Otvoreni okvir čitanja 58 hromosoma 8 je neokarakterizirani protein koji je kod ljudi kodiran genom C8orf58'''. Predviđeno je da se ovaj protein nalazi u ćelijskom jedru. Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 365 aminokiselina, а molekulska težina 39.661 Da.

1020304050 MMGRRRAFAVDGRDGAGEGLARGCIVPGVTSTYRRIPDAAHGCSSWERGD KFRGVGREALFLKLASRDSGVEMAVGDSPLAALPGLSQDSLDFESSGSSE PPAQVGRLLASQKLGEVLERSRRLPTAPTSLSGQHRSLRLASKPEREVPL GAGQQESMEADTDLEAGLEEEAVGGLGPGAWACLPGQGLRYLEHLCLVLE QMARLQQLYLQLRIQRPPGDPGEEESTRAPLPSPLHTPGNRGQGPWELLS QTEHTGAKAASPPKVEVPSANPPRLPETPVEPTYHLPSSQGHKRDISHWD KVKVLLNRICRRSHHHPEPPAPPDGSDPRIESRDLPERPQCRPHRKTFMP SLVVKKQRAKNLSVG

Gen Gen "C8orf58" se nalazi na hromosomu 8, na poziciji 8p21.3. Opsega ukupno 4.550 baznih parova ima sedam egzona. C8orf58 okružen je genima PDLIM2 i CCAR2.NCBI Nucleotide. Homo sapiens chromosome 8 open reading frame 58 (C8orf58), transcript variant 1, mRNA. Nema alijasa. Definiran je kao gen koji kodira protein.GeneCard. C8orf58 Gene(Protein Coding) Chromosome 8 Open Reading Frame 58.

iRNK

C8orf58 proizvodi tri varijante prerađenog transkripta. Varijanta transkripta 1 predstavlja najduži transkript i kodira najveći protein. Dug je 2.062 bazna para i sadrži sedam egzona. Postoje još dvije varijante transkripta, koje proizvode alternativna mjesta prerade.NCBI Gene. C8orf58 chromosome 8 open reading frame 58 [Homo sapiens (human)].

Izoforma Egzoni Dužina (bp) Svojstva Varijanta 1 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 2.062 Jedan uzvodni okvirni stop kodonVarijanta 2 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 2.038 Alternativno okvirno mjesto prerade u kodirajućoj regiji 3' Varijanta 3 1, 2, 3, 4, 5, 6 1.955 Nedostaje zamjenski egzon, što rezultira pomakom okvira u kodirajućoj regiji 3'

C8orf58 ima relativno kratko područje 5’ i umjereno područje 3’. I 5 ’i 3’ regije sadrže matične petlje.RNA Folding Form Postoji jedno predviđeno mjesto vezivanja miRNK, koje se nalazi u 3’ UTR-u C8orf58.TargetScan Human

Protein Izoforma proteina 1C8orf58 ima 365 aminokiselina. Izoforma 2 i izoforma 3 imaju 357, odnosno 300 aminokiselina. Postoji kozak konsenzusna sekvenca, što potvrđuje da se radi o sekvenci koja kodira protein.NCBI Protein. Uncharacterized protein C8orf58 isoform 1 [Homo sapiens].

Izoforma 1 ima molekulsku masu 39,7 kDa i izoelektričnu tačku 8,29. Bogat je prolinom i argininom, a siromašna izoleucinom, asparaginom, fenilalaninom i tirozinom.SDSC Biology Workbench

Predviđena sekundarna struktura proteina C8orf58 uključuje više alfa-heliksa i jedan beta-list.Chou-Fasman Secondary Structure Prediction Server IzoformaOd varijante iRNKDužina (aminokiseline)Molekulska težina (kDa)Izoelektrična tačka1136539,78,302235738,68,303330032,05,82

Evolucijska historija Dio je porodice DUF4657, porodice proteina pronađenih u eukariota. Proteini u ovoj porodici obično imaju između 305 i 370 aminokiselina.UniProtKB - Q8NAV2 (CH058_HUMAN). UniProt Domen nepoznate funkcije (DUF) C8orf58 nalazi se između aminokiselina 73 i 364.

Ekspresija Prema NCBI GEO profilima, C8orf58 je usko eksprimirani protein koji se nalazi u slezeni, plućima, timusu, prostati i tkivu kičmene moždine. Konstitutivno se ispoljava u tim tkivima.NCBI GEO Profiles

Posttranslacijska modifikacija Bioinformatički alati na Expasyju korišteni su za određivanje potencijalnih mjesta posttranslacijske modifikacije proteina C8orf58. Postoje dva predviđena mjesta fosforilacije i jedno predviđeno mjesto sumoilacije.Expasy Bioinformatics Resource Portal

Subćelijska lokalizacija Prema PSORT II, C8orf58 se nalazi u jedru. Ovo je potkrijepljeno prisustvom mjesta sumoilacije, koje je uključeno u nukleinski citoplazmatski transport.

Interaktivni proteini Utvrđeno je da dva proteina stupaju u interakciju s proteinima C8orf58, CENPH i metG1, koji su pronađeni korištenjem dvohibridnom istraživanju i dva pridružena hibridna pristupa.IntAct Molecular Interaction Database CENPH (centromerni protein H) ima ključnu ulogu u strukturi centromera, formiranju kinetohora i razdvajanju sestrinskih hromatida.Centromere protein H MetG1 (metionin – tRNK ligaza) potreban je za produženje sinteze proteina i iniciranje cijele translacije iRNK putem inicijacijske tRNK (fMet) aminoacilacije.Methionine--tRNA ligase

Homologija Važan paralog ovog gena je ENSG00000248235.GeneCard. 8orf58 Gene(Protein Coding) Chromosome 8 Open Reading Frame 58. . Ortolozi ljudskog gena C8orf58 ograničeni su na kičmenjake. Rod i vrstaUubičajeno imePristupni broj za NCBIDužina (broj aminokiselina)Datiranje divergencije od ljudi (milioni godina)Identitet (%)Sličnost (%)Homo sapiensČovjekNP_001013864.1365 - - -Gorilla gorillaGorilaXP_004046807.14399,069679.50Marmota marmotaAlpski mrmotXP_015354979.1369906875,7Oryctolagus cuniculusEvropski kunićXP_008248092.1371906672Nannospalax galiliSpalaksXP_008848689.1362906574,7Ceratotherium simum simumBijeli nosorogXP_014652157.1381966672,7Odobenus rosmarus divergens Pacifički moržXP_012418498.1388966574,7Sus scrofaDivlja svinjaXP_005670472.1382966573,3Hipposideros armigerVeliki okruglokrili šišmiš XP_019487131.1387966271Eptesicus fuscusVeliki smeđi šišmišXP_008149784.1377966270,1Loxodonta africanaAfrički grmasti slonXP_003412428.13721057177,2Orycteropus afer aferJužnoafrički mravojedXP_007949039.13701056571,7Parus majorVelika sjenicaXP_015504136.13203123235,6Anolis carolinensisKarolinska anolaXP_008118367.14533122838,9

Reference

Kategorija:Geni na hromosomu 8 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika