.1. Predviđene su sve izoforme koje počinju s “X”. Ljubičasti transkripti nisu kodirajući, a svi zeleni transkripti kodiraju istu proteinsku sekvencu. Krpelji na linijama pokazuju lokaciju egzona, dok introni leže između.
Značajna obilježja sekvence iRNK uključuju dva signala poliadenilacije u 3' neprevedenoj regiji (UTR), meta je nekoliko proteina koji vežu RNK (RBP) uključujući RBP-MBNL1 u 5' UTR. u primarnom transkriptu, nalazi se jedno intronsko mjesto prerade, kao i uzvodni uokvireni stop kodon.
Protein thumb|Predviđena tercijarna struktura proteina 12orf60, prema I-TASSER. Označeni u aminokiselinski krajevi. Regije koje se nalaze unutar DUF4533 obojene su crveno, ako je upredena zavojnica i ljubičasto/plavo ako je alfa-heliks. Inače, zavojnice su obojene sivom bojom, a alfa-heliksi sivo/plavom bojom.|282x282px
Sastav C12orf60 ima predviđenu izoelektričnu tačku od 8,19 i molekulsku masu od 27,6 kiloD. Ostaci glicina i tirozina relativno su manje zastupljeni u usporedbi s drugim proteinima u ljudskom proteomu, dok je metionin zastupljeniji.
Topologija Predviđa se da će proteinski proizvod ima više α-heliksa, upredenih zavojnica i jedan β-list. Predlaže se da protein ne sadrži transmembranske regije ili spirale, što znači da nije usidren na ćelijsku membranu niti unutarćelijske membrane poput Golgijevog aparata.
Konzervirani domeni U predviđenom proteinskom proizvodu, C12orf60 sadrži konzervirani proteinski domen od 225 aminokiselina. Ovaj domen (DUF4533) je unutar porodice proteina pfam15047. U ovoj porodici je naveden samo još jedan gen: C12orf69 , koji je takođe poznat i kao SMOC3 (jednoprolazni membranski protein sa domenima upredene zavojnice 3).
Analiza ljudskog C12orf60 i njegovih devet ortologa otkriva visoko konzerviranu ERL motiv počevši od 10. ostatka ljudske proteinske sekvence. Nije poznato da li se ovaj motiv javlja u drugim proteinima.
Ostali konzervirani ostaci su Asp25, Ser28, Phe37, Met41, Glu69, Leu85, Lys88, Leu143, Pro147, Ile148, Leu151, Gln164, Lys189, Leu191, Ala207 i Glu212, Leu225 i Lys227. Nadalje, ti ostaci leže u okviru DUF4533, što ukazuje na to da su ove konzervirane aminokiseline važne za funkciju domena. Također, područje između 100. i 150. ostataka nije konzervirano. Dakle, ovo područje vjerovatno nije vitalno za funkciju proteina.
Posttranslacijska modifikacija Budući da se predviđa da je proteinski proizvod unutarćelijski, ne predviđa se da će doći do vanćelijskih modifikacija na C12orf60. Predviđene su i druge modifikacije kao što su acetilacija, fosforilacija, cijepanje pikornavirusne proteaze, sumolizacija i O-beta-GlcNAcilacija da se jave na C12orf60, kao i na nekoliko njegovih ortolognih proteina. Postoje dvije aminokiseline koje služe kao mjesta i fosforilacije i O-beta-GlcNAcilacije, što može ukazivati na mjesto aktivacija ili inaktivacija proteina.
Subćelijska lokalizacija Predviđeno je da se C12orf60 lokalizira u jedru, citoplazmi ili izvan ćelije. Međutim, sadašnja literatura podržava njegovu lokalizaciju u jedru.
Ekspresija
Tkivna ekspresija thumb|500px|Profil ekspresije tkiva procijenjen mikročipom C12orf60. Ekspresija C12orf60 je reguliranoa. Gen je visoko eksprimirn u sjemenicima i debelom crijevu, ali je također eksprimiran i u bubrezima, karcinomima dojke, različitim endokrinim žlijezdama i nekim regijama mozga. Također je eksprimiran i u tijelu embriona i fetus tokom razvoja. thumb|500px| Profil ekspresije C12orf60 u mozgu procijenjen mikronizova. Lokacije ekspresije su sljedeće (lokacije visokih ekspresija podebljane): 1) Moždana kora, 2) Moždano jezgro, 3) Epitalamus, 4) Hipotalamus, 5) Subtalamus, 6) Talamus, 7) Srednji mozak, 8 ) Srednjemoždani tegmentum (omotač), 9) Mali mozak, 10) Pons, 11) Produžena moždina, 12) Telencefalonska bijela masa, 13) Moždane komore
Regulacija transkripcije Promotor GXP_71811 regulira ekspresiju C12orf60. Dug je 1.373 parova baza i također se nalazi na pozitivnom lancu. Postoji više od 400 transkripcijskih faktora koji se mogu podudarati za vezivanje za ovaj promotor, uključujući one SOX/SRY-determinator spola/testisa, ljudske i mišje ETS i transkripcijske faktore za homeodomen.
Interakcija proteina thumb|401x401px|Interakcija (lijevo) i koekspresija poteina C12orf60 Rolland et al. otkrili su da C12orf60 stupa u interakciju sa BMP4 (koštani morfogenetski protein 4). BMP4 inducira stvaranje kostiju i hrskavica. Također djeluje u mezodermnoj indukciji i popravci prijeloma.
Nekoliko drugih proteina bi također moglo stupiti u interakciju s C12orf60, a neki su predviđeni za koekspresiju sa proteinima. Moguća interakcija proteina uključuje L3MBTL4, C3orf67, FAM78A i PXDC1. Pacovi sa nadekspresijom L3MBTL4 imaju veći krvni pritisak i učestaliji srčani ciklus.
Proteini za koje se smatra da su koeksprimirani zajedno sa C12orf60 uključuju ELMOD2, TTC30B i BCDIN3D. Smatra se da je ELMOD2 uključen u antivirusne reakcije i uzrokuje porodičnu idiopatsku plućnu fibrozu. TTC30B je uključen u biogenezu organela i put održavanja, kao i unutarflagelski transport. BCDIN3D je metiltransferaza i služi kao negativni regulator prerade miRNK. Budući da iz različitih izvora ne postoji saglasnost o bilo kojoj interakciji protein-protein, teško je utvrditi postoji li do neke od ovih interakcija.
Homologija
Paralozi Nema poznatih paraloga ovog gena u ljudskom genomu, niti su pronađeni paralozi C12orf60 unutar odabranih vrsta koje imaju ortologe proteina C12orf60.
Ortolozi Mnogi ortolozi nalaze se u sisara i nekoliko vrsta ptica. +Ortolozi C12orf60 i ostalih vrsta, poređeni sa ljudskim C12orf60Rod i vrstaUobičajeno imeProcjena divergencije od proteina LCA (milioni godina)Pristupnj broj (iRNK)Pristupni broj (protein)Korigirani identitet sekvnce – standardna devijacija (%)Homo sapiensLjudi0NM_175874.3NP_787070.20Pongo abeliiOrangutani15,76XM_002822980.2XP_002823026.12,94Rhinopithecus bietiCrni prćastonosi majmun29,44XM_017873538.1XP_017729027.19,87Cebus capucinus imitatorBjeloglavi kapucin43,2XM_017528453.1XP_017383942.19,87Saimiri boliviensis boliviensisBolivijski vjeveričasti majmun43,2XM_003934554.2XP_003934603.110,3Propithecus coquereliCoquerelov sifaka74XM_012652172.1XP_012507626.128,6Ceratotherium simum simumJužni bijeli nosorog96XM_004435503.2XP_004435560.133,1Physeter catodonSpermasti kit96XM_007107758.1XP_007107820.1 35,4Equus caballusKonj96XM_001497318.3XP_001497368.138,3Miniopterus natalensisNatalov dugoprsti šišmiš 96XM_016197505.1XP_016052991.140,8Felis catusMačka96XM_003988472.3XP_003988521.141,4Ovis ariesOvca96XM_004007552.3XP_004007601.143,9Ursus maritimusPolarni medvjed96XM_008707031.1XP_008705253.144,0Choloepus hoffmanniHoffmanov dvozubi ljenivac105N/AN/A44,5Canis lupus familiarisPas96XM_005637113.2XP_005637170.148,1Erinaceus europaeusZapadnoevropski jež96XM_007533153.1XP_007533215.148,8Dasypus novemcinctusDevetoprugi armadilo105XM_004460316.1XP_004460373.156,0Echinops telfairiMali madagaskarski jež105XM_004713800.1XP_004713857.156,0Ochotona princepsAmerička pika90XM_004592653.2XP_004592710.156,7Myotis brandtiiBrandtov šišmiš 96XM_005866788.2XP_005866850.159,2Mus musculusKućni miš90NM_178776.3NP_848891.262,0Rattus norvegicusNorveški pacov90NM_001037797.1NP_001032886.167,3Sorex araneusObična rovka96XM_004611368.1XP_004611425.175,1Leptosomus discolorSavijačka kukavica312XM_009947218.1XP_009945520.1129 (100%)Melopsittacus undulatusPapagaj 312N/AN/A160 (100%)
Klinički značaj
Reference u literaturi Gen je unutar 1 Mb SNP-ova koji su povezani s pretilošću, visinom i težinom.
Gen je naveden zajedno s dva druga gena u patentu, kao potencijalni biomarker za otkrivanje učinkovitosti imunoterapije alergenima. Konkretno, otkrivanje tri kopije C12orf60 značilo je da je imunoterapija nedjelotvorna.
U jednoj studiji, gen je bio među nekoliko identificiranih gena koji su translocirani u jednog pacijenta s recidivirajućom akutnom limfoblastnom leukemijom. Ova translokacija povezana je s apoptozom i tumorigenezom.
Druga studija je otkrila da je gen reguliran najmanje 1,5 puta u ćelijama koje eksprimiraju konstitutivni faktor poboljšanja miocita 2 ( MEF2CA). MEF2CA se prirodno eksprimira u mozgu.
Jedno istraživanje je pokazalo da gen sadrži "savršeni potencijalni antioksidativni protein 1 (ATOX1)", mjesto interakcije DNK u regiji promotora."
Reference
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 12 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika