Kalpain-7 (PALB, homolog Aspergillus nidulans, PALBH) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom CAPN7 sa p kraka hromosoma 3, sekvenca p25.1. Genomske koordinate su u rasponu : 3:15,206,246-15,252,916. (prema NCBI).
Kalpain je unutarćelijska, nelizosomna cisteinska proteaza čija je aktivnost regulisana kalcijem. Mikro- i milikanalni bolovi (CAPN1, 114220 i CAPN2, 114230), koji se razlikuju po potrebi za kalcijem za aktivnost proteaze, su sveprisutno izraženi. Ostali kalpaini su eksprimirani u specifičnim tkivima, kao što su CAPN3 (114240) i CAPN9 (606401), koji su dominantni u skeletnim mišićima i gastrointestinalnom tkivu (Huang i Wang, 2001).Huang, Y., Wang, K. K. W. The calpain family and human disease. Trends Molec. Med. 7: 355-362, 2001. PubMed: 11516996.
Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 813 aminokiselina, a molekulska težina 92.652 Da.
1020304050 MDATALERDAVQFARLAVQRDHEGRYSEAVFYYKEAAQALIYAEMAGSSL ENIQEKITEYLERVQALHSAVQSKSADPLKSKHQLDLERAHFLVTQAFDE DEKENVEDAIELYTEAVDLCLKTSYETADKVLQNKLKQLARQALDRAEAL SEPLTKPVGKISSTSVKPKPPPVRAHFPLGANPFLERPQSFISPQSCDAQ GQRYTAEEIEVLRTTSKINGIEYVPFMNVDLRERFAYPMPFCDRWGKLPL SPKQKTTFSKWVRPEDLTNNPTMIYTVSSFSIKQTIVSDCSFVASLAISA AYERRFNKKLITGIIYPQNKDGEPEYNPCGKYMVKLHLNGVPRKVIIDDQ LPVDHKGELLCSYSNNKSELWVSLIEKAYMKVMGGYDFPGSNSNIDLHAL TGWIPERIAMHSDSQTFSKDNSFRMLYQRFHKGDVLITASTGMMTEAEGE KWGLVPTHAYAVLDIREFKGLRFIQLKNPWSHLRWKGRYSENDVKNWTPE LQKYLNFDPRTAQKIDNGIFWISWDDLCQYYDVIYLSWNPGLFKESTCIH STWDAKQGPVKDAYSLANNPQYKLEVQCPQGGAAVWVLLSRHITDKDDFA NNREFITMVVYKTDGKKVYYPADPPPYIDGIRINSPHYLTKIKLTTPGTH TFTLVVSQYEKQNTIHYTVRVYSACSFTFSKIPSPYTLSKRINGKWSGQS AGGCGNFQETHKNNPIYQFHIEKTGPLLIELRGPRQYSVGFEVVTVSTLG DPGPHGFLRKSSGDYRCGFCYLELENIPSGIFNIIPSTFLPKQEGPFFLD FNSIIPIKITQLQ
Funkcija Pretraživanjem baze podataka EST za homologe atipskog Aspergillus-ovog kalpaina Palb, praćenog RACE, Futai et al. (2001) su dobili cDNK koji kodiraju mišji i ljudski CAPN7, koji su nazvali PALBH. Izvedeni ljudski protein od 814 aminokiselina sadrži domen cisteinske proteaze sličan kalpainu i C-terminalni PBH domen. Northern blot analiza je otkrila široku ekspresiju 3,8-kb CAPN7 transkripta. Ekspresija je bila jaka u pankreasu, umjerena u skeletnim mišićima, jetri i placenti, a slaba u bubrezima, plućima, mozgu i srcu. Western blot analiza otkrila je ekspresiju proteina od 92 kD. Imunofluorescentna mikroskopija pokazala je jedarnu ekspresiju CAPN7, za razliku od drugih kalpaina. Funkcionalna analiza nije mogla pokazati komplementaciju u mutantnom kvascu ili aktivnost protiv konvencijskih supstrata kalpaina.Futai, E., Kubo, T., Sorimachi, H., Suzuki, K., Maeda, T. Molecular cloning of PalBH, a mammalian homologue of the Aspergillus atypical calpain PalB. Biochim. Biophys. Acta 1517: 316-319, 2001. PubMed: 11342116.
Reference
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 3 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika