Homolog vezujućeg proteina za sine oculis (SOBP), znan i kao Jacksonov cirkler protein 1 (JXC1) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom SOBP'. Prvi gen SOBP identificiran je u Drosophila melanogaster i kvaščevom dvo-hibridnom skriningu koji je koristio proteinski domen SIX sine oculis kao mamac. U većini genoma, koji sadrže SOBP, gen se nalazi u po jednoj kopiji.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 873 aminokiseline, а molekulska težina 92.658 Da.
1020304050 MAEMEKEGRPPENKRSRKPAHPVKREINEEMKNFAENTMNELLGWYGYDK VELKDGEDIEFRSYPTDGESRQHISVLKENSLPKPKLPEDSVISPYNIST GYSGLATGNGLSDSPAGSKDHGSVPIIVPLIPPPFIKPPAEDDVSNVQIM CAWCQKVGIKRYSLSMGSEVKSFCSEKCFAACRRAYFKRNKARDEDGHAE NFPQQHYAKETPRLAFKNNCELLVCDWCKHIRHTKEYLDFGDGERRLQFC SAKCLNQYKMDIFYKETQANLPAGLCSTLHPPMENKAEGTGVQLLTPDSW NIPLTDARRKAPSPVATAGQSQGPGPSASTTVSPSDTANCSVTKIPTPVP KSIPISETPNIPPVSVQPPASIGPPLGVPPRSPPMVMTNRGPVPLPIFME QQIMQQIRPPFIRGPPHHASNPNSPLSNPMLPGIGPPPGGPRNLGPTSSP MHRPMLSPHIHPPSTPTMPGNPPGLLPPPPPGAPLPSLPFPPVSMMPNGP MPVPQMMNFGLPSLAPLVPPPTLLVPYPVIVPLPVPIPIPIPIPHVSDSK PPNGFSSNGENFIPNAPGDSAAAGGKPSGHSLSPRDSKQGSSKSADSPPG CSGQALSLAPTPAEHGRSEVVDLTRRAGSPPGPPGAGGQLGFPGVLQGPQ DGVIDLTVGHRARLHNVIHRALHAHVKAEREPSAAERRTCGGCRDGHCSP PAAGDPGPGAPAGPEAAAACNVIVNGTRGAAAEGAKSAEPPPEQPPPPPP PAPPKKLLSPEEPAVSELESVKENNCASNCHLDGEAAKKLMGEEALAGGD KSDPNLNNPADEDHAYALRMLPKTGCVIQPVPKPAEKAAMAPCIISSPML SAGPEDLEPPLKRRCLRIRNQNK
Gen Kod ljudi, gen SOBP nalazi se na dugom kraku hromosoma 6, regija 6q21 i proteže se na fizičkom rasponu od nešto više od 171 kbp. iRNK je transkribirana sa sedam egzona, orijentiranih iz centromera u telomere, od kojih prvih šest egzona gradi otvoreni okvir čitanja. Kodirajuća iRNK broji 2.622 nukleotida koji kodiraju protein od 873 aminokiselina.
Kod miša, Sopb se nalazi na hromosomu 10 u citogenetičkom pojasu 10qB2, koji pokriva fizičko područje od 172 kbp. Kao i kod ljudi, mišja kodirajuća regija "Sobp" obuhvata šest egzona, ali je njen okvir čitanja nešto kraći, brojeći 2.595 nukleotida koji kodiraju protein od 864 aminokiseline. Protein ima dva jedarna lokalizacijska signala na svakom na svom amino– i karboksi-kraju, dvije sekvence bogate prolinom pored dva domena koji su povezani sa FCS-tipom domena cinkovog prsta. Nadalje, svi SOBP proteini imaju po dva visoko konzervirana motiva.
Ekspresija Kod miševa, profiliranje ekspresije gena pomoću PCR-a u realnom vremenu pokazalo je širok profil ekspresije u embrionskim tkivima kao i kod odraslih, s najvećom ekspresijom u mozgu. Pomoću RNK flurescentne hibridizacije in-situ, ekspresija Sobp-a je dokazana u neonatusnom tkivu u spiralnim ganglijama, senzornim i potpornim ćelijama macula sacula i macula utricle i cristae ampullaris. Sobp je također eksprimiran u unutrašnjem jedarnom sloju u razvoju mrežnjače u E15, mirisnom epitelu, u neuronima trigeminusnih ganglija i u ćelijama koje okružuju dermine papile od dlakinih folikula.
Genetika Kod ljudi, autosomno recesivna mutacija uzrokuje tešku mentalnu invalidnost s prednjim maksilarnim izbočenjem i strabizmom (razrokosti), nazvanim MRAMS sindrom (OMIM#613671). Mapiranje homozigotnosti povezalo je MRAMS sindrom s područjem od 9,8 Mbp na poziciji 6q21. Evaluacijom gena kandidata u ovom intervalu utvrđena je homozigotna misens mutacija u SOBP-u kod pacijenata sa MARMS sindromom. Mutacija skraćuje protein SOBP blizu karboksi-kraja (p.R661X).
Kod miša, dvije spontane recesivne autosomne mutacije dogodile su se nezavisno u The Jackson Laboratory, koje su dobile naziv Jacksonov cirkler (jc). Prva mutacija dogodila se 1970. na pozadini C57BL/ 6J, zvana C57BL/6J– jc, a druga se dogodila u pozadini B6.129S6 i nazvana je jc2J. Analize genetičkih veza lokalizirale su mutacije u hromosom 10. Molekulskogenetičke studije usmjerene na identifikaciju defekta u lokusu jc pokazale su malu deleciju od 10 bp u egzonu 6 gena Sobp. Delecija sadrži nukleotide ~1346-1355 i dovodi do pomicanja okvira otvorenog okvira čitanja, uvođenjem stop kodona na položaju aminokiseline 490 (S449fsX490). U alelu jc 2J , postoji nonsens mutacija, nakoln tranverzije guanina u timin (c.1894G > T) koja mijenja glicin u stop kodon (str. G632X).
Fenotipovi Kod miša, skraćene mutacije jc i jc2J'' dovode do dubokog gubitka sluha i nepravilnog ponašanja u kruženju. Konkretno, skraćuje se pužnični kanal, a Cortijev organ ima prekobrojne vanjske trepljaste ćelije, duplikate Cortijevog tunela i unutrašnje trepljaste ćelije, kao i ektopičnu ekspresija mrlja vestibulskih trepljastih ćelija u Kollikerovom organu. Vestibulni završni organi imaju manju površinu i deblji su.
Reference
Dopunska literatura
Kategorija:Geni na hromosomu 6 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika