QRICH1

QRICH1, znan i kao glutaminom bogati protein 1, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom QRICH1 sa hromosoma 3. Jedna od značajnijih karakteristika ovog proteina je da sadrži domen aktiviranja regrutacuje kaspaza, također poznat kao CARD-domen. Kao posjedovanja ovog domena, vjeruje se da je QRICH1 uključen u apoptotske, upalne i imunske puteve odgovora domaćina.

Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 776 aminokiselina, а molekulska težina 86.436 Da.

1020304050 MNNSLENTISFEEYIRVKARSVPQHRMKEFLDSLASKGPEALQEFQQTAT TTMVYQQGGNCIYTDSTEVAGSLLELACPVTTSVQPQTQQEQQIQVQQPQ QVQVQVQVQQSPQQVSAQLSPQLTVHQPTEQPIQVQVQIQGQAPQSAAPS IQTPSLQSPSPSQLQAAQIQVQHVQAAQQIQAAEIPEEHIPHQQIQAQLV AGQSLAGGQQIQIQTVGALSPPPSQQGSPREGERRVGTASVLQPVKKRKV DMPITVSYAISGQPVATVLAIPQGQQQSYVSLRPDLLTVDSAHLYSATGT ITSPTGETWTIPVYSAQPRGDPQQQSITHIAIPQEAYNAVHVSGSPTALA AVKLEDDKEKMVGTTSVVKNSHEEVVQTLANSLFPAQFMNGNIHIPVAVQ AVAGTYQNTAQTVHIWDPQQQPQQQTPQEQTPPPQQQQQQLQVTCSAQTV QVAEVEPQSQPQPSPELLLPNSLKPEEGLEVWKNWAQTKNAELEKDAQNR LAPIGRRQLLRFQEDLISSAVAELNYGLCLMTREARNGEGEPYDPDVLYY IFLCIQKYLFENGRVDDIFSDLYYVRFTEWLHEVLKDVQPRVTPLGYVLP SHVTEEMLWECKQLGAHSPSTLLTTLMFFNTKYFLLKTVDQHMKLAFSKV LRQTKKNPSNPKDKSTSIRYLKALGIHQTGQKVTDDMYAEQTENPENPLR CPIKLYDFYLFKCPQSVKGRNDTFYLTPEPVVAPNSPIWYSVQPISREQM GQMLTRILVIREIQEAIAVANASTMH

Gen Gen QRICH1 dug je 64.363 parova baza i kodira transkript iRNK dužine 3331 bp. QRICH1 nalazi se na hromosomskoj poziciji 3p21.31 i sadrži 11 egzona. Genomska sekvenca počinje na baznom paru 49,057.531 i završava se na baznom paru 49,141.201.

thumb|300px| Gensko susjedstvo QRICH1 koje je konstruirao NCBI Gene.

Protein Protein bogat glutaminom 1 dug je 776 aminokiselina. Glutaminski ostaci su u izobilju, a sastoje se od 109 aminokiselina ili 14% ukupnog proteina. Protein sadrži tri različita domena. Prvi, CARD domen, je član natporodice DEATH-nabora i uključen je u signalne puteve apoptoze, imunsku signalizaciju, upale i mehanizme odbrane domaćina. Drugi domen bogat glutaminom sadrži većinu proteina i visoko je konzerviran među ortolozima. Treći domen je domen nepoznate funkcije (DUF3504) pronađen blizu kraja sekvencu proteina. Sva tri ova domena su dobro konzervirana preko tipskih ortologa.

Funkcija

Naučna zajednica nije dobro razumjela tačnu funkciju QRICH1. Međutim, smatra se da je uključen u procese kao što su upala i apoptoza zbog prisustva CARD-domena, blizu početka sekvence proteina. Predviđeno je da se ovaj protein nalazi na jedru i poznato je da stupa u interakciju s proteinima ATXN1 i ATF7IP prikazanim na slici gore.

Predviđena svojstva Svojstva QRICH1 koja su predviđena pomoću Bioinformatics alata: Molekulska težina: 86,5 KDa Izoelektrična tačka: 5.59 Posttranslacijske modifikacije: Prijavljena ili predviđena višestruka mjesta fosforilacija . Baza PhosphoSitePlus sadrži tri označena fosforilirana serina na ostacima 343, 345 i 659. NetPhos program na ExPASy predvidio je 45 mjesta fosforilacije na višestrukim ostacima serina, treonina i tirozina. Postoji jedan predviđeni sulfinirani tirozin kod aminokiseline 725. Nema predviđenih signalnih peptida ili cijepanja signalnog peptida. Interaktivni proteini: ATXN1, protein tipa 1 spinocerebelumske ataksije i ATF7IP, aktivirajući protein koji djeluje na transkripcijski faktor 7. ATXN1 je uključen u vezivanje RNK in vitro i može biti uključen u metabolizam RNK. ATF7IP je regrutirani protein koji povezuje faktore transkripcije s općim transkripcijskim aparatom, modulirajući na taj način regulaciju transkripcije i formiranje hromatina.

Ekspresija QRICH1 je eksprimiran na visokom nivou, 3,3 puta većem od prosječnog gena. Eksprimira se sveprisutno u cijelom ljudskom tijelu, iako podaci EST profila otkrivaju da je QRICH1 posebno izražen u tkivima kao što su timus, sjemenici, moždana kora i druga područja mozga, traheja i u embrionskom tkivu. Zdravstvena stanja kao što su tumori zametnih ćelija, leukemija, limfom i hondrosarkom također imaju visoku ekspresiju QRICH1.

Homologija

Ortolozi QRICH1 je visoko konzerviran među ortolozima sisavra, zajedno sa drugim hordatima kao što su ribe, ptice i vodozemci. Gen ima određenu konzervaciju među insektima, ali nije bilo ortologa u biljkama, gljivama ili kvascima. Rod i vrstaUobičajeno imePristupni brojIdentitet sekvenceSličnost sekvenceDužina (AA) Pan troglodytesČimpanzaXP_001161499.199%99%766 Macaca mulattaRezus-makakXP_001110386.299%99%659 Pongo abeliiOrangutanXP_002813809.199%99%777 Mus musculusKućni mišNP_780352.299%99%777 Rattus norvegicusSmeđi pacovNP_001128004.199%99%687 Canis familiarisPasXP_850904.199%99%780 Bos taurusGovedoNP_001091484.199%99%779 Sus scrofaDivlja svinjaXP_003132250.199%99%781 Oryctolagus cuniculusEvropsaki kunićXP_002713458.199%99%777 Ailuropoda melanoleucaGigantski pandaXP_002920598.199%99%780 Callithrix jacchusMarmozetXP_002758378.199%99%777 Equus caballusKonjXP_001498380.298%98%780 Monodelphis domesticaOposumXP_001367745.195%97%776 Gallus gallusKokošXP_001233527.194%96%773 Ornithorhynchus anatinusKljunarXP_001505372.194%95%741 Taeniopygia guttataZebrasta zebaXP_002187824.193%97%772 Xenopus laevisAfrička kandžasta žabaNP_001083416.179%85%755 Tetraodon nigroviridisPufer-riba CAG11318.171%80%729 Danio rerioZebricaNP_001020633.163%73%717 Apis melliferaPčelaXP_624959.247%64%1356 Camponotus floridanusMrav sjekačEFN71787.145%63%1724

Paralozi QRICH1 ima pet paraloga od kojih svi kodiraju protein cinkovog prsta.

Reference

Kategorija:Geni na hromosomu 3 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika Kategorija:Nekarakterizirani proteini