La conquesta de Navarra va ser iniciada per Ferran II d'Aragó i completada pel seu net i successor Carles V en una sèrie de campanyes militars que van durar de 1512 a 1529. Quan el papa Juli II va declarar la Lliga Santa contra França a finals de 1511, Navarra va intentar mantenir-se neutral. Ferran, aleshores rei d'Aragó i regent de Castella, va fer servir això com a excusa per a atacar aquest regne i en va conquerir la part ibèrica (l'actualment anomenada Alta Navarra) mentre el seu potencial protector, França, era assetjat per Anglaterra, Venècia i els propis exèrcits italians de Ferran.
Immediatament després de la invasió castellano-aragonesa, es van fer diversos intents per a reconquerir la Navarra ibèrica. N'hi va haver un de tímid el 1516 i una campanya franconavarresa en tota regla el 1521. Tots els intents van ser derrotats pels espanyols i els combats van cessar el 1528 quan les tropes espanyoles es van retirar de la Baixa Navarra, al nord dels Pirineus. La Pau de Cambrai entre Espanya i França el 1529 va segellar la divisió de Navarra al llarg dels Pirineus.
L'Alta Navarra va ser annexionada per Aragó el 1512 i traspassada a Castella el 1515 arran dels acords de les Corts castellanes de Burgos d'aquell any, mentre que la Baixa Navarra va romandre com a regne independent, governat per la Casa d'Albret, i va mantenir estrets vincles amb França. El regne es va unir dinàsticament amb França el 1589 i va ser absorbit per aquesta el 1620. La Baixa Navarra va deixar d'existir com a divisió administrativa francesa el 1790 i l'Alta Navarra va perdre el seu estatus de regne al final de la Primera Guerra Carlina (1833–1840).
Síntesi històrica Primeres incursions castellanes (segle XII) En morir sense descendència Alfons I el Bataller, rei de Pamplona i Aragó, el 1135, es va produir la restauració del regne de Pamplona per decisió dels seus nobles. Després d'aquesta restauració, les relacions dels tres regnes veïns van ser de constants incursions. En aquest el regne de Castella i el d'Aragó, de forma reiterada, van pactar repartir-se el regne de Pamplona; com a línia divisòria es marcava el riu Arga. En diverses ocasions aquests tractats es van signar després d'incursions pamploneses. Amb Sanç VI el Savi hi ha constància que es denominava ja de forma escrita com regne de Navarra, i llavors es van produir les pèrdues del senyoriu de Biscaia, la Bureba i la Rioja, en part degudes a la fidelitat canviant dels seus nobles i també per les incursions armades del castellà. En finalitzar el segle, amb Sanç VII el Fort va tenir lloc la pèrdua del Duranguesat, la resta d'Àlaba i Guipúscoa per invasió del seu territori, encara que en la historiografia hi ha discrepància del grau de resistència o col·laboració.
A partir de llavors va haver-hi un període de consolidació territorial, amb nombroses tensions internes i, en concret, el sorgit amb els reis d'origen francès de les dinasties Xampanya i Capet que no es volien sotmetre als usos i costums del regne, amb greus enfrontaments amb els infançons navarresos que els hi obligaven. En aquests conflictes, els regnes confrontants van mantenir la seva intervenció política i militar, sovint amb aliances amb la noblesa navarresa. Els enfrontaments van culminar amb la guerra de la Navarreria en què aquesta -el nucli de Pamplona al voltant de la catedral, després del despoblament i abandó de la Pamplona romana, més extensa- va ser totalment destruïda.
En el segle XV es va donar la divisió en faccions en una guerra civil, novament amb la intromissió dels regnes veïns, i que van portar també a la pèrdua de la comarca de Laguardia i Los Arcos a mans dels castellans i alabesos. Al final d'aquest segle se situarien tropes castellanes en diferents punts, que controlaven en la pràctica el regne i que van ser expulsades al començament del .
Conquesta definitiva (segle XVI) L'any 1512 Ferran el Catòlic va pactar amb una majoria de la noblesa navarresa la incorporació definitiva del regne de Navarra a la Corona d'Aragó, que va efectuar al llarg de l'estiu amb relativa celeritat donat el suport general encara que amb alguna resistència d'influència francesa. Al juny del 1515, les corts castellanes de Burgos annexaren el regne a la Corona de Castella. Posteriorment es van produir diversos intents de recuperar el regne pels reis de Navarra Joan III d'Albret i Caterina de Foix. La primera a la tardor d'aquest mateix any amb ajuda del regne de França. La segona en 1516, sense aquesta ajuda. I la tercera i amb èxit inicial, en 1521, aprofitant el desguarniment del regne per les tropes castellanes embardissades en la guerra de les Comunitats de Castella, en la qual es va produir un alçament generalitzat i la incursió de tropes franceses. La no consolidació de la posició, acudint a assetjar Logronyo i la ràpida restauració de l'exèrcit castellà amb fort suport guipuscoà, biscaí i alabès va portar al fracàs, sentenciat en la Batalla de Noain. Posteriorment es van produir unes resistències en alguns punts que van motivar a l'abandó per part dels guipuscoans de la Baixa Navarra, mentre es consolidava el domini en l'Alta Navarra. Efectivament, la no incorporació de la Baixa Navarra va ser un problema militar enfront de l'amenaça francesa.
Antecedents: conflictes territorials al
El primer terç del va veure la crisi i desintegració del Califat de Còrdova, que va coincidir amb el regnat del rei Sanç Garcés III (1004-1035). El comtat de Castella va aprofitar per augmentar el seu territori, mentre que Sanç va assegurar les posicions en al frontera de la taifa de Saragossa, a les comarques de Loarre, Funes, Sos, Uncastillo, Arlas (a la vall de Varetons), Caparroso i Boltaña.Miranda: 81-83Martín Duque: "Vasconia en la Alta...": 408 Enfortí les seves relacions amb Castella i abans de 1011 es casà amb Múnia, filla del comte de Castella Sanç Garcia.Miranda: 82 En 1016 va acordar amb el seu oncle i sogre Sanç I Garcia de Castella els límits entre el Comtat de Castella i el Regne de Pamplona i els àmbits d'expansió, quedant per a Pamplona l'expansió cap al sud i l'est, la zona oriental de Sòria i la vall de l'Ebre, incloses les comarques saragossanes.Miranda: 83 No hi ha documentació directa dels límits exactes.Martínez Diaz: "Sancho III el Mayor": 67-68 El territori heretat del regne de Pamplona (regnum Pampilonense) era format per 15.000 km²Martín Duque: "Definición de espacios...": 327 de Pamplona, Nájera i Aragó, fins al Comtat de Sobrarb.Martín Duque: "Génesis del reino de Pamplona": 73-75 amb dos cercles de vassalls reials els senyors pamplonencs i els aragonesos tradicionalment diferenciats.
Els anys següents van veure l'expansió del regne de Pamplona. Entre 1017 i 1025 es va apoderar del Comtat de Ribagorça aprofitant un litigi successori. En 1029 va ser assassinat el comte Garcia II de Castella, la seva tia Múnia va passar a ser comtessa de Castella i el seu marit el rei Sanç el veritable governant del territori, designant al seu fill Ferran com a comte.Benito Ruano, Eloy (2003), Sancho III el Mayor de Navarra, Real Academia de la Historia, pàg. 37Martínez Díez, Gonzalo (2007), Sancho III el Mayor: rey de Pamplona, Rex Ibericus, Marcial Pons Historia, págs.149-150
Aquest rei, des de la desaparició dels monarques visigots, fou el primer a autoproclamar-se rei d'Iberia, o Espanya.
A la seva mort en 1035 el regne de Pamplona havia aconseguit la seva màxima extensió. En el seu testament, va reservar al primogènit Garcia el regne de Pamplona, amb el títol real amb tot el seu patrimoni annex fins llavors, Pamplona, Aragó i terres de Nájera. La resta del patrimoni, herència de la seva esposa Major o dret de conquesta, era de més lliure disposició:Miranda: 84Martínez Díez: "Condado de Castilla...": 715Martín Duque: "Vasconia en la Alta...": 409 el llegat de la seva esposa Múnia es va repartir entre els fills legítims, així Garcia va rebre el territori nord-est del Comtat de Castella (Castella Vetula, la Bureba, Oca…) i el comtat d'Àlaba (les terres biscaïnes, Duranguesat i alabeses),Mínguez Fernández, José María, Alfonso VI: poder, expansión y reorganización interior, pàg. 62 Editorial NEREA, 2000 i a Ferran comte de Castella, la resta del territori; com petits regnes supeditats a Garcia estaven Ramir al comtat d'Aragó i certes poblacions disperses per la geografia pamplonesa, i Gonçal als territoris de Sobrarb i Ribagorça que la seva mort passarien a Ramir.
miniatura|La península Ibèrica en 1037. Amb l'aparició dels regnes de Castella i Aragó que aniran trencant la vinculació amb el de Pamplona. El rei Garcia Sanxes III de Pamplona (1035-1054) va sotmetre al seu germà Ramir en la batalla Tafalla en 1043, i va aconseguir prendre Calahorra en 1044. Va fer costat al seu germà Fernando contra el rei Beremund III de Lleó, obtenint el territori que anava des de Santander a les muntanyes d'Oca, incloent Àlaba, Biscaia, Durango i Guipúscoa,Usunáriz Garayoa, Jesús María (2006), Historia breve de Navarra, Silex Ediciones, pàg. 39 però en aconseguir Ferran I el regne de Lleó, aquesta situació va convertir teòricament a Garcia Sanxes III vassall del seu germà quant als territoris del comtat de Castella que havien estat repartits per part de l'herència materna. No obstant això, el pamplonenc probablement va interpretar que aquests territoris havien passat a ser una extensió del seu regne, i les relacions es van deteriorar fins al punt d'enfrontar-se els dos germans en la batalla d'Atapuerca al setembre de 1054, on va morir el rei de Pamplona.Miranda: 86 La derrota en aquesta batalla va fer que Pamplona perdés les terres de Castella Vetula, la Bureba i la conca alta del riu Tirón.Fortún: "El Reino de Pamplona y la Cristiandad Occidental": 106 tot i que el regne de Pamplona seguia conservant Álava, Vizcaya y el Bajo Tirón.
El seu fill Sanç Garcés IV (1054-1076) va haver d'afrontar la disposició de Sanç Ramires d'Aragó de lliurar-se de la dependència de Pamplona, fent-se vassall del papa en 1068; i sobretot, la pressió de Castella, en la guerra dels Tres Sançs, Castella va recuperar les Muntanyes d'Oca, Pancorbo i la Bureba. El 4 de juny de 1076, es va dur a terme un complot que va portar a l'assassinat del rei Sanç Garcés IV de Pamplona, en ser llençat per un penya-segat a Peñalén, al costat de Funes, per part del seu germà Ramon i la seva germana Ermessenda. També hi deurien participar els dos regnes veïns.Miranda: 87 Fins al moment de la seva mort el regne de Pamplona comptava amb els territoris de Biscaia, Àlaba i Nájera.
lang=ca|miniatura|Repartiment del Regne de Pamplona a la mort de Sanç IV el de Peñalén. en 1076