La història de Moçambic es troba documentada almenys a partir del , ja que va ser quan Moçambic va aparèixer per primera vegada en els relats d'uns estudiosos viatgers i mercaders àrabs. Al-Masudi va descriure una important activitat comercial entre les nacions de la regió del golf Pèrsic i els zanj de la Bilad as Sofala, que incloïa gran part de la costa nord i centre de l'actual Moçambic. Buzurg Ibn Shahriyar cita en el seu llibre Al aya'ib al-Hind (Meravelles de l'Índia) diversos relats situats a Moçambic, i en descriu el tipus de comerç practicat.Beyond the Dead White Whales: Literature of the Sea and Maritime History, International Journal of Maritime History, XXII, nº 1 (juny 2010), pàg. 205-228. Accés 14-04-2012 (en anglès).
No obstant això, diverses troballes arqueològiques permeten l'estudi de la prehistòria de Moçambic (abans de l'escriptura). Probablement l'esdeveniment més important d'aquesta prehistòria hagi estat l'establiment en la regió dels pobles bantus que no sols eren agricultors, sinó que també hi van introduir la metal·lúrgia entre els segles I i IV.
Segons diferents fonts, el mariner xinès Zheng He va visitar la regió del canal de Moçambic a principis del . La penetració portuguesa a Moçambic, iniciada en el , només a partir de 1885 - amb el repartiment d'Àfrica per les potències europees durant la Conferència de Berlín- es va transformar en una ocupació militar, és a dir, en la submissió total dels estats allí existents, la qual cosa va portar durant els primers anys del a una veritable administració colonial.
Després d'una guerra d'alliberament que va durar al voltant de 10 anys, Moçambic es va independitzar el 25 de juny de 1975.
Època precolonial El país fou habitat pels khoisan o bosquimans, caçadors i recol·lectors; el país era fèrtil i aquestos pobles gaudien allí de tots els avantatges. Els bantus agricultors hi van arribar entre el segle I i IV, estructurats en grans famílies sota la direcció d'un cap; aquestes grans famílies originaren als macua, nlocko, wa yao, liwele, chewa, pfuko, tsonga i ndangu; aquesta estructura fou coneguda pels portuguesos com a linhagem (llinatge).
No fou fins al que van començar a arribar comerciants àrabs i després perses; es fundaren establiments comercials a la costa de Moçambic, i en destacà Sofala, fundada després del 1100, que al va ser dominada pel soldà de Kilwa. El comerç principal n'era ferro i l'or, que els musulmans bescanviaven per productes tèxtils; el ferro era molt important i es pensa que uns objectes de ferro en forma de "x" d'uns 30 cm que s'han trobat en abundància a la regió foren les monedes locals; més tard uns tubs de plomes d'aus plenes de pols d'or, anomenades meticais, les van substituir; el seu nom s'ha conservat en les monedes modernes.
Primer estat de Zimbàbue Al s'havien instal·lat al que avui és Zimbàbue pobles bantus que parlaven llengües xona. Aquests pobles, en contacte amb els comerciants musulmans, van arribar a crear un estat a meitat del , basat en el comerç amb els musulmans de la costa. Les ruïnes del Gran Zimbàbue són testimoni de la seva importància; el nom deriva de les muralles de pedra que rodejaven les cases, que tenien el nom de madzimbabwe. Aquest centre cobria una gran superfície i estava habitat per milers de persones, tenia una considerable activitat comercial. Altres establiments amb muralles (madzimbabwe) són coneguts a la moderna Zimbàbue i a Moçambic. Aquí les més important són les de Manyikeni a la província d'Inhambane, a 450 km del Gran Zimbàbue.
A mitjan segle XV el Gran Zimbàbue fou abandonat per raons desconegudes; probablement hi van arribar noves remeses d'emigrants bantus de llengua xona o chishona, que van sotmetre als pobles de la regió entre l'oceà Índic i el Gran Zimbàbue i del Zambezi a Inhambane. Van fundar el que fou anomenat com Imperi de Monomotapa o Mwenemutapa.
Imperi dels Mwenemutapa Els invasors eren dirigits per un cap de nom Mutota, que entre 1440 i 1450 va dominar les regions de l'estat del Gran Zimbàbue. La seva capital fou un lloc proper al riu Zambezi, al nord de la província de Manica. Al segle següent es van estendre entre el Zambezi i el Limpopo i entre l'oceà i el Kalahari a l'oest. Monomotapa comerciava amb or i vori amb els establiments de la costa, i dominaven les rutes comercials que anaven entre les mines i Sofala com a establiment principal. L'aristocràcia de l'imperi va adquirir una gran riquesa.
Colonització miniatura|Hipopòtams a Moçambic, dibuixats pel jesuïta Michał Boym l'any 1643 miniatura|Gravat de Moçambic realitzat el 1598 Vasco da Gama va arribar al que avui és Moçambic el 1497. Els portuguesos, atrets per l'or, es van dirigir cap al seu origen i el 1530 van fundar Rios de Sena, el 1537 Tete, i el 1544 Quelimane. Sofala fou ocupada el 1505. El 1607 Portugal obtingué la concessió de les mines d'or de l'Imperi Monomotapa. El 1627 el monomotapa Capranzina, que es mostrava hostil als portuguesos, fou deposat i substituït pel seu oncle Mavura, que fou batejat i es declarà vassall del rei de Portugal. Els reis monomotapes van governar fins a finals del , quan foren substituïts per la dinastia shona dels changamires, que governaven el Regne de Butua. Els changamires es revoltaren el 1693 i Portugal va tenir dificultats temporals per recuperar el control de les rutes de l'or. Però mentre els portuguesos s'havien estès pel Zambezi, per comerciar amb el marfil, arribaren a acords amb els regnes maravi (o marave); l'estat del changamires, sota protectorat portuguès al llarg del , va subsistir fins al quan s'hi organitzaren militarment per fer front als prazeiros, els colons portuguesos dels prazos, que havien format grans hisendes que constituïen autèntics petits estats.
Imperi Maravi miniatura|Escultures i objectes al Museu Regional de l'Algarve, a Lagos Els estats maravi o marave foren un conjunt de petits regnes sorgits a la part nord del riu Zambezi. El nom maravi té un origen desconegut, però ja apareix esmentat al associat a un districte de la moderna província de Tete, Marávia. És l'origen del nom Malawi. Aquests regnes foren establerts entre el i XIV per un poble governat pel clan phiri, aliat per matrimoni o acords amb els linhagems locals. Aquests pobles són l'origen de les modernes llengües chinyanja, chiyao i chimakua; la seva organització és matrilineal (els poders i les propietats passaven de mare a filla); els phiri van utilitzar aquesta circumstància per expandir el seu poder, com més tard ho feren els prazeiros que van començar a arribar a finals del i al XVII, establint les seves propietats al Zambezi. Els prazeiros es casaven de vegades amb filles dels caps locals i per aquestes aliances esdevenien poderosos i s'asseguraven el comerç i l'agricultura; al Portugal va declarar els prazos i les terres no ocupades propietat de la corona i va establir un arrendament per tres generacions amb transmissió per via femenina, concessió que podia ser renovada si l'administració n'era bona; els prazeiros establiren exèrcits privats (els enrolats es deien xicundas) i taxes (mussoco, un import en espècie). El poder dels prazeiros va durar fins a la segona meitat del . Vegeu Zambèzia.
L'arribada de les grans companyies europees, poc interessades en esclaus i vori, va imposar el model de grans explotacions agrícoles amb treball forçat pels indígenes que així pagaven el mussoco; rebien un insignificant salari que just els permetia sobreviure, i treballaven en les oleaginoses, la canya de sucre i altres productes que necessitaven molta mà d'obra. El decret del comissari reial Antonio Enes va imposar l'ocupació efectiva de les terres dels prazos i, com que no era possible, molts prazeiros van haver de vendre les terres a les companyies europees o bé van haver de subarrendar-les.
Estats yao (ajawa) A l'altiplà de Nyassa es van establir els pobles bantu anomenats yao o ajawa o jauá, agricultors i caçadors, que es van islamitzar al i participaren en el tràfic d'esclaus, i en el s'expandiren cap al modern Malawi organitzant estats entre els quals va destacar el del cap Mataca, el de Mutarica, el de Mukanjila i el de Jalansi. La Companyia del Niassa els va dominar entre 1895 i 1920.
Imperi de Gaza miniatura|L'últim emperador de Gaza, Ngungunhane L'Imperi de Gaza fou fundat per Soshangane (també conegut com a Manicusse, 1821-1858). El gran conflicte que afectà els zulu a la mort de Shaka el 1828 va derivar en la invasió de terres de l'Àfrica austral pels exèrcits nguni; Soshangane dirigia l'exèrcit que ocupà els territoris dels moderns Zimbàbue oriental i Moçambic occidental, que va anomenar gaza pel seu avi Gaza. Al seu zenit l'imperi dominava entre el Zambezi i la badia Delagoa, amb capital a Manjacaze, a la moderna província de Gaza.
A la seva mort el 1858 el va succeir el seu fill Mawewe; el 1859 s'enfrontà als seus germans i els va arrabassar els seus territoris; un germà, Mzila o Muzila, va fugir als Transvaal, on organitzà un exèrcit amb ajut portuguès; el 1861 va tornar a Gaza, i ocupà el poder. La lluita es va acabar el 1864 amb la seva victòria definitiva. La capital del regne es traslladà a Mossurize, al nord del riu Save, a la moderna província de Manica. El 1884 el va succeir el seu jove fill Gungunhana que retornà la capital a Manjacaze el 1889, pressionat pels portuguesos; intentà assimilar als tsonga i resistí als portuguesos, fins que finalment fou deposat per aquests el 1895 i desterrat a les Açores, on va morir el 1906.
Estats musulmans de la costa Existiren establiments musulmans a la costa de Moçambic almenys des del . Al hi exercia l'hegemonia el Sultanat de Kilwa. L'establiment principal, Sofala, fou ocupat pels portuguesos el 1505. Al l'hegemonia en passà a Oman (de la qual va derivar més tard el Soldanat de Zanzíbar). Els principals estats foren el Xeicat de Quitangonha, el de Sancul, el de Sangage i el Sultanat d'Angoche, tots al nord de la colònia.
Companyies reials miniatura|Capella a Cabo Delgado, herència de l'administració colonial portuguesa El 1878 el govern portuguès va decidir concedir l'administració de part de la colònia de Moçambic a companyies que tindrien una carta o privilegi reial (anomenades companyies majestàtiques pels seus drets sobirans). Les principals en foren la Companyia del Niassa i la Companyia de Moçambic, que assoliren l'administració dels territoris la primera el 1894 (per 35 anys) i la segona el 1892 (per 50 anys). Aquestes companyies tenien drets quasi sobirans, podien emetre moneda i segells, cobrar taxes, construir infraestructures, tenir exèrcits i en general totes les atribucions d'un estat. La base del seu poder fou el treball forçat (chibalo) a canvi de taxes. Les companyies establiren plantacions de cotó, tabac i altres productes, amb la mà d'obra nadiua.
Administració colonial miniatura|Escena de la batalla de Coolela el 7 de novembre de 1895 miniatura|Beira, el 1905 Els establiments portuguesos a Moçambic van dependre del virrei de l'Índia Portuguesa a Goa fins al 1752, quan legalment en foren separades i es crearen les capitanies d'Ilha de Moçambique, Rios de Sena o Zambèzia i Sofala. El març de 1836 es va constituir formalment la colònia de Moçambic, també anomenada Àfrica Oriental Portuguesa. La capital n'era Ilha de Moçambique, de la qual la colònia prenia el nom. L'esclavatge fou definitivament abolit el 1875.