thumb|right|260 px| Struktura GNRA tetrapetlje iz samosplajsirajućeg spoja intronske grupe I. Tetrapetlje su vrsta četverobaznih ukosnih petlji motiv u sekundarnojk strukturi RNK koje prekrivaju mnoge dvostruke spirale. Postoji mnogo varijanti tetrapetlji. Objavljene uključuju ANYA, CUYG, GNRA, UNAC i UNCG. Tri vrste tetrapetlji su uobičajene u ribosomskoj RNK: GNRA, UNCG i CUUG, u kojima N može biti uracil, adenin, citozin ili guanin, a R je ili guanin ili adenin. Ove tri sekvence formiraju stabilne i konzervirane tetrapetlje koje imaju važnu ulogu u strukturnoj stabilnosti i biološkoj funkciji 16S rRNK.
GNRA
Tetrapetlja GNRA ima bazni par guanin-adenin gdje se guanin nalazi 5' u odnosu na heliks, a adenin 3' u odnosu na heliks. Tetrapetlje sa sekvencom UMAC imaju u suštini isti nabor glavnog lanca kao tetrapetlja GNRA, ali je manja vjerovatnoća da će formirati interakcije tetrapetlja-receptor. Stoga mogu biti bolji izbor za zatvaranje stabljika prilikom dizajniranja vještačkih RNK.
Prisustvo tetrapetlje GNRA pruža izuzetnu stabilnost strukturi RNK. GNRA se javlja 50% više od drugih tetranukleotida zbog svoje sposobnosti da izdrže temperature 4 °C više od drugih RNK ukosnica. To im omogućava da djeluju kao mjesta nukleacije za pravilno savijanje RNK. Rijetke vodonične veze između prvog gvaninskog i četvrtog adeninskog nukleotida, opsežno slaganje nukleotidnih baza i vodikove veze između 2' OH riboznog šećera i dušičnih baza čine tetrapetlju termodinamički stabilnom.
UNCG
U UNCG-u je termodinamički i strukturno povoljno zbog stvaranja vodikovih veza, Van der Waalsova sile, Kulonovog privlačenja i interakcija između RNK i rastvarača. UNCG tetrapetlje su stabilnije od DNK petlji s istom sekvencom. UUCG tetrapetlja je najstabilnija tetrapetlja. Tetrapetlje UUCG i GNRA čine 70% svih tetrapetlji u 16S-rRNK.
CUUG Tetrapetlja CUUG ima najveću vjerovatnoću konformacijskih promjena zbog svoje strukturne fleksibilnosti. Od tri spomenute tetrapetlje, ova je najfleksibilnija jer je drugi uracil relativno neograničen. Također je vrlo termodinamički stabilna.
Također pogledajte Tercijarna struktura RNK (odjeljak Interakcije tetrapetlje i receptora)
Reference
Kategorija:RNK