alt=|thumb|525x525px| Transkripcijski faktori. U srednjem dijelu iznad promotora, ružičasti dio transkripcijskih faktora su Opći transkripcijski faktori. Opći transkripcijski faktori (GTF-ovi), također poznati kao bazni transkripcijski faktori, su klasa proteinskih transkripcijskih faktora koji se vežu za specifična mjesta (promotora) na DNK, kako bi aktivirali transkripciju genetičkih informacija iz DNK u iRNK. GTF-ovi, RNK-polimeraza i medijator (multiproteinski kompleks) čine osnovni transkripcijski aparat koji se prvo veže za promotor, a zatim započinje transkripciju. GTF-ovi su također blisko uključeni u proces regulacije gena, a većina ih je neophodna za život.
Transkripcijski faktor je protein koji se veže za specifične DNK sekvence (pojačivač ili promotor), samostalno ili s drugim proteinima u kompleksu, kako bi kontrolirao brzinu transkripcije genetičkih informacija iz DNK u informacijsku RNK, promovirajući (služeći kao aktivator) ili blokirajući (služeći kao represor) regrutaciju RNK-polimeraze. Kao klasa proteina, opći transkripcijski faktori se vežu za promotore duž DNK sekvence ili formiraju veliki transkripcijski preinicijacijski kompleks kako bi aktivirali transkripciju. Opći transkripcijski faktori su neophodni da bi se dogodila transkripcija.
Tipovi Kod bakterija, inicijacija transkripcije zahtijeva RNK polimerazu i jedan GTF: sigma faktor. thumb|330x330px| Preinicijacijski kompleks transkripcije Kod arheja i eukariota, inicijacija transkripcije zahtijeva RNK-polimerazu i skup višestrukih GTF-ova za formiranje preinicijacijskog kompleksa transkripcije. Inicijacija transkripcije eukariotskom RNK-polimerazom II uključuje sljedeće GTF-ove: TFIIA – stabilizira interakciju između TATA kutije i TFIID/TATA vezujućeg proteina (TBP) TFIIB – prepoznaje B element za prepoznavanje (BRE) u promotorima TFIID – veže se za TBP i prepoznaje faktore povezane s TBP-om (TAF), također dodaje selektivnost promotoru TFIIE – privlači i regulira TFIIH TFIIF – stabilizira interakciju RNK polimeraze s TBP i TFIIB; pomaže u privlačenju TFIIE i TFIIH TFIIH – odmotava DNK na početku transkripcije, fosforilira Ser5 RNK polimeraze CCTD, oslobađa RNK polimerazu iz promotora
Funkcija i mehanizam
U bakterijama
Sigma faktor je protein potreban samo za inicijaciju sinteze RNK. Sigma faktori pružaju specifičnost prepoznavanja promotora RNK polimerazi (RNAP) i doprinose odvajanju lanca DNK, a zatim se disociraju od jezgre enzima RNK-polimeraze nakon inicijacije transkripcije. Jezgro RNK polimeraze se povezuje sa sigma faktorom i formira holoenzim RNK-polimeraza| RNK-polimeraze]]. Sigma faktor smanjuje afinitet RNK-polimeraze za nespecifičan DNK, a istovremeno povećava specifičnost za promotore, omogućavajući da transkripcija započne na ispravnim mjestima. Jezgro enzima RNK-polimeraze ima pet podjedinica (proteinske podjedinice) (~400 kDa). Zbog povezanosti RNK-polimeraze sa sigma faktorom, kompletna RNK-polimeraza stoga ima šest podjedinica: sigma podjedinicu – pored dvije alfa (α), jedne beta (β), jedne beta prim (β') i jedne omega (ω) podjedinice, koje čine osnovni enzim (~450 kDa). Osim toga, mnoge bakterije mogu imati više alternativnih σ faktora. Nivo i aktivnost alternativnih σ faktora su visoko regulirani i mogu varirati ovisno o signalima iz okoline ili razvoja.
Kod arheja i eukariota
Preinicijacijski kompleks transkripcije je veliki kompleks proteina koji je neophodan za transkripciju gena koji kodiraju proteine kod eukariota i arheja. Veže se za promotor DNK (npr. TATA-kutiju) i pomaže u pozicioniranju RNK polimeraze II na mjesta početka transkripcije gena, denaturira DNK, a zatim započinje transkripciju.
Sastavljanje transkripcijskog preinicijacijskog kompleksa Sastavljanje transkripcijskog preinicijacijskog kompleksa slijedi ove korake: TATA-vezujući protein (TBP), podjedinica TFIID-a (najvećeg GTF-a) veže se za promotor (TATA okvir), stvarajući oštar zavoj u promotorskoj DNK. Zatim TBP-TFIIA interakcije regrutuju TFIIA za promotor. TBP-TFIIB interakcije regrutuju TFIIB za promotor. RNK polimeraza II i TFIIF se sastavljaju i formiraju kompleks Polimeraze II. TFIIB pomaže Pol II kompleksu da se pravilno veže. TFIIE i TFIIH se zatim vežu za kompleks i formiraju transkripcijski preinicijacijski kompleks. TFIIA/B/E/H odlaze kada započne elongacija RNK. TFIID će ostati dok se elongacija ne završi. Podjedinice unutar TFIIH koje imaju ATPaznu i heliksnu aktivnost stvaraju negativnu superheliksnu napetost u DNK. Ova negativna superheliksna napetost uzrokuje da se otprilike jedan zavoj DNK odmota i formira transkripcijski mjehurić. Predložak lanca transkripcijskog mjehurića stupa u interakciju s aktivnim mjestom RNK-polimeraze II, a zatim počinje sinteza RNK.
Reference
Vanjski linkovi
Holoenzymes at the US National Library of Medicine Medical Subject Headings DNA Transcription YouTube Video
Kategorija:Transkripcijski faktori