Eukariotska velika ribosomska podjedinica (60S)

Eukariotska velika ribosomska podjedinica (60S) označava se prema svojim koeficijentima sedimentacije u Svedberg jedinicama. Podjedinica 60S je velika podjedinica eukariotskog ribosoma (S80), a druga glavna komponenta je eukariotska mala ribosomska podjedinica (40S). Strukturno i funkcionalno je povezana sa 50S podjedinicom 70S prokariotskih ribosoma. Međutim, podjedinica 60S je mnogo veća od prokariotske 50S podjedinice i sadrži mnogo dodatnih proteinskih segmenata, kao i ekspanzijske segmente ribosomske RNK.

Opća struktura Karakteristične karakteristike velike podjedinice, prikazane ispod u "Crown View", uključuju centralnu izbočinu (CP) i dvije peteljike, koje su nazvane prema svojim bakterijskim proteinskim komponentama (L1 peteljika s lijeve strane gledano iz sučelja podjedinice i L7/L12 s desne strane). Postoje tri mjesta vezivanja za tRNK, A-mjesto, P-mjesto i E-mjesto (pogledajte članak o translacija proteina za detalje). Jezgro 60S podjedinice formira 28S ribosomska RNK (skraćeno 28S rRNK), koja je homologna prokariotskoj 23S rRNK, koja također doprinosi aktivnom mjestu (peptidil-transferazni centar, PTC) ribosoma. Jezgro rRNA je ukrašeno desetinama proteina. Na slici "Kristalna struktura eukariotske 60S ribosomske podjedinice iz T. thermophila, jezgro ribosomske RNK je predstavljeno kao siva cijev, a segmenti ekspanzije su prikazani crvenom bojom. Proteini koji imaju homologe kod eukariot a, arheja i bakterija prikazani su kao plave trake. Proteini koje dijele samo eukarioti i arheje prikazani su kao narandžaste trake, a proteini specifični za eukariote prikazani su kao crvene trake..

60S ribosomski proteini Tabela "60S ribosomski proteini" prikazuje pojedinačne proteinske nabore 60S podjedinice obojene konzervacijom kao gore. Eukariotski specifični ekstenzije, u rasponu od nekoliko ostataka ili petlji do vrlo dugih alfa-heliksa i dodatnih domena, označene su crvenom bojom.

Historijski gledano, za ribosomske proteine korištene su različite nomenklature. Naprimjer, proteini su numerisani prema svojim migracijskim svojstvima u eksperimentima gel elektroforeze. Stoga se različita imena mogu odnositi na homologne proteine iz različitih organizama, dok identična imena ne označavaju nužno homologne proteine. Tabela "60S ribosomski proteini" unakrsno upoređuje nazive ljudskih ribosomskih proteina s homolozima kvasaca, bakterija i arheja. Više informacija možete pronaći u baza podataka gena ribosomskih proteina (RPG).

+ 60S ribosomski proteini Struktura (eukariotska)Struktura proteina 'T. thermophila' iz struktura velike podjedinice PDBS 417, 4A19 H. sapiens)Structure of the 'T. thermophila,' proteins from the structures of the large subunit PDBS 417, 4A19 H. sapiensNomenclature according to the ribosomal protein gen database, applies to H. sapiens and T. thermophila Univerzalna oznaka ]]Aminokiseline KonzervacijaEAB means conserved in eukaryotes, archaea and bacteria, EA means conserved in eukaryotes and archaea and E means eukaryote-specific protein S. cerevisiaeTraditionally, ribosomal proteins were named according to their apparent molecular weight in gel electrophoresis, leading to different names for homologous proteins from different organisms. The RPG offers a unified nomenclature for ribosomal protein gens based on homology. Bacterial homolog (E. coli) Archaeal homolog 200px RPLP0 uL10 318EABP0L10L10 200px RPL3 uL3 404 EABL3L3L3 200px RPL4 uL4 428 EABL4L4L4 200px RPL5 uL18 298 EABL5L18L18p 200px RPL6 eL6 289 EL6n/an/a 200px RPL7 uL30 254 EABL7L30L30 200px RPL7A eL8 267EAL8n/aL7Ae 200px RPL8 uL2 258 EABL2L2L2 200px RPL9 uL6 193 EABL9L6L6 200px RPL10 uL16 215EABL10L16L10e 200px RPL11 uL5 EABL11L5L5 200px RPL13 eL13 EAL13n/aL13e 200pxRPL13A uL13 204EABL16L13L13 200px RPL14 eL14 221EAL14n/aL14e 200px RPL15 eL15 205EAL15n/aL15e 200px RPL17 uL22 185EABL17L22L22 200px RPL18 eL18 189EAL18n/aL18e 200pxRPL18A eL20 177EAL20n/aLx 200px RPL19 eL19 197EAL19n/aL19 200px RPL21 eL21 161EAL21n/aL21e 200px RPL22, RPL22L1 eL22 129EL22n/an/a 200px RPL23 uL14 141EABL23L14 L14p 200pxRPL23A uL23 157EABL25L23 L23 200px RPL24 eL24 158EAL24n/aL24e 200px RPL26 uL24 146EABL26L24L24 200px RPL27 eL27 137EL27n/an/a 200pxRPL27A uL15 149EABL28L15 L15 200px RPL28 eL28 En/aRPL28 has no detectable homolog in yeastn/an/a 200px RPL29 eL29 EL29n/an/a 200px RPL30 eL30 116EAL30n/aL30e 200px RPL31 eL31 126EAL31n/aL31e 200px RPL32 eL32 136EAL32n/aL32e 200px RPL34 eL34 118EAL34n/aL34e 200px RPL35 uL29 124EABL35L29 L29 200pxRPL35A eL33 EAL33n/aL35Ae 200px RPL36 eL36 106EL36n/an/a 200pxRPL36A eL42 107EAL42n/aL44e 200px RPL37 eL37 98EAL37n/aL37e 200pxRPL37A eL43 EAL43n/aL37Ae 200px RPL38 eL38 EAL38n/aL38e 200px RPL39 eL39 52EAL39n/aL37Ae 200px RPL40 eL40 129EAL40n/aL40e

Reference

Vanjski linkovi Ribosomal Protein Gen Database (RPG)

Kategorija:Ribosomska RNK Kategorija:RNK Kategorija:Ribosomi