. El campionat de MotoGP va ser un dels més disputats dels darrers anys. Nicky Hayden (Honda) no va poder prendre-li el títol a Valentino Rossi () fins a l'última cursa de l'any, a Xest. Aquell va ser el primer i únic campionat del món de Hayden.
A la categoria de 250cc, el mallorquí Jorge Lorenzo () va guanyar el seu primer campionat amb un total de vuit victòries. L'espanyol Álvaro Bautista, també pilot d'Aprilia, va aconseguir el títol de 125cc, igualment amb vuit victòries.
El campionat de MotoGP Set pilots diferents van aconseguir victòries als Grans Premis, entre ells Dani Pedrosa (debutant de l'any), Toni Elías i Troy Bayliss, que guanyaren una cursa de MotoGP per primer cop a les seves respectives carreres. Valentino Rossi va remuntar un dèficit de 51 punts fins a poder liderar el campionat abans de les rondes finals. Hayden va perdre uns punts valuosos quan el seu company d'equip, Dani Pedrosa, el va fer caure a la penúltima ronda de la temporada, el , però encara va poder guanyar el títol quan Rossi va caure a l'última cursa, a Xest.
Hayden només va guanyar dues curses durant la temporada contra les cinc de Rossi, però la Yamaha de l'italià va patir diversos problemes mecànics que el van obligar a retirar-se en diverses curses, cosa que va permetre a Hayden d'aconseguir més podis. A més, la sorprenent victòria de Toni Elias a Portugal, amb un marge de només 0,002 segons sobre Rossi, va resultar ser un factor decisiu en el campionat. Rossi va cedir cinc punts en aquella ronda, la mateixa quantitat amb què va quedar per darrere de Hayden a la classificació final. Si ambdós haguessin empatat, Rossi s'hauria proclamat campió gràcies al seu major nombre de victòries.
Campions del món Pilots 125cc250ccMotoGP Álvaro Bautista Jorge Lorenzo Nicky Hayden
Constructors 125cc250ccMotoGP Honda
Equips MotoGP Repsol Honda Team Grans Premis Sistema de puntuació
Calendari CursaDataGran PremiCircuit126 de març Gran Premi d'Espanya Jerez28 d'abril †† Gran Premi de Qatar Losail330 d'abril Gran Premi de Turquia Turquia414 de maig Gran Premi de la Xina Shanghai521 de maig Gran Premi de França Le Mans64 de juny Gran Premi d'Itàlia Mugello718 de juny Gran Premi de Catalunya Catalunya824 de juny †† Dutch TT Assen92 de juliol Gran Premi de Gran Bretanya Donington Park1016 de juliol Gran Premi d'Alemanya Sachsenring1123 de juliol † Gran Premi dels Estats Units Laguna Seca1220 d'agost Gran Premi de la República Txeca Brno1310 de setembre Gran Premi de Malàisia Sepang1417 de setembre Gran Premi d'Austràlia Phillip Island1524 de setembre Gran Premi del Japó Motegi1615 d'octubre Gran Premi de Portugal Estoril1729 d'octubre Gran Premi de la Comunitat Valenciana Ricardo Tormo †† = Cursa en dissabte † = Només cursa de MotoGP
Guanyadors CursaGran Premi125cc250ccMotoGPResultats1 Gran Premi d'Espanya Álvaro Bautista Jorge Lorenzo Loris Capirossi Resultat2 Gran Premi de Qatar Álvaro Bautista Jorge Lorenzo Valentino Rossi Resultat3 Gran Premi de Turquia Héctor Faubel Hiroshi Aoyama Marco Melandri Resultat4 Gran Premi de la Xina Mika Kallio Héctor Barberá Dani Pedrosa Resultat5 Gran Premi de França Thomas Lüthi Yuki Takahashi Marco Melandri Resultat6 Gran Premi d'Itàlia Mattia Pasini Jorge Lorenzo Valentino Rossi Resultat7 Gran Premi de Catalunya Álvaro Bautista Andrea Dovizioso Valentino Rossi Resultat8 Dutch TT Mika Kallio Jorge Lorenzo Nicky Hayden Resultat9 Gran Premi de Gran Bretanya Álvaro Bautista Jorge Lorenzo Dani Pedrosa Resultat10 Gran Premi d'Alemanya Mattia Pasini Yuki Takahashi Valentino Rossi Resultat11 Gran Premi dels Estats Units - Nicky Hayden Resultat12 Gran Premi de la República Txeca Álvaro Bautista Jorge Lorenzo Loris Capirossi Resultat13 Gran Premi de Malàisia Álvaro Bautista Jorge Lorenzo Valentino Rossi Resultat14 Gran Premi d'Austràlia Álvaro Bautista Jorge Lorenzo Marco Melandri Resultat15 Gran Premi del Japó Mika Kallio Hiroshi Aoyama Loris Capirossi Resultat16 Gran Premi de Portugal Álvaro Bautista Andrea Dovizioso Toni Elias Resultat17 Gran Premi de la Comunitat Valenciana Héctor Faubel Alex de Angelis Troy Bayliss Resultat
Galeria
Debutant de l'any El Debutant de l'Any de MotoGP del 2006 fou el català Dani Pedrosa.
Classificació dels pilots MotoGP (Llegenda) (En negreta - Pole; En cursiva - Volta ràpida) Les rondes marcades en blau es van córrer sobre pista mullada o van ser aturades per la pluja. Els pilots marcats en blau optaven al premi Debutant de l'any.
|valign=top| Pos Pilot Moto Equip Punts 1 Nicky Hayden HondaRepsol Honda Team 3 2 3 2 5 3 2 1 7 3 1 9 4 5 5 Ret 3 252 2 Valentino Rossi YamahaCamel Yamaha Team 14 1 4 Ret Ret 1 1 8 2 1 Ret 2 1 3 2 2 13 247 3 Loris Capirossi DucatiDucati Marlboro Team 1 3 6 8 2 2 DNS 15 9 5 8 1 2 7 1 12 2 229 4 Marco Melandri HondaFortuna Honda 5 7 1 7 1 6 DNS 7 3 2 3 5 9 1 3 8 5 228 5 Dani Pedrosa HondaRepsol Honda Team 2 6 14 1 3 4 Ret 3 1 4 2 3 3 15 7 Ret 4 215 6 Kenny Roberts Jr. KR211VTeam Roberts 8 10 13 13 Ret 8 3 5 5 Ret 4 4 7 14 9 3 8 134 7 Colin Edwards YamahaCamel Yamaha Team 11 9 9 3 6 12 5 13 6 12 9 10 10 Ret 8 4 9 124 8 Casey Stoner HondaHonda LCR 6 5 2 5 4 Ret Ret 4 4 DNS Ret 6 8 6 Ret Ret Ret 119 9 Toni Elías HondaFortuna Honda 4 8 5 11 9 7 Ret WD 11 15 11 Ret 9 6 1 6 116 10 John Hopkins SuzukiRizla Suzuki MotoGP 9 Ret 17 4 15 10 4 6 8 10 6 7 6 12 12 6 11 116 11 Chris Vermeulen SuzukiRizla Suzuki MotoGP 12 Ret 7 Ret 10 14 6 10 16 7 5 12 11 2 11 9 Ret 98 12 Makoto Tamada HondaKonica Minolta Honda 10 14 10 6 7 9 7 11 11 Ret 11 13 14 10 10 5 12 96 13 Sete Gibernau DucatiDucati Marlboro Team Ret 4 11 9 8 5 DNS 8 10 5 4 4 Ret 95 14 Shinya Nakano KawasakiKawasaki Racing Team 7 11 8 10 12 11 DSQ 2 Ret 6 Ret 8 Ret 8 Ret Ret 7 92 15 Carles Checa YamahaTech 3 Yamaha 13 12 15 14 11 15 8 9 10 9 7 15 12 Ret 14 7 10 75 16 Randy de Puniet KawasakiKawasaki Racing Team Ret Ret 12 12 Ret 13 Ret 14 12 Ret 12 14 13 11 Ret 10 Ret 37 17 Alex Hofmann Ducati 15 15 16 15 13 Ret 10 Ret 14 15 13 16 11 Ret 30Ducati Marlboro Team 12 13 16 18 James Ellison YamahaTech 3 Yamaha 16 13 18 16 14 16 9 Ret 14 13 13 17 16 16 15 13 14 26 19 Troy Bayliss DucatiDucati Marlboro Team 1 25 20 DucatiPramac d'Antin MotoGP Ret 16 Ret 17 Ret 17 11 17 15 14 16 Ret 17 17 Ret 14 Ret 10 21 Kousuke Akiyoshi SuzukiTeam Suzuki MotoGP 13 3 22 Garry McCoy Ilmor X3Ilmor SRT 15 15 2 Ivan Silva DucatiPramac d'Antin MotoGP 16 Ret 18 0 Naoki Matsudo KawasakiKawasaki Ret 0 Michel Fabrizio HondaFortuna Honda WD 0 Pos Pilot Moto Equip Punts
250 cc Els pilots marcats en blau optaven al premi Debutant de l'any.
Pos Pilot Moto Punts 1 Jorge Lorenzo 1 1 Ret 4 Ret 1 2 1 1 3 1 1 1 3 5 4 289 2 Andrea Dovizioso Honda 3 2 3 2 2 3 1 3 6 4 2 2 4 4 1 7 272 3 Alex de Angelis 2 Ret 12 Ret 5 2 3 2 2 2 Ret 3 2 2 3 1 228 4 Hiroshi Aoyama KTM 6 5 1 3 4 Ret 6 9 3 8 3 Ret 3 1 2 Ret 193 5 Roberto Locatelli 7 3 4 7 6 6 4 5 4 6 4 5 7 5 4 2 191 6 Yuki Takahashi Honda 4 9 5 5 1 4 7 6 7 1 4 Ret Ret 6 WD 156 7 Héctor Barberá 5 4 2 1 7 Ret 5 5 5 Ret 6 7 10 3 152 8 Shuhei Aoyama Honda Ret 13 Ret 8 3 9 Ret 12 13 9 6 6 5 6 Ret 6 99 9 Sylvain Guintoli 9 6 6 12 9 11 8 Ret 8 10 8 7 Ret Ret 8 10 96 10 Marco Simoncelli Gilera Ret 8 11 6 8 7 Ret 7 10 Ret 9 8 10 9 7 Ret 92 11 Anthony West Ret Ret 9 9 11 8 9 8 9 7 Ret 15 9 11 9 19 78 12 Jakub Smrž Ret 10 7 10 10 Ret Ret Ret 11 14 10 Ret 8 Ret 11 11 58 13 Àlex Debón DNS 5 5 4 12 5 50 14 Manuel Poggiali KTM 11 14 15 11 17 12 11 10 Ret 13 Ret Ret 13 12 12 8 50 15 Martín Cárdenas Honda 8 11 13 13 13 Ret 10 Ret Ret 7 Ret WD 37 16 Alex Baldolini Ret Ret 8 14 19 Ret Ret 11 16 11 WD WD 18 14 Ret 12 26 17 Andrea Ballerini 12 16 12 10 12 Ret 15 Ret 13 Ret 16 Ret 15 15 24 18 Sebastián Porto Honda Ret 7 10 Ret 14 13 WD 20 19 Aleix Espargaró Honda 15 12 15 Ret 9 15 Ret 13 13 20 20 Jules Cluzel Ret Ret 16 18 Ret Ret 13 Ret 14 18 Ret 10 12 17 Ret Ret 15 21 Dirk Heidolf 15 15 14 15 18 16 11 Ret 11 16 16 Ret 15 22 Arnaud Vincent Honda 10 16 Ret Ret 15 Ret 16 DNQ Ret 14 11 Ret DNS 14 23 Arturo Tizón Honda 12 Ret Ret 19 16 14 14 14 17 Ret 15 Ret Ret 21 20 18 11 24 José David de Gea Honda Ret 14 9 9 25 Ryuji Yokoe Yamaha 8 8 26 Franco Battaini Ret Ret 13 18 12 7 27 Fabricio Perren Honda 15 15 16 Ret 17 16 Ret 14 15 17 14 7 28 Ratthapark Wilairot Honda 10 6 29 Jordi Carchano Honda 18 Ret 17 4 22 Ret 17 17 Ret 20 18 12 17 22 19 22 30 Seijin Oikawa Yamaha 13 3 31 Taro Sekiguchi DNS 17 13 19 18 18 16 3 32 Chaz Davies 13 17 Ret 17 Ret 3 Honda Ret 21 33 Luca Morelli Ret 18 18 Ret 21 Ret 19 18 19 21 DNS 14 20 Ret 21 24 2 34 Álvaro Molina 14 20 17 2 Michele Danese 16 19 Ret 0 Ho Chi Fung Ret 16 DNQ 0 Omar Menghi Honda 16 0 Dan Linfoot Honda Ret 17 Ret Ret 19 Ret Ret Ret 0 Su Rong Zai 17 DNQ 0 Hans Smees 17 0 Alessio Palumbo Ret 20 Ret Ret 23 18 18 DNQ WD DNQ 18 DNQ 24 22 Ret 0 Franz Aschenbrenner 19 Ret 19 20 0 Honda 23 Sinan Sofuoglu Honda DNQ 19 0 Youichi Ui Yamaha 19 0 Kenni Aggerholm Yamaha 19 0 Alessandro Brannetti Ret Ret 20 0 Kouki Takahashi Honda 20 0 Raymond Schouten Honda 20 0 Shi Zhao Huang Yamaha 20 0 Nicklas Cajback Ret 21 Ret 0 Randy Gevers 21 0 Jin Xiao Yamaha 21 0 Meik Kevin Minnerop Honda 22 0 Bram Appelo Honda 22 0 Luke Lawrence Yamaha Ret DNQ 23 0 Santiago Barragán Honda 23 0 Takumi Takahashi Honda 23 0 Jan Roelofs Yamaha 23 0 João Fernandes 24 0 Michal Filla Yamaha Ret 0 Andreas Mårtensson Ret 0 Zhu Wang Ret 0 Jirí Mayer Honda DNQ 0 Alex Kenchington Yamaha DNQ 0 Ian Gardner Yamaha DNQ 0 David Drieghe Honda DNQ 0 Zheng Peng Li DNQ 0 DNQ 0 Pos Pilot Moto Punts
125 cc Els pilots marcats en blau optaven al premi Debutant de l'any.