El Kanat de Txagatai fou un estat mongol de l'Àsia central, sorgit de l'ulus o terra hereditària assignada a Txagatai Khan, segon fill de Genguis Kan. A finals del es va estendre de l'Amudarià i la mar d'Aral a les muntanyes AltaicBarnes, Parekh and Hudson, p. 87; Barraclough, p. 127, Mapes Històrics en arxiu p. 2.27; i LACMA; on s'ofereixen diverses versions dels límits del kanat.</ref> Entre 1334 i 1344, greus desordres en el kanat van portar a la divisió a dues regions separades: el kanat Txagatai de l'Est o Mogulistan, i l'ulus Txagatai a l'oest o Transoxiana. L'any 1369, Tamerlà va conquerir el kanat de Txagatai en un intent de reconstruir l'Imperi Mongol. La part oriental va subsistir sota kans gengiskhànides txagataïdes de vegades en guerra contra els timúrides (tamerlànides) fins que es va establir el règim teocràtic dels khoja al .
Història Orígens A la mort de Genguis Kan el 18 d'agost del 1227,Data donada pel Yuanshi les terres de Transoxiana i Turquestan Oriental, que ja havien estat concedides al seu fill Txagatai, van restar en les seves mans. Cada fill gaudia d'un '''ulus o grup de tribus, amb un territori hereditari, que en el cas de Txagatai englobava l'Àsia central, amb les regions entre l'Oxus i el Sirdarià (la Transoxiana) i els territoris del Turquestan fins a les muntanyes Altai, amb capital generalment a Almaliq,René Grousset, L'empire des steppes, p. 253-4 a prop de l'actual Kuldja (Yining), al Xinjiang occidental). Si bé Txagatai governava els seus territoris, actuava sempre submís a la dignitat del gran kan, ja fos en la figura del seu pare fins a la seva mort, o en la del seu successor, el seu germà Ogodei. El repartiment era exclusivament de les terres de pastura mentre que les terres conquerides eren terres de l'imperi, que pertanyien segons el concepte mongol a la família reial però sota el poder del gran kan. Així el kanat Txagatai el formaven les terres dels kara khitai, és a dir les terres de l'Ili, Issik Kul, Txu superior i el Talas i secundàriament la Transoxiana i la Kashgària com a terres de pastura, però amb Samarcanda i Bukharà i altres ciutats com a terres del gran kan. La seva primera residència fou al sud de l'Ili. Se sap que tenia un ordu (camp reial) per a l'hivern i un per a l'estiu. Alà-ad-Din Juwayní diu que la seva capital d'estiu era a la vora de l'Ili, i a l'hivern a Kuyas, prop d'Almaliq probablement la vila identificada com Equius per Guillaume de Rubruck La capital del país és assenyalada amb el nom d'Ulugh Ef (Casa Gran) ja després de la mort de Txagatai.
A la mort d'Ogodei el succeí breument el seu fill Guyuk (1241) i a la mort d'aquest, Batu Khan, que de fet actuava com a kan independent de l'Horda d'Or, va enviar al seu germà Berke que en un kuriltay va portar al poder a la branca de Tului, representada per Mongke fill de Tului, apartant a la línia ogodeïda (1253) l'ulus i territori de la qual va quedar desmembrat i només alguns ogodeïdes considerats favorables van rebre algunes terres.Per exemple Kaidu Kan que va rebre Qayaliq, al modern Kazakhstan; més tard es va revoltar contra el gran kan Kubilai Khan i va arribar a dominar el kanat de Txagatai.
Txagatai va morir el 1242, poc després que el seu germà Ogodei. En els vint anys següents el kanat fou virtualment una dependència del gran kan. Kara Hulagu (net de Txagatai, fill de Moetuken, mort al setge de Bamiyan), designat hereu per Txagatai amb autorització de Genguis Kan i després d'Ogodei, va ser kan del 1242 al 1246 en què fou deposat pel gran kan Guyuk, i el poder concedit al seu oncle Yesü Möngke (cinquè fill de Txagatai, que era amic personal de Guyuk) del 1246 al 1251, quan fou acusat de conspirar contra el gran kan Mongke i deposat, i Kara Hulagu va poder tornar a la direcció dels afers. Sota Yesu Mongke fou visir o ministre principal Baha al-Din Marghinani, descendent d'una família de caps religiosos de Fergana i amic de joventut del kan; un altre musulmà, Habash Amid era el seu "pare alimentari" (tot i ser un fidel de Kara Hulagu conservava aquest lloc des del temps de Txagatai); des dels seus càrrec van afavorir en certa manera a l'islam. Fou també amic d'Alà-ad-Din Juwayní.
Kara Hulagu va rebre el nomenament i l'encàrrec d'executar a Yesü Möngke, però no va sobreviure al viatge de retorn al seu país i l'execució la va haver de dirigir la seva vídua Orghana, que regnava en nom del seu marit, i que sembla que va afavorir els musulmans; en aquest temps la seva autoritat no passava de la vall del riu Ili. Segons Guillem de Robrouck en aquest temps l'imperi estava dividit entre Batu Khan i Mongke, sent la divisòria entre ambdós una línia entre el riu Talas i el riu Txu (Chu o Çu o Ču), i els petits feus interns eren només terres de pastures amb organització tribal i no verdaders estats organitzats; Masud Beg era governador per compte del gran kan però amb l'acord de Batu Khan, dels territoris entre Besh Baligh i Coràsmia.
El 1254 va pujar al poder el seu fill Mubarak Shah, el primer kan musulmà, sota la regència de la seva mare Arghanah Khatun. El gran kan Mongke va morir el 1259 i les coses van començar a canviar especialment el 1260 quan va pujar al poder a l'Ili el kan Alghun (Alughu), net de Txagatai, nomenat per Ariq Boke.
Fragmentació de l'Imperi Mongol L'any 1260 va esclatar la Guerra Civil Toluida entre Khublai Khan i Ariq Boke, nets de Genguis Khan. Alghun es va revoltar contra Khublai i es va apoderar de diverses terres a l'Àsia central (incloent Coràsmia i Afganistan) que va posar sota autoritat d'Ariq Boke, i va obtenir el suport del governador del gran kan a les ciutats de Transoxiana i altres llocs, Masud Beg. Alghun aviat es va erigir en sobirà independent i es va revoltar contra Ariq Boke; aquest va intentar fer valer els seus drets però després d'alguns èxits inicials va ser expulsat. Alghun va regnar fins a una data incerta entre 1265 i 1266, i llavors el jove Mubarak Shah va ser proclamat kan, el primer de religió musulmana (març de 1266) però fou enderrocat dins el mateix any per son cosí Bosak o Burak que tenia el suport del gran kan Kublai.
El 1266 doncs va pujar al tron Bosak o Burak o Baraq Khan que va portar el títol de Ghiyas al-Din i fou el segon kan musulmà; l'ogodeïda Kaidu Kan s'havia apoderat de part de l'Àsia central, i Burak va acabar expulsant al governador del gran kan del Turquestan Oriental.Michael Biran, Qaidu and the Rise of the Independent Mongol State in Central Asia, p. 25; Richmond, Regne Unit: Curzon Press, 1997. Però Burak va entrar aviat en conflicte amb Kaidu (o Qaidu) Khan, que va obtenir el suport del kan de l'Horda d'Or; Kaidu va prendre la iniciativa i va atacar territori Txagatai. Burak va haver d'abandonar el Turquestan Oriental i es va refugiar a Transoxiana on va haver de reconèixer la sobirania de Kaidu.Biran, p. 25-6 Burak es va enfrontar també amb Abaqa, Il-kan de Pèrsia, al que va atacar, però fou derrotat i rebutjat cap a Transoxiana on va morir poc després el 1271.Biran, p. 30-2
El 1271 Khublai Khan va proclamar la dinastia Yuan i va establir la nova capital a Cambaluc, l'actual Beijing l'any següent. Khublai va prendre va intentar, sense èxit, recuperar el control dels Txagataïdes i Ogodeïdes però la guerra civil juntament amb la guerra Berke-Hulagu i la posterior guerra Kaidu-Kublai havien debilitat molt l'autoritat del gran khan sobre la totalitat de l'Imperi mongol i aquest es va fracturar en quatre khanats separats, cadascun perseguint els seus propis interessos i objectius: el khanat de l'Horda d'Or al nord-oest, el Kanat de Txagatai a l'Àsia central, l'Ilkanat a l'Iran i la dinastia Yuan a la Xina, amb seu a Cambaluc, l'actual Beijing, encara que els emperadors posteriors de la dinastia Yuan eren considerats els sobirans nominals dels kanats occidentals.
Els dos següents kans, Quiqpei (o Negubei o Nikpay), net de Txagatai (1271 - 1272) i Buka Timur (besnet de Txagatai, 1272 - 1282 foren nomenats per Kaidu Khan,Biran, p. 33 que de fet va governar com a virtual kan fins a la seva mort vers el 1301 (abans del 1303). El fill de Burak, Duwa (1282-1307), que va participar al costat de Kaidu Khan en les guerres contra els successors de Kubilai Khan de la dinastia YuanBiran, p. 50-2 fou nomenat kan el 1282 i en ell Kaidu va trobar finalment un gran governant; a més de lluitar contra els Yuan, també ho va fer contra els Il-kan.Biran, p. 59-60 Després de la mort de Kaidu, Duwa va desconèixer al seu fill i successor Txapar al que va derrotar i enderrocar probablement el 1306 o el mateix any de la seva mort (1307); vers el 1303 va fer la pau amb els Yuan de la Xina i va pagar tribut a la cort imperial xinesa. Amb Duwa el territori de Txagatai va esdevenir un estat efectivament independent.Biran, p. 71-6
Duwa va deixar un grapat de fills, sis dels quals van esdevenir kans entre els quals el seu successor Könchek (1307 - 1308), Esen Buka I (1309 - 1318) i Kebek (kan el 1309 i després del 1318 al 1326). Aquest darrer va emetre moneda estandarditzada (el kebeki), i va establir una capital permanent a Qarshi (en mongol "Palau") a Transoxiana. Sota Esen Buka I l'exèrcit del gran kan va entrar al territori i van saquejar les residències d'hivern (a l'Issiq Kul) i d'estiu (a la vora del Talas) del kan. Els altres fills de Duwa que foren kans foren Eljigite (1326-1330), Dura Timur (1330-1332) i Tarmashirin (1332-1334); aquest darrer es va convertir a l'islam (amb el títol d'Ala al-Din fou el tercer kan musulmà) i va arribar a atacar al sultanat de Delhi a l'Índia. Va fer front a una revolta de les tribus orientals que l'acusaven de violar la yasa o llei mongola (vers 1333 o 1334) i que dirigits per Buzan Khan, un nebot del kan, el van obligar a retirar-se cap a l'oest a Transoxiana on va morir. El poder va esdevenir inestable; Buzan només va governar uns mesos, i un altre nebot de Tarmashirin, Changshi, el va succeir; hi va haver una sèrie de kans dèbils que van governar entre un i quatre anys cadascun amb centre a la vall de l'Ili; els cristians podien predicar i construir esglésies i sembla que fins i tot un fill de set anys del kan Djanshi fou batejat amb permís del pare, rebent el nom de Joan; el darrer, Qazan Khan ben Yasaur (1343 - 1346), descendent de Büri (un altre fill de Moetuken, el fill de Txagatai) sembla que tenia per seu Nakhshab, i fou assassinat per un cap tribal de nom Qazaghan, que s'havia revoltat al front de l'aristocràcia turca.Grousset, p. 341-2 El poder es va escapar als kans següents, passant a mans dels caps tribals locals, molts dels quals eren turcs o turcomongols, que formant aliances van exercir de fet el poder mantenint una ficció de kanat amb titelles que ells mateixos nomenaven.Manz, p. 43-4. En aquesta època a més de Qazaghan, van destacar el seu fill Abdullah ben Qazaghan i Buyan Suldus, tots els quals van exercir el càrrec de ulus beg, o amir de l'ulus, càrrec que tenia el poder efectiu. Aprofitant la situació Djanibek (d Djanibeg) de l'Horda d'Or, va intentar dominar el kanat i quasi ho va aconseguir però després de perdre l'Azerbaidjan a mans dels djalayàrides, a la seva mort (1357) l'Ulus Beg de Txagatai va expulsar els seus administradors.Christopher P. Atwood, Encyclopedia of the Mongol Empire and Mongolia, article: Chagatay Khanate
Mentre, vers la meitat del , al Turquestan Oriental va emergir una confederació tribal encapçalada per una branca de kans txagataïdes, que va poder assolir el poder a la regió (vegeu Mogulistan).