UPF0488 je protein koji je kod ljudi kodiran genom C8orf33 (otvoreni okvir čitanja 33 hromosoma 8). Otvoreni okvir čitanja hromosoma 8 (C8orf33) je gen koji kodira ljudski protein još nepoznate funkcije.
Tkivna i subćelijska distribucija
Protein UPF0488 eksprimiran je u niskim do umjerenim nivoima u većini tkiva, uz neke izuzetke. Predviđa se da se lokalizira u jedru i mitohondrijama, iako je predviđeno da se i nekoliko ortologa lokalizira u citosolu; dodatno, postoje eksperimentalni dokazi koji pokazuju da se ljudski C8orf33 može lokalizirati u peroksisomima. Ekspresija ovog gena regulira se nakon izlaganja litiju. C8orf33 je značajno slabija reguliran u tretmanu lijekovima protiv raka dojke.
Posttranslacijske modifikacije
Predviđeno je nekoliko posttranslacijskih modifikacija, uključujući fosforilaciju, metilaciju i acetilaciju. Osim toga, ima nekoliko posttranslacijskih modifikacija kao što su acetilacija, metilacija, fosfoprotein, što uključuje modifikacije aminokiselina (ili modificirane ostatke) kao što su N-acetilalanin, omega-N-metilarginin i fosfoserin).
Gen Ovaj gen ima pet varijanti transkripata (prerade), 62 ortologa i član je porodice proteina 1 Ensembl. Ovaj gen je član ljudskog CCDS skupa: CCDS34974.1 Član je og CCDS skupa: CCDS34974. Profil ekspresije C8orf33 otkrio je da je ovaj gen prekomjerno eksprimiran nakon izlaganja litijumu.
C8orf33 (UPF0488) ima 31 alternativno prerađeni egzon koji se kombinira u 13 različitih varijanti transkripta – varijanta X1 je najduža i ima najveći identitet RNK sekvenci ljudskog tkiva UPF0488.
Transkript
UPF0488 ima pet prerađenih varijanti transkripata. U smislu uobičajenihhaplotipskih alela gena, učestalost haplotipa je 96,3% za jedno varijantno mjesto. Primarni transkript iznosi 3.593 bp, dok je slična varijanta sa 1.666 bp. Sekundarna struktura iRNK od 3 ’i 5’ UTR -a ukazuje na različite energije savijanja. Regija 5’ UTR sadrži preklopnu energiju od –21,20 i sastoji se od 54 baze, a energija baza je –0,393. Regija 3’ UTR sadrži preklopnu energiju od –646,10, koja se sastoji od 1.873 baze, dok je energija baza –0,345.
Ekspresija
Prema analizi tkivne ekspresije, procijenjenoj mikro-nizom koju je izvršio NCBI GEO, gen C8orf33 ima prosječne nivoe ekspresije u većini tkiva, uključujući štitnu i paratiroidnu žlijezdu. Čini se da je ekspresija niska u gušterači, tankom crijevu i drugim unutrašnjim organima, osim bubrega , i kojem je viša.
Približni obrasci ekspresije izvedeni iz EST izvora. Navodni pacovski gen za kodiranje proteina predstavlja 30 EST-ova 20 iz biblioteka cDNK. EST reprezentacija je pristrasna prema fetusu. Čini se da se ekspresija gena povećava u kategorijama otpornim na gojaznost.
Promotor
Promotorska regija za c8orf33 pokriva 1191 bazu DNK i sadrži preko 700 potencijalnih mjesta vezanja faktora. Odabrano je i prikazano 15 transkripcijskih faktora sa visoko konzerviranim mjestima vezivanja u regijama promotora više vrsta za c8orf33. CDF1 (ciklirajući DOF faktor 1) fizički stupa u interakciju s FKF1, a protein CDF1 je stabilniji u mutantima FKF1. Drugi transkripcijski faktor, transkripcijski faktor II B (TFIIB) je opći transkripcijski faktor koji je uključen u formiranje kompleksa preinicijacije RNK-polimeraze II (PIC).
Protein
Izoelektrična tačka proteina (UPF0488) je 9,16, s obzirom na detaljnu analizu izoelektrične tačke prema različitim skalama za pojedine proteine. Neto naboj je određen korištenjem vrijednosti dostupnih u Lehningerovoj knjizi o biohemiji. Proteinski prekursor ima molekulsku masu od približno 24,9925 kDa. To je nešto više od prosječnog pI od 6,81 za ljudski proteom. Sadrži ponavljanja od 149 do 166 i 167 do 186. Međutim, ponavljanja sadrže visok stupanj degeneracije.
UPF0488 protein bogat je alaninom, u odnosu na druge proteine i ima malo svih drugih aminokiselina osim arginina, leucina i prolina.
Funkcija
Utvrđeno je da je aktivnost C8orf33 povezana sa signalnim putem G-protein spregnutih receptora, interakcijom neuroaktivnih liganada i receptora, kalcijskim signalnim putem i regulacijom aktinskog citoskeleta. Slijedeće tvari stupaju u interakciju s UPF0488: 7,8-dihidro-7,8-dihidroksibenzo (a) pirin 9,10-oksid, benzo (a) piren, metotreksat i vitamin E. Homologija i evolucija
Evolucijska loza UPF0488 može se pratiti tako daleko kao i beskičmenjaci sa brzinom evolucije većom od fibrinogena.
Grafikon prikazuje divergenciju UPF0488 u datoj vremenskoj skali u odnosu na fibrinogen i citohrom c. Usklađivanje pomoću SDSC Biology Workbench-a daje 27,7% podudaranja sa Danio rerio. ALIGN izračunava globalno poravnavanje dvije sekvence, dajući opću ocjenu poravnavanja od 215.
iRNK UPF0488 ima vrlo visok nivo degeneracije među organizmima. Sekvence vrlo niskog identiteta za ljudsku iRNK mogle su se identificirati samo u blisko povezanim organizmima. Međutim, protein je imao daleko udaljenije srodnike, uključujući nekoliko beskičmenjaka. Usklađivanje proteina za UPF0488 Homo sapiens izvedeno je pomoću San Diego Workbencha; ta su poravnavanja izvedena protiv nekoliko različitih taksona, uključujući kičmenjake poput sisara, gmizavaca, ptica i beskičmenjaka poput insekata. Proteinske sekvence za UPf0488 su vrlo visoko konzervirane među bliskim srodnicima čovjeka, kao što je Gorila gorila gorila. Sličnost u sekvenci proteina je obrnuto proporcionalna divergenciji (u milionima godina, tabela homologa).
Patologija
Ekspresija gena UPF0488 povećava se nakon tretmana cefaloridinom, polusintetskim derivatom cefalosporina C, koji inhibira glukoneogenezu i u ciljnim (bubrezi) i u neciljnim (jetra) organima.
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 8 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika