miniatura|Sukarno La història d'Indonèsia és la història del territori que actualment cobreix la República d'Indonèsia, que va néixer el 17 d'agost del 1945 amb la proclamació de la independència de les Índies Orientals Neerlandeses per Sukarno i Mohammad Hatta.
Prehistòria miniatura|Rèplica de la calavera de l'home de Java, descobert a Sangiran, Java Central Geològicament, la zona de la Indonèsia actual va aparèixer al Plistocè, quan encara estava unida al continent asiàtic. L'arxipèlag es va formar durant l'últim període glacial. S'ha trobat restes d'Homo erectus, coneguts com l'"Home de Java" que suggereixen que l'arxipèlag fou habitat entre fa 2 milions d'anys i 500.000 anys.cited in ; citat a ; citat a S'ha trobat restes d'homo sapiens a la regió de fa uns 45.000 anys. Descobertes recents a l'illa de Flores, van trobar l'Home de Flores (Homo floresiensis), una homínid molt baix,; tot i que hi ha disputes sobre si constitueix una espècie diferent. L'Home de Flores sembla que va conviure amb l'home de Java a diverses illes fins que es va extingir fa 10.000 anys.
La majoria de la població actual és d'origen austronesi. Aquests podrien haver arribat al voltant del 2000 aC La cultura Dong Son arribar a Indonèsia, on hi van portar tècniques de cultiu de l'arròs, el ritual del sacrifici del búfal, indústria del bronze i pràctiques megalítiques, entre d'altres. Algunes d'aquestes pràctiques encara es conserven avui en dia, incloent-hi les zones batak de Sumatra, les toraja de Sulawesi i diverses illes Petites de la Sonda. Els primers indonesis eren animistes que honoraven els esperits dels morts.
Al ja es troba cultiu dels arrossars de regadiu. Aquest va permetre que es creessin ciutats i petits reialmes al d.C. Aquests reialmes (poc més que conjunts de pobles que tenien caps comuns) va evolucionar a grups d'humans que tenien religions tribals. Aquesta agricultura necessitava una societat ben organitzada, en contrast a l'agricultura de l'arròs de secà, que és una manera de cultiu més senzilla i que no necessitava una estructura social tan elaborada.
Civilitzacions hindú-budistes Primers reialmes miniatura|upright|Pedra amb inscripcions datada de fa 1600 anys, de l'era de Purnawargan que es va fundar al subdistricte Tugu de Jakarta El 200 aC apareixen referències escrites en sànscrit del Divipantara o Reialme Hindú de Java i Sumatra.
La relíquia arqueològica més antiga trobada a Indonèsia és del Ujung Kulon National Park, a Java Occidental. Una estàtua Hindú de Ganeixa del d.C. es va trobar al cim del Mont Raksa, a l'Illa Panaitan. També hi ha proves arqueològiques d'un reialme al territori Sunda, a Java Occidental que data del .
miniatura|esquerra|Monument budista del , de la dinastia Sailendra Un nombre d'estàtues hindús i budistes van florir i després declinar per tota Indonèsia. A l'època del Renaixement europeu, Java i Sumatra ja havia vist més d'un mil·lenni de civilització i dos imperis majors. Un d'aquests era el Tarumanagara que va florir entre els anys 358 i 669. Localitzat a Java Occidental, a prop de Jakarta és el reialme del , Purnarwarman, que va fer les primeres inscripcions conegudes de Java, la inscripció Ciaruteun, localitzada prop de Bogor. La inscripció és en sànscrit i encara és clara després de 1500 anys. Sembla que Purnawaran va construir un canal que va canviar el curs del riu Cakung i va drenar una zona de costa per a l'agricultura i la colonització. En aquesta inscripció sobre pedra, Purnawarman s'associava a si mateix amb Vixnu i braman i assegurava ritualment el projecte hidràulic.Mary Somers Heidhues. Southeast Asia: A Concise History. London: Thames and Hudson, 2000. Pp. 45 and 63.
A Kutai, Kalimatan Oriental s'han trobat sòcols en brut datats dels inicis del , a prop del riu Mahakam. Aquests sòcols tenien inscripcions en escriptura Pallava de l'Índia, en les quals hi posava:"Un regal per als sacerdots bramans".
La història política del l'arxipèlag indonesi entre el i fou dominada pel regne Srivijaya, a Sumatra i per la dinastia Sailendra que dominava la part central de Java i que van construir Borobudur, el monument budista més gran del món. Al i segle XV no es coneix massa bé la història de la zona per la manca de proves. Dos grans estats van dominar aquest període; Majapahit, a Java Oriental, el més important estat indonesi pre-islàmic i Malaca, a la costa occidental de la península de Malaca, l'imperi comercial musulmà més gran.Ricklefs (1991), pàgina 15
Medang miniatura|upright|Prambanan a Java; construït durant la dinastia Sanjaya de Mataram, és un dels complexos de temples Hindús més grans del sud-est asiàtic. Medang o antigament conegut com a Mataram fou un reialme indi basat a Java Central al voltant de la ciutat actual de Yogyakarta, entre el i el . El centre del regne fou traslladat de Java Central cap a Java Oriental per Mpu Sindok. Aquest canvi fou causat per l'erupció del volcà del Merapi o per una lluita important.
El primer rei de Medang fou Sri Sanjaya. Aquest va deixar inscripcions sobre pedra. El temple monumental hindú de Prambanan fou construït per Daksa. Dharmawangsa va ordenar la traducció del Mahabharata a la llengua Javanès Antic, al 996.
El regne va col·lapsar vers el caos al final del regne de Dharmawangsa, per la pressió militer de Srivijaya Un dels últims reis importants de Medang fou Airlangga, que va regnar entre el 1016 i el 1049.Colin Brown, A Short History of Indonesia (Allen & Unwin Publishers: Crows Nest, New South Wales, Australia, 2003) p. 23. Airlangga era fill de l'Udayana de Bali i estava relacionat amb Dharmawangsa, que restauraria el reialme, incloent-hi Bali, sota el nom de Kathuripan.
Srivijaya
miniatura|esquerra|L'imperi de Srivijaya al Sud-est asiàtic Srivijaya fou un regne malai de Sumatra que va ser molt influent en el sud-est asiàtic costaner. Des del , el poder del regne naval de Srivijaya florí com a resultat del comerç i les influències de l'hinduisme i budisme que importaven.Taylor (2003), pages 22–26Ricklefs (1991), page 3
miniatura|A principis del segle I d.C., vaixells indonesis comerciaven fins a Àfrica. Foto: Un vaixell a Borobudur, al 800 d.C.. Srivijaya va tenir el centre a Palembang. Srivijaya no era un estat en el sentit modern del mot. No tenia fronteres definides ni govern centralitzat.Taylor (2003), p. 19. Més aviat Srivijaya era una forma confederada centrada en una cort reial. Era una talassocràcia i no tenia influència gaire lluny a l'interior de les zones de la costa de les illes del sud-est asiàtic. Era un imperi comercial. Les naus de Srivijaya van controlar el comerç a través de l'estret de Malaca.
Al , hi havia ports vassalls de Srivijay estaven a ambdues costes de l'estret de Malaca. A aquesta època, Srivijaya havia establert sobirania sobre grans zones de Sumatra, Java Occidental i a moltes zones de la península de Malaca. Va dominar l'estret de Malaca i l'estret de la Sonda, cosa que els feia amos i senyors del comerç de les espècies i del comerç local. Fou un poder marítim formidable fins al . Srivijaya va propagar la cultura ètnica malaia a través de Sumatra, la península de Malaca i el Borneo occidental. La fortalesa del budisme vajrayana de Srivijaya va atreure peregrins i mestres d'altres zones d'Àsia.
Unes sèries de raids Chola del van trencar l'hegemonia Srivijaya i va permetre la formació de regnes regionals basats en l'agricultura intensiva més que en el comerç. La influència de Srivijaya va disminuir al . L'illa va caure en una període de conflictes entre els regnes javanesos, primer Singhasari i després Majapahit. D'aquesta manera es va començar a introduir l'islam a la regió Aceh de Sumatra per la influència dels comerciants àrabs i indis. A finals del , el rei de Pasai del nord de Sumatra es va convertir a l'Islam. A aquesta època Srivijaya fou breument tributari de l'Imperi Khmer i més tard del Regne de Sukhothai. L'última inscripció data del 1374, en la qual es menciona un príncep, Ananggavarman. Srivijaya va deixar d'existir el 1414, quan Parameswara l'últim príncep del regne, es va convertir a l'Islam i va fundar el Sultanat de Malaca a la península de Malaca.
Singhasari i Majapahit miniatura|upright|Wringin Lawang, exemple d'arquitectura Majapahit a Jatipasar, Trowulan, Java Oriental. Tot i la falta de proves històriques, es coneix que Majapahit fou el més important dels estats pre-islàmics d'Indonèsia.Ricklefs (1991), p. 15. El Regne Hindú de Majapahit fou fundat a Java Oriental a finals del . El govern de Gajah Mada és considerat com l'"Edat d'Or" de la història d'Indonèsia. La seva influència es va estendre a la majoria del sud de la península de Malaca, Borneo, Sumatra i Bali, des del 1293 fins al 1500.
El fundador de l'Imperi Majapahit, Kertarajasa era el jove del cap del regne de Singhasari. Quan Singhasari va estendre el seu poder fora de Java, va cridar l'atenció de Khublai Khan, emperador mongol de la Xina, que va enviar-hi emissaris per a demanar tributs. Kertanagara, rei de Singhasari va refusar pagar-ne i el Khan hi va enviar una expedició punitiva que va arribar a les costes de Java el 1293. Llavors, un revel de Kediri, Jayakatwant, havia mort a Kertanagara. El jundadr de Majapahit es va aliar amb els mongols contra Jayakatwant i quan el regne de Singhasari fou destruït, es girà en contra dels mongols, a qui va obligar a fugir.
Gajah Mada, un ambiciós primer ministre i regent de Majapahit entre el 1331 i el 1364 va estendre el domini a les illes dels voltants. Pocs anys després de la seva mort, l'armada Majapahit va capturar Palembang, fet que provocà la fi del regne Srivijaya. Tot i que els reis de Majapahit van estendre el seu poder a altres illes i van destruir reialmes veïns, sembla que el seu focus es dirigia a guanyar el control sobre el comerç que passava a través de l'arxipèlag. Quan Majapahit fou fundat, els comerciants musulmans i proselitistes van començar a penetrar a la zona. Després del , el poder de Majapahit començà a declinar, cosa que va possibilitar l'ascens del poder del Sultanat de Malaca. Les dates del final de l'Imperi Majapahit és entre el 1478 i el 1520. Al final del poder de Majapahit, molts dels seus cortesans, artesans, sacerdots i membres de la família reial es van moure a l'est de l'illa de Bali.
L'edat dels estats Islàmics L'expansió de l'Islam miniatura|Mesquita a Sumatra Occidental amb l'arquitectura tradicional minangkabau Tot i que els comerciants musulmans havien viatjat a través del sud-est asiàtic des dels inicis de l'era islàmica, l'evidència més antiga de poblacions islamitzades a Indonèsia data del , al nord de Sumatra.Ricklefs (1991), pages 3 to 14 Tot i que l'expansió de l'Islam comença a l'oest de l'arxipèlag, les proves fragmentàries no suggereixen una onada de conversions a través de les zones adjacents; més aviat, suggereix que el procés fou lent i complicat. L'expansió de l'islam fou conduïda per un increment dels lligams comercials fora de l'arxipèlag; en general, els comerciants i la reialesa de la majoria dels regnes foren els primers a adoptar la nova religió.Ricklefs (1991), pages 12–14
Altres zones indonèsies van adoptar gradualment l'Islam, convertint-la en la religió dominant de Java i Sumatra a finals del . L'Islam es va sobreposar i barrejar amb les influències religioses i culturals prèvies, que va conformar un Islam particular a la zona. Únicament Bali va retenir una majoria hindú. A l'est de l'arxipèlag, els missioners musulmans i cristians foren actius entre el i el . Actualment la majoria de pobladors d'aquestes illes són creients d'aquestes dues religions.
Sultanat de Mataram miniatura|El cementiri dels sultans Mataram a Kota Gede, Yogyakarta. El Sultanat de Mataram fou el tercer sultanat de Java, després del Sultanat de Demak Bintoro i el Sultanat de Pajang.
Segons els records javanesos, Kyai Gedhe Panamahan va esdevenir el governant de la zona Mataran als anys 1570 amb l'ajuda del regne de Pajang, a l'est.