Član A porodice sa sličnošću sekvence 63 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM63A minus lanca hromosoma 1, lokus 1q21.3.Gene Cards https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM63A&search=FAM63A
Evolucijski, FAM63A ortolozi nalaze se u većini kičmenjaka, a udaljeni homolozi FAM63A kod beskičmenjaka.National Center for Bioinformation Technology - BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi FAM63A is ubiquitously expressed throughout human tissues, and it is present during every stage of development.
Povezan je sa biomarkerima hronične bolesti bibrega i Alzheimerove bolesti.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 469 aminokiselina, a molekulska težina 51.778 Da.
1020304050 MEYHQPEDPAPGKAGTAEAVIPENHEVLAGPDEHPQDTDARDADGEARER EPADQALLPSQCGDNLESPLPEASSAPPGPTLGTLPEVETIRACSMPQEL PQSPRTRQPEPDFYCVKWIPWKGEQTPIITQSTNGPCPLLAIMNILFLQW KVKLPPQKEVITSDELMAHLGNCLLSIKPQEKSEGLQLNFQQNVDDAMTV LPKLATGLDVNVRFTGVSDFEYTPECSVFDLLGIPLYHGWLVDPQSPEAV RAVGKLSYNQLVERIITCKHSSDTNLVTEGLIAEQFLETTAAQLTYHGLC ELTAAAKEGELSVFFRNNHFSTMTKHKSHLYLLVTDQGFLQEEQVVWESL HNVDGDSCFCDSDFHLSHSLGKGPGAEGGSGSPETQLQVDQDYLIALSLQ QQQPRGPLGLTDLELAQQLQQEEYQQQQAAQPVRMRTRVLSLQGRGATSG RPAGERRQRPKHESDCILL
Gen
Lokus FAM63A se nalazi na minus lancu hromosoma 1 na sekvenci 1q21.3, koja obuhvata 11.829 bp. Ostali geni koji okružuju FAM63A uključuju ANXA9 i Prune.
Alijasi FAM63A ima dva alijasa KIAA1390 i PR11-316M1.5.
iRNK
Primarna struktura Kod ljudi postoje četiri izoforme FAM63A i 10 predviđenih izoformi. Izoforma 1 FAM63A ima molekulsku težinu od 51,8 kDa i sadrži 11 egzona.National Center for Bioinformation Technology - Protein https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=FAM63A%20AND%20homo%20sapiensNational Center for Biotechnology Information - AceView - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ieb/research/acembly/av.cgi?db=human&term=FAM63A&submit=Go Različite izoforme imaju tendenciju da se razlikuju skraćivanjem na 5' ili 3' kraju. Transkripcija proizvodi 23 introna, 14 prerađenih varijanti i šest nevezanih oblika.
Protein thumb|right|300px| Višestruko poravnavanje sekvenci DUF-a koje pokazuje konzerviranost preko ortologa. Tamnoplava označava potpunu konzervaciju, ružičaste identične ostatke i svijetloplava hemijsku sličnost thumb|right|Trodimenzijski (3D) prikaz vjerovatne sekundarne strukture FAM63A.
Ekspresija
Promotor Region promotora sadrži određeni broj transkripcijskih faktora.Genomatrix - ElDorado - Promotor i faktori transkripcije za FAM63A. http://www.genomatix.de/?s=23e6b2edc9ca33fe998f299bafe56b99 Oni sa visokim rezultatom uključuju elemente estrogenog odgovora, TATA kutije, elemente glukokotikoidnog odgovora i Ccaat/pojačavač-vezujuće proteine. Eksperimentalni podaci otkrivaju da se ekspresija FAM63A smanjuje kada estrogeni receptor nije prisutan, što sugerira da elementi odgovora na estrogen mogu poslužiti kao važan promotorski regulatorni mehanizam za ovaj protein.Estrogen receptor alfa-utišane MCF7 ćelije raka dojke. Profil: GDS4061/ FAM63A. ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profiles
Ekspresija proteina FAM63A je protein koji je sveprisutno eksprimiran u ljudskim tkivima i tokom razvoja. Iako se FAM63A eksprimira sveprisutno, postoje određena tkiva koja imaju viši nivo ekspresije, uključujući srce, tiroidnu žlijezdu, ganglije i krv.National Center for Biotechnology Information - GEO Profiles https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS596:221856_s_at
thumb|center|700px|Nivoi ekspresije FAM63A u različitim ljudskim tkivima.
Domeni i motivi FAM63A sadrži domen nepoznate funkcije (DUF 544). DUF544 sadrži 125 aminokiselina, od Met143 do Thr267. Iako nije u potpunosti konzerviran, ovaj domen je visoko konzerviran među kičmenjacima, beskičmenjacima i biljkama.San Diego Super Computer http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# ! FAM63A ne sadrži transmembranski domen, a nalazi se prvenstveno u jedarnim regionima ćelija. PSORT II Prediction http://psort.hgc.jp/form2.html
Dva ponavljanja od četiri glutamina su između minokiselina 400 i 403, te 426 i 429, što dovodi do povišenog sastava glutamina na C-terminalu.
Kompozicija FAM63A se sastoji od 469 aminokiselina.San Diego Super Computer - http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# ! Povećano je prisustvo glutamina koji se nalazi u blizini C-terminala, što čini FAM63A bogatim glutaminom. FAM63A sadrži veću količinu negativno nabijenih (kiselih) aminokiselina od pozitivno nabijenih (baznih) aminokiselina što čini FAM63A blago kiselim proteinom. Kisele aminokiseline kao što su asparaginska i glutaninska su zastupljenije od osnovnih aminokiselina kao što su lizin i arginin. Ovaj ukupni kiseli sastav daje FAM63A kiselu izoelektričnu tačku od 4,6.
Posttranslacijske modifikacije Kod ljudi, FAM63A sadrži 25 mjesta fosforilacije, uključujući 12 serinskih, 10 treoninskih i tri tirozinska. Pored toga, postoji 5 N-miristoilacijskih mjesta i jedna prenilacija. FAM63A ne sadrži mjesta glikozilacije, transmembranske domene ili signalne peptide.ExPASy Bioinformatics Resource Portal http://www.expasy.org/proteomics thumb|center|600px|Posttranslacijske modifikacije u FAM63A.
Sekundarna struktura Sekundarna struktura za FAM63A nije eksplicitno određena. Međutim, postoje predviđanja za moguću strukturu. Na kraju proteina postoji domen upredene zavojnice, a u predviđenoj sekundarnoj strukturi postoji alfa-heliks između aminokiselina 410 i 436. Ova spirala konzervirana je u udaljenijim ortolozima FAM63A. Ovi podaci podržavaju jedni druge i daju pouzdano predviđanje sekundarne strukture.PHYRE2 - /phyre2_output/9d58a6ea30baa8f6/summary.html
Interakcijski proteini Sljedeći geni imaju interakcije sa FAM63A: GSPT2, NAA38, RNMT, CSNIK1G2, ACOX1, PSMC1, SLC25A37, MMS19, DIAPH1, ME1, GAPDH, UBC.
Nakon skrininga dvohibridnog kvasca, otkriveno je da NAA38 i FAM63A međusobno djeluju.STRING - Known and Predicted Protein-Protein Interactions http://string-db.org/newstring_cgi/show_network_section.pl
Homologija/evolucija U FAM63A postoji nekoliko aminokiselina koje su konzervirane u svim kičmenjacima za koje su sekvence dostupne. Gly239 je jedina aminokiselina koja je konzervirana u svim kičmenjacima, beskičmenjacima i biljka maza koje su sekvence dostupne. Budući da postoji samo jedna aminokiselina koja je apsolutno očuvana, moguća funkcija za konzervirani glicin nije izvedena. Sekvenca od 25 aminokiselina u rasponu od Val313 do Gly338 je najkonzerviranija u svim kičmenjacima, beskičmenjacima i biljkama za koje su sekvence dostupne. Iako sekvenca nije apsolutno konzervirana, vrlo je očuvana, čak i u najudaljenijim organizmima kao što su gljive i biljke.
Ortolozi
Protein FAM63A ima nekoliko strogih ortologa. Ovi ortolozi nalaze se u organizmima u rasponu od primata do riba.National Center for Biotechnology Information - Protein https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=FAM63A
Rod i vrsta Uobičajeno ime Divergencija od ljudi (milioni godina) Pristupni broj Dužina Identitet Sličnost Naslov upita Homo sapiens Čpvjek N/A NP_060849.2 469 aa 100% 100% 100% Pan paniscus Bonobo 6,1 XP_003817322.1 469 aa 99,1% 99,4% 100% Mus musculus Kućni miš 91,0 NP_955769.1 468 aa 86,0% 902,% 100% Bos taurus Govedo 97,4 NP_001039389.1 469 aa 85,6% 88,5% 100% Trichechus manatus latirostris Zapadnokaripska morska krava 104,7 XP_004389621.1 465 aa 84,9% 89,8% 100% Sarcophilus harrisii Tasmanijski đavo 176,1 XP_003769968.1 464 aa 78,3% 82,9% 100% Taeniopygia guttata Zebrasta zeba 324,0 XP_002191502.2 335 aa 43,2% 80,1% 53% Gallus gallus Kokoš 324,5 XP_003642724 462 aa 66,9% 76,1% 92% Chrysemys picta bellii Obojena kornjača 324,5 XP_005293753.1 525 aa 62,0% 87,2% 78% Pelodiscus sinensis Kineska mehkooklopna kornjača 324,5 XP_006119467.1 502 aa 61,6% 77,4% 94% Alligator mississippiensis Američki aligator 324,5 XP_006274676.1 520 aa 59,90% 77,50% 86% Pseudopodoces humilis Prizemna sjenica 324,5 XP_005533539.1 502 aa 58,0% 82,3% 78% Anas platyrhynchos Divlja patka 324,5 XP_005026841.1 415 aa 57,9% 78,6% 83% Xenopus tropicalis Zapadna kandžasta žaba 361,2 XP_002937311.1 506 aa 61,3% 83,7% 76% Latimeria chalumnae Indijskookeanska latimerija 430,0 XP_006006147.1 513 aa 44,7% 86,9% 55% Danio rerio Zebrica 454,6 XP_005159508.1 520 aa 52,2% 80,2% 76%
FAM63A je evoluirao relativno umjerenom brzinom. thumb|700px|center|Kozerviranost proteina tokom evolucije: FAM63A je evoluirao srednjom brzinom u poređenju sa citohromom c (brza) i fibrinogen (spora).
Paralozi
Protein FAM63A ima samo jedan poznati paralog:FAM63B. Predviđa se da FAM63B ima molekulskuu funkciju u ćeliji.Gene Cards https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM63B Svi kičmenjaci za koje su sekvence dostupne imaju dvije kopije gena FAM63, oba A i B. FAM63A i FAM63B vjerovatno su se razdvojili prije oko 666 miliona godina, kao najbliži srodnik Homo sapiens koji sadrži samo jedan FAM63 je trakavica, koja je divergirala prije 666 miliona godina.
Oznaka sekvence Naučno ime Uobičajeno ime Divergencija Pristupni broj Dužina Identet Sličnost Naziv upita E-vrijednost Proteinska izoforma a FAM63B-a Homo sapiens Čovjek N/A NP_001035540.1 621 aa 41,9% 76,7% 68% 2,00E-129
Klinički značaj
Iako za FAM63A nije određena posebna funkcija, postoji nekoliko istraživanja koja su otkrila moguće funkcije. Pretpostavlja se da FAM63A može biti povezan sa bubrežnom funkcijom i hroničnom bolešću bubrega.
Figgins, Minster i Demirci ispitali su 17.343 funkcionalnih jednonukleotidnih polimorfizama, pokazujući snažnu povezanost između trajanja Alzheimerove bolesti i FAM63A. Drugi gen lociran na 1q21, CTSS, također je bio snažno povezan sa trajanjem bolesti, a autori veruju da postoji jaka neravnoteža veza između dva gena. FAM63A je identificiran kao jedan od 39 gena koji su isključivo eksprimirani u ćelijama CML, grupirani sa četiri druga gena za koje se vjeruje da funkcionieaju u ligaciji proteina.
Reference
Kategorija:Geni na hromosomu 1 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika